DASHデータベース

HPより

DASH(Database of Aligned Structural Homologs)は、PDBに登録されている既知の構造的に相同なタンパク質のドメインと鎖の構造アライメントを集めたデータベースである。

その処理方法は、(a) CD-HITを用いてPDBから配列固有のタンパク質を99%の配列同一性でクラスタリングし、(b) Protein Domain Parser (Alexandrov N, Shindyalov I; Bioinformatics 2003)を用いて配列代表をドメインに分解し、(c) RASH (Standley DM, Toh H, Nakamura H; BMC Bioinformatics 2007)を用いてGoogle Cloud上で全てのドメイン対全てのドメインの 構造アラインメントを実行し、(d) 個々のドメインアラインメントから複合鎖アラインメントを構築する、というものである。

More Info

https://sysimm.org/dash/more_info

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https://sysimm.org/dash/にアクセスする。

PDBに登録されている既知の構造的に相同なタンパク質への検索を行うことができる。ホーム画面からは、PDB IDやタンパク質配列を指定して、アラインメントによる検索が行える。

Search by Structureタブでは、structural homologueの検索を行える (Beta)。

詳細はHPで確認して下さい。

引用

MAFFT-DASH: integrated protein sequence and structural alignment 

John Rozewicki,  Songling Li,  Karlou Mar Amada,  Daron M Standley, Kazutaka Katoh Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue W1, 02 July 2019, Pages W5–W10

参考

関連情報 PDBの使い方 > PDBファイルをダウンロードする

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