macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GUIツール

GC-skewと複数アセンブルデータを使ってバクテリアのゲノムアセンブリを改善するGUIツール GFinisher

GFinisherはゲノムのアセンブルで得たコンティグを、似たゲノムの情報と他のアセンブルツールのコンティグ情報を使い、contiguityを改善するツール。始めに似たゲノムにコンティグを貼り付け、他のコンティグ情報も使いターゲットのコンティグを並べ替える。…

アセンブルのギャップクローズを支援する GapBlaster

GapBlasterは、ゲノムのアセンブリで得られたコンティグを用いて、NNNで繋がったスキャフォールドのクローズを支援するjavaのツール。GUIで動作する。アセンブリで得られたコンティグをblast+/legacy blast/mummerの新井面ツールでスキャホールドにアライメ…

DNAでもRNAでも使える、複数サンプルのマッピングを同時比較できるGUIツール Qualimap2

2019 9/8 インストール追記 公式サイト http://qualimap.bioinfo.cipf.es ユーザーマニュアル http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/index.html ワークフロー http://qualimap.bioinfo.cipf.es/doc_html/workflow.html CUI環境でのラン。 http://qualim…

Synteny blockを検出して、染色体の類似領域を可視化する Cinteny

Cintenyは類似の生物間のゲノム配列を比較し、Synteny block(wiki)で描画するツール。人やマウスなどのデータについてはビルド済みのwebサーバーが提供されており、すぐにゲノム比較を行うことができる。 webサーバー http://cinteny.cchmc.org 使い方につ…

リファレンスゲノム情報を使ってcontigをソートし、ギャップクローズのPCRプライマーを自動設計するProjector 2

Projector 2はリファンレンスのゲノムを使い、de novo assemblyで作ったcontigをconcatenateして、さらに隣接したcontigを跨ぐ特異的なプライマーを自動設計して、Finishingを助けるツール。contigの接続の指標となる参照するゲノムはドラフトでも使える。リ…

プライマーがどれだけユニークか調べるwebツール GenomeTester 1.3

GenomeTester 1.3はプライマーペアの結合サイトをゲノム全体から調べて、どれだけの断片が増幅されるのか予測するツール。データベース化されたヒトゲノムといくつかのモデル真核生物ゲノムで使用できる。 webサーバー http://bioinfo.ebc.ee/genometester/ …

構造変化の予測結果を可視化する SVPV

SVPVは 構造変化の検出結果のvcfファイルを読み込んで、異なる構造変化の検出ツールでの解析結果を比較できるツール。特定の条件でフィルタリングすることが可能になっている。GUIのアプリでも提供されている。 オーサーらが作成したSVの解説wiki https://gi…

バクテリアの保存されたgene clusterを探し、結果をビジュアル表示する Gecko3

Gecko3は複数ゲノムを比較して、保存された遺伝子クラスターを検出する方法論。ユーザーが指定した特定の遺伝子群について関連のある遺伝子や遺伝子クラスターを検索することができるSTRINGなどのデータベースと異なり、Gecko3は調べたい生物群の全遺伝子を…

数百から数千のバクテリアゲノムを比較する Harvestスイート

2019 12/9 インストール更新 2020 5/31 インストール方法修正 2020 6/8 挿入文章変更、タイトル変更 2021 6/23 vcf input追記 現在、多くの微生物種について全ゲノム配列が利用可能になっているが、既存の全ゲノムアラインメント手法では、複数の配列を同時…

deep sequenceされたウィルスのアセンブルツール sparNA

sparNAはウィルスゲノムのアセンブリツール。ウィルスゲノムはRNA ploplymeraseのエラー率の高さなどの要因でhetero genesityが非常に高いため、特別な仕分け方をしない限りpopulation genomeやmeta genomeのデータセットに近い状態でシーケンス解析が行われ…

バクテリアなどのスモールゲノムの比較結果を可視化する BRIG

2018 9/22 タイトル修正 BRIG(BLAST Ring Image Generator)はゲノム比較のためのツール。blast(blastn、blastp、blastxなど選択可能)を行い、ホモロジー解析結果をリング状の図に出力することができる。ゲノムサイズは20Mまで対応しているらしい。javaの…

アセンブルのgraphを可視化する GUIツール Bandage

2018 9/19 コマンド修正 2018 11/17 文章修正 2018 12/15 インストール追記 2019 2/28 追記 2019 3/19 scafofldsのコマンドのミス修正 2019 5/15リンク追加 2020 3/8動画追加 2022/06/02 ツイート追加 bandageはde novo assemblerのfastgファイルを入力とし…

メタゲノムデータをbinningして種を予測するMBBC

MBBCはメタゲノムをbinningする方法論。リード中のk-mer頻度とk-merカバレッジから分類とabundanceの見積もりを行う。2015年に論文が発表された。 マニュアル http://eecs.ucf.edu/~xiaoman/MBBC/man1V1.html インストール ダウンロード 実行方法 GUIバージ…

DNA解析ソフトに近い機能を提供するwebツール集 SMS

2019 8/7リンク追加 2021 10/3リンクエラー修正 SMSは、NGSの登場よりずっと以前から使われているDNA/プロテインの編集や変換ができるツール集である。昔からあるDNA解析ソフトの大半の機能をカバーしている。webサーバー版とオフラインで動くローカル版があ…

メタゲノムデータをbinningして出力可能なGUIアプリ VizBin

2019 7/5文章修正 VizBinはメタゲノムデータをレファレンスに依存せずにbinnigする手法。テトラヌクレオタイド頻度情報を使いアセンブルデータを分類する。最終的に2次元のPCAプロットとしてビジュアル化してくれる。どこからどこまでを1つの生物として抽…

アセンブリ結果を評価する QUAST

2019 4/12 quast-lg追記 QUASTはspadesアセンブラで有名なAlgorithmic Biology Labのチームが発表した、アセンブリの性能や精度を評価するツール。web版とコマンドラインでランするローカル版がある。 QUASTマニュアル ダウンロード http://bioinf.spbau.ru/…

DNA解析ソフト1 Snapgene

2018 10/26 追記 2019 4/22 プライマーの説明追加 2019 5/30 誤字修正 2019 7/1 追記 2020 1/6 リンク追加 2020 1/25 追記 2020 2/12 分かりにくい表現を修正 SnapGeneはプラスミドやゲノムの解析ソフトである。ビジュアルで見やすく表示する機能に特化して…

ゲノム比較のmurasakiと結果を表示するGMV

2020 5/25 docker link追加、ヘルプ追加、分かりにくい文章の修正 murasakiは複数ゲノムの相同性ある領域の探索を高速に行うツールで、GMVはその比較結果を見るためのビューアソフトである。領域によってカラフルな色がつくので、ゲノムリアレンジメントなど…

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したGUI(CUI)ツール Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…

Artemis使用法

2020 3/1 リンク追加 Artemisはサンガー研で開発されたゲノムデータをビジュアルで見れるソフト。ゲノムのデータ(genebakファイルなど)を読み込ませると、遺伝子単位まで拡大して確認できる。ダウンロードはここから http://www.sanger.ac.uk/science/tool…