BBtoolsのreformat.shを使えば、ASCII+64でクオリティスコアを計算しているfastqをASCII+33に変換することができる。
シングルリード
reformat.sh in=input.fq out=output_phred33.fq qin=64 qout=33
ペアリード
reformat.sh in1=input1.fq in2=input2.fq out1=output1.fq out2=output2.fq qin=64 qout=33
BBtoolsで確認する。
testformat.sh in=output1.fq
>illumina (Q+64)
user$ testformat.sh in=input1.fastq
illumina fastq raw single-ended 100bp
>sanger (Q+33)
user$ testformat.sh in=phred33_R1.fq
sanger fastq raw single-ended 100bp
BBtoolsは以前紹介しています。
引用
Biostars
https://www.biostars.org/p/63225/
