タイトルの通りです。KO (KEGG Orthology) のリストから情報を取得するには、KO (KEGG ORTHOLOGY) Databaseのトップページにアクセスするのが手っ取り早いです。
https://www.genome.jp/kegg/ko.htmlにアクセスする。
KO IDを入力する。手持ちのKO IDのタイトル名をリスト形式で取得したいなら、下のメニューからGet titleを選択する。
Filterを押すと改行が除去されてスペース区切りになる。Get entryボタンは反応しない。
表示された。
上の画面に戻る。
Map pathwayを選択すると、KO IDのKEGG pathwayごとのアサイン数が表示される。
Briteタブに切り替えると、KEGG Briteの分類でのKO IDのアサイン数が表示される。
KEGG BRITE は分子間相互作用と反応に限定されたKEGG PATHWAY と比較して、以下のような多くの異なるタイプの関係を組み込んでいる:
1. 遺伝子とタンパク質
2. 化合物と反応
3. 薬物
4. 疾患
5. 生物とウイルス
(KEGG BRITEより)
KEGG moduleタブではKEGG module(Mで始まるID)ごとのKOアサインを確認できる。
show module listをクリックすると、moduleそれぞれにアサインされたKOも表示される。
トップに戻る。
Orthologue tableをクリックするとKEGG organismそれぞれでのKOアサインを確認できるが、リストが多いとかなり時間がかかる。
補足
KEGG mapperでは、KO IDの他、KEGG compound(低分子、生体高分子、および生物学的システムに関連する他の化学物質のデータベース、Cで始まる)、RCLASS(主に酵素反応のデータベース、Rで始まる)のIDから、アサインされるKO mofuleやKEGG pathway、KEGG BRITE、KEGG BRITE tableを検索できる。
https://www.genome.jp/kegg/mapper/search.html
複数のIDタイプがあっても同時に検索できる。画像ではKO IDとKEGG compound ID(Cで始まる)が入力されている。
コメント
なお、KEGG mapperは、KAAS(紹介)やKofamKOALA(紹介)などのKO アサイン結果を入力して、アサインされていKEGG pathway情報などの一覧を取得するのが代表的な使い方かと思います。特に目新しい情報ではないのですが、以前説明して助かったと言われていた方がいたので簡単に紹介しました。
引用
KEGG as a reference resource for gene and protein annotation
Minoru Kanehisa, Yoko Sato, Masayuki Kawashima, Miho Furumichi, Mao Tanabe
Nucleic Acids Res. 2016 Jan 4;44(D1):D457-62