2019 6/11追記
http://darlinglab.org/mauve/user-guide/reordering.html
より。
インストール
mac os 10.13でテストした。
mauveのHPからインストーラーをダウンロードする。
http://darlinglab.org/mauve/download.html
ラン
1、起動したらメニューのTools からMove Contigsを選択。
２、出力ディレクトリを指定する。たくさんの作業ファイルができるので空のディレクトリが良い。
３、sortしたいfastaファイルを選択する。まずはお手本のリファレンスFASTAを選択し、次に、そのリファレンスに従ってsortしたいFASTAを選択する。ここでは、アセンブリした配列ではないが、手元にあったE.coli K-12とE.coli O157を比較している。
Startをクリックするとジョブが開始される。通常通りProgressive mauveが実行され、アライメント結果のビューアも起動する。
そのまま２回目のProgressive mauveが実行される。終わるとソート後のアライメント結果のビューアも起動する。リファレンスに沿ってsortされているので、contig同士の比較がしやすくなっている。
肝心の sortされたFASTAファイルは、指定したディレクトリに保存される。理想的な配置になるまで、Move Contigs機能では、mauveのランはリファレンス通りの配置、向きになるまで繰り返される。
うまくいけばcontigの並びが完全にリファレンス通りになり、２つの配列を直線的に比較できるようになる。
コマンドラインから実行する場合、mauveアプリケーション内のjava実行ファイルを指定する。
java -Xmx500m -cp /Applications/Mauve.app/Contents/Java/Mauve.jar \
org.gel.mauve.contigs.ContigOrderer -output output/ \
-ref E_coli.fa -draft contig.fa
テスト時はエラーを起こした。
追記
D-GENIESでもソートが可能。
mauveは以前紹介しています。
引用
progressiveMauve: multiple genome alignment with gene gain, loss and rearrangement
Darling AE1, Mau B, Perna NT
LoS One. 2010 Jun 25;5(6):e11147
Mauve: Multiple Alignment of Conserved Genomic Sequence With Rearrangements
Aaron C.E. Darling,1,2,6 Bob Mau,2,3 Frederick R. Blattner,4,5 and Nicole T. Perna2,5
Genome Res. 2004 Jul; 14(7): 1394–1403. doi: 10.1101/gr.2289704
