krakenの出力をMultiQCで分析する

MultiQCはkraken1と2のレポート出力の分析にも対応している。使用するには--reportをつけてkrakenを実行し、レポートファイルを作成しておく。

対応しているツール一覧

https://multiqc.info/modules/

kraken1とkraken2への対応

https://multiqc.info/modules/kraken/

1、kraken2（Github）の実行

$fastq1=SRRxxxxxxxx_1.fastq.gz
$fastq2=SRRxxxxxxxx_2.fastq.gz
$name=SRRxxxxxxxx

kraken2 --db kraken2-database --threads 20 --paired --report kraken2_report.txt --gzip-compressed --classified-out seqs#.fq $fastq1 $fastq2 > ${name}_output.txt

• --report     Print a report with aggregrate counts/clade to file
• --gzip-compressed     Input files are compressed with gzip
• --classified-out    Print classified sequences to filename

出力されるreportファイル例

--classified-out seqs#.fqをつけておくと、分類されたfastqもseqs_1.fqとseqs_2.fqとして書き出される。

２、multiqcで分析する。

multiqc ./

インタラクティブなHTMLレポートとして出力される。

percentage表示でphylum。

引用

https://github.com/ewels/MultiQC