指定した遺伝子のターゲットエンリッチメントを行う HybPiper

HybPiperは系統解析などを行うために遺伝子領域のエンリッチメントを行うことができるツール。NGSのリードを出発点として、準備した遺伝子配列セット（bait）にリードをアライメントし（BWA, BLAST）、spadesで個別にアセンブルを実行する。出力はcDNA配列とその翻訳産物となる。これを系統解析に使用する。またパラログの出力もサポートしている。

マニュアル

https://github.com/mossmatters/HybPiper/wiki/Installation

インストール

セットアップwiki

https://github.com/mossmatters/HybPiper/wiki/Installation

依存

samtools

全てbrewとpipでインストールできる。

sudo pip install biopython 
brew install exonerate 
brew install bwa 
brew install samtools 
brew install spades 
brew install blast 
brew install parallel

GNU parallelは、使用前に以下のように打つ。

parallel --bibtex

will citeと打ちEnter。

Type: 'will cite' and press enter.

> will cite

これで使用できる。

本体 (Github)

git clone https://github.com/mossmatters/HybPiper.git 
cd HybPiper/ 
./reads_first.py --check-depend #依存ツールのチェック

usr $ ./reads_first.py --check-depend

HybPiper was called with these arguments:

./reads_first.py --check-depend

blastx found at /usr/local/bin/blastx

exonerate found at /usr/local/bin/exonerate

parallel found at /usr/local/bin/parallel

makeblastdb found at /usr/local/bin/makeblastdb

spades.py found at /usr/local/bin/spades.py

bwa found at /Users/kazumaxneo/bwa-0.7.5a/bwa

samtools found at /Users/kazumaxneo/Documents/samtools-1.3.1/samtools

Package Bio successfully loaded!

Everything looks good!

goodと出る。

実行方法

チュートリアル

https://github.com/mossmatters/HybPiper/wiki

はじめにテストデータをランする。

cd test_dataset/ 
./run_tests.sh

時間があればまとめます。

引用

HybPiper: Extracting coding sequence and introns for phylogenetics from high-throughput sequencing reads using target enrichment

Matthew G. Johnson, Elliot M. Gardner, Yang Liu, Rafael Medina, Bernard Goffinet, A. Jonathan Shaw, Nyree J. C. Zerega and Norman J. Wickett

Appl Plant Sci. 2016 Jul; 4(7): apps.1600016.

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

指定した遺伝子のターゲットエンリッチメントを行う HybPiper