GTDBデータベースを扱うためのRustツール xgt

レポジトリより

xgtは、GTDBデータベースの効率的なクエリとパースを可能にするRustツール。GTDB APIをミラーリングし、追加のパース機能を提供するコマンドのコレクションで構成されている。

インストール

#rustcが古いならアップグレードする
rustup update

#本体
git clone https://github.com/Ebedthan/xgt.git
cd xgt
cargo build --release
cargo test
cargo install --path .

> xgt -h

Search and parse GTDB data

Usage: xgt <COMMAND>

Commands:

search Search GTDB by taxa name

genome Get GTDB genome informations

help Print this message or the help of the given subcommand(s)

Options:

-h, --help Print help

実行方法

GTDBを検索するxgt searchコマンドとGTDBのゲノム情報を得るxgt genomeコマンドがある。

# Search all genomes with genus name containing aminobacter
xgt search -p aminobacter

# Search a list of taxon name
xgt search -f list.txt

# Get GTDB genome information
xgt genome GCA_001512625.1

# Get taxon history on GTDB
xgt genome --history GCA_001512625.1

# Get genome metadata
xgt genome --metadata GCA_001512625.1