macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

de novo transcriptome

SuperTranscripts 其の2

Githubで紹介されている、Supertransctiptsを非モデル生物のRNA seq解析に適用する場合の流れを確認する。以下のようなフローをとる。 de novoアセンブリして得たcontigにマッピングして定量し、定量結果からクラスタリングする。そのクラスタリング情報を使…

SuperTranscripts 其の1

ハイスループットシークエンシングは、cDNA配列のシーケンスを可能にし、単一の手頃なアッセイを用いて発現レベルを定量化することができるため、トランスクリプトミクスに革命をもたらした[論文より ref.1,2]。 RNAシークエンシング(RNA-seq)は、遺伝子レ…

de novo transcriptomeのcontigクラスタリングツール Corset

RNA-seqは、トランスクリプトームの様々な側面を研究するための強力な技術である。それは、遺伝子発見、選択的スプライシングイベントの検出、継時的発現分析、融合の検出、SNPおよび転写後エディティングなどの変異の同定を含む広範囲の用途を有する[ref.1]…

RNAのリファレンスガイドアセンブリを行いDe novo RNA seqの精度を上げる BRANCH

非モデル生物のDe novo RNA seq解析は断片化したRNAしかできないので、DEG解析が困難となる。BRANCHはそういった不完全なRNAに対して使う方法論で、近縁種のゲノム、またはcontigの情報をRNAのガイドとして利用し、アセンブルの精度を高める方法論。ゲノムの…

de novo transcriptome向けのアノテーションツール; Trinotate

de novo transcriptomeのアノテーションツールとしてblast2GOがよく知られているが、Trinotateというツールが発表された(論文はまだ)。Trinotateは非モデル生物のデータにも対応したde novo transcriptome向けアノテーションツールである。解析・付与でき…

ゲノム情報はないが、モデル生物と近縁な生物のRNA seq 解析

ゲノム情報はないが近縁種のゲノムが解読されているような生物でRNA seqを行うと決まったら、どんなワークフローで進めるべきだろうか?マイクロアレイと違い、RNA seqならde novoでも解析は不可能ではない。ゲノムがモデル生物とほぼ同じならば、深く考えな…

RNA seq 非モデル生物の解析

ゲノム情報がない場合、まず最初にアセンブリから始めることになる。RNAのアセンブリはTrinityが有名なのでtrinityを使ってみる。練習データとして、SRAに登録されているレタスのRNA seqデータを使う。 http://trace.ddbj.nig.ac.jp/DRASearch/submission?ac…