GUIツール
gbtliteは、kbseahさんが作ったメタゲノムのカバレッジやGCのplotを描画してグラフ出力できるwebツール 。 I’ve written up a simple browser-based visualization for rendering coverage-GC% plots, called gbtlite. https://kbseah.wordpress.com/2016/12…
シーケンシングコストが低下するにつれて、バクテリアゲノムの配列が増加している。現在、NCBI（Benson et al、2009; Sayers et al、2009）、SEEDデータベース（Overbeek、Disz＆Stevens、2004）には約15,000種類の原核生物ゲノムがあり、約75,000種類のアセ…
2012年、世界保健機関（WHO）は抗生物質時代の終焉の始まりと、ささいな細菌感染でさえ致命的になる時代に戻りうることを発表した[論文より ref.3]。それ以来、抗生物質耐性の問題は増大し続けており、WHOレポート「Antimicrobial resistance: global report…
DNAシーケンシング技術の継続的な進歩により、適度なコストでますます多くのゲノムが迅速にシーケンシングできるようになっている（論文より ref.1）。しかしながら、現在のDNAシーケンシングプラットフォームから生成された膨大な数のリードのアセンブリに…
2019 6/11追記 http://darlinglab.org/mauve/user-guide/reordering.html より。 インストール mac os 10.13でテストした。 mauveのHPからインストーラーをダウンロードする。 http://darlinglab.org/mauve/download.html ラン 1、起動したらメニューのTools…
変異を特定することは、病気の病因を理解する上で重要である。ハイスループットな次世代ゲノム技術の進歩により、ゲノムシーケンシング、エクソンシークエンシング、RNA-SeqおよびChIP-Seqは、複雑なメンデル症の感受性遺伝子座を同定するための標準となって…
DNAシーケンシング技術は、自動サンガーシーケンシング（Sanger et al、1977）から次世代シーケンシング（NGS; Shendure＆Ji（2008）およびアセンブリまで革新的な進化を遂げている。NGSは高い処理能力（Schuster、2008）のために支配されているが、高コスト…
2019 1/17 タイトル修正 FasParser1 abstract シーケンスデータを操作するために、「FasParser」と呼ばれるコンピュータソフトウェアパッケージを開発した。これはパーソナルコンピュータで様々な分析を行うことができるソフトウエアで、その機能には、カウ…
ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）は、分子生物学の基本であり、核酸増幅に使用される最も重要な実験技術である。（一部略） 増幅反応を引き起こすための熱サイクリングに依存しない多くの等温増幅技術も開発されている。 そのような技術の１つは、鋳型DNAをオリ…
Antimicrobial resistance（AR）は、近年急速に増加する現象であり、世界的な公衆衛生上の重大な脅威である（論文より ref.1,2）。 EnterobacteriaceaeやPseudomonasのような新興のカルバペネム系抗生物質耐性バクテリアは、多くの治療法を無効にしているた…
コスト削減と性能向上のために、ハイスループットシークエンシングや次世代シークエンシング（NGS）マシンは世界中の数十のゲノム研究所で数百万の配列を生産している（論文より ref.1-4）。 NGSデータのアプリケーションは多様であり、例えば、NGSは、大規…
2020 7/24 関連文献追記 Circos（Krzywinski et al、2009）（HP）は、ビジュアルデータを環状形式で表現するPerl言語ベースのツールである。ネイティブのCircosソフトウェアは、コマンドラインインターフェイス（CLI）を介して提供されている。ソフトウェア…
微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…
環状ゲノム表現は、ゲノム全体のデータを包括的に検査する優れた方法を提供する。 CGView（論文より Stothard and Wishart、2005）、GenomeVx（Conant and Wolfe、2008）、GeneWiz（Hallin et al、2009）およびDNAPlotter（Carver et al、2009）を含む環状視…
2019 1/10 追記 Cyberinfrastructureは、直訳するとサイバー空間のインフラとなる。計算科学の分野では大規模な計算化学の課題に対する解決策を提供するもの、というような意味で使われている（wiki）。CyVerseはこのCyberinfrastructureを提供する、様々な…
遺伝病研究における次世代技術の使用が普及している。 exomeおよび全ゲノムシーケンシングが利用可能になると、データの解析と解釈が必要になる。遺伝病の研究に使えるVarSifter [論文より ref.1]、GEMINI [ref.2]、GeneTalk [ref.3]、CanvasDB [ref.4]、Exo…
ハイスループットシーケンシング（HTS）技術は多くの微生物学的問題に対処するための費用対効果の高い便利なアプローチとして浮上し、この分野を大きく変えている。完全なゲノム情報にアクセスすることは、微生物学における基礎研究に革命をもたらし、例えば…
全ゲノム重複（WGD）などの倍数性事象は、単一の生物体内に2つ以上のゲノムコピーを作成する。重複（サブゲノム）に由来するホモロガスな染色体の全セットは、遺伝子が相同染色体の1つからlossするfractionationと呼ばれる過程で遺伝子欠損を受ける（Langham…
一般にsimple sequence repeats（SSR）またはsimple tandem repeats（STR）とも呼ばれるマイクロサテライトは、1〜6bpの単位長の短いタンデム反復DNA配列である。マッピングや集団遺伝学、法医学検査および系統解析（Ellegren 2004; Vieira et al、2016）に…
次世代シークエンシングは疾患関連遺伝子変異体の発見を容易にし、ルーチンの臨床診療における遺伝子診断に広く使用されている。Variant call format（VCF）は、医療遺伝学の研究および診断からの遺伝子変異データを報告するためのコミュニティ標準となって…
次世代シークエンシング（NGS）技術は、オルガネラゲノム配列のavailabilityを爆発的に増加させた（論文より ref.1）。しかし、シーケンスアノテーションは依然として大きなボトルネックになっている。オルガネラゲノムの（半）自動注釈のための4つのツール…
ミトコンドリアおよび色素体（葉緑体）は、それぞれαプロテオバクテリアおよびシアノバクテリアに由来する真核細胞の細胞内小器官である。ミトコンドリアおよびプラスチドは、二本鎖DNAのゲノムを保持しており、それらはオルガネラ内で複製および発現し、通…
Serial Clonerは、MacintoshとWindowsに対応した遺伝子編集ソフトウェア。 FASTAファイルの読み書き、DNA Striderと互換性のあるファイルの読み書きをサポートする。 Vector NTI、MacVector、ApE、DNAstar、pDRAW32およびGenBank形式、さらにVectorNTIマルチ…
デノボゲノムアセンブリは、ロングリードシーケンシングおよびマッピングの進歩により、大きなゲノム上でますます扱いやすくなってきており、生物の系統樹全体にわたるより高品質でより数の多いリファレンスがもたらされている（Lee et al、2014; Roberts et…
ゲノムアイランド（GIs）は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される（wiki）。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ（論文より ref.1,2）内のバクテリアおよびアーキアの適応度…
Genome 10K Project（論文より ref.1）、 Bird 10,000 Genomes (B10K) Project（ref. 2）、i5k: Sequencing Five Thousand Arthropod Genomes Project（ref.3）など、様々な大規模ゲノムプロジェクトの成果とともに、様々な種から大量のゲノム配列が蓄積して…
微生物遺伝マーカー（MGMs）は、系統分類およびtaxonomy分析で広く使用されている遺伝子または他のDNA配列である。そのような分析に適したMGMsの特性は、比較的保存された配列組成（論文より ref.2）と同様に、種を越えたそれらの普遍的な存在である。真核生…
ショートリードシーケンシングデータのデノボアセンブリでは、通常、断片化された配列セット（コンティグ）が生じる。このようなコンティグの順序および方向の決定は、ゲノムのFinishingに向けた最初の些細ではないステップを表しており、手動編集を必要とす…
NGS解析技術の発展により特にバクテリアのゲノム解析が容易になり、関連するゲノムの数も劇的に増加した。しかしゲノムのアセンブリは簡単に自動化することはできない。 事実、ドラフトのギャップを埋めるために、一連のPCRを設計しなければならない。 この…
ゲノムアノテーションは、ゲノム配列中の異なるセグメントの機能を同定して示すために使用され[ 論文より ref.1 ]、多くの下流ゲノム解析の基礎となっている。 真核生物[ref. 2 ]および原核生物[ref. 3 ]のためのいくつかのアノテーション手法（AM）が開発さ…
