macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Circosプロットをインタラクティブに作成するためのR/Shinyアプリケーション shinyCircos

 

 Circosプロットの作成は、ゲノムデータを視覚化する最も効率的なアプローチの一つである。しかし、Circosプロットを作成するための既存のツールをインストールして使用することは、コーディングの経験がないユーザーにとっては難しい。この問題を解決するために、著者らはR/ShinyアプリケーションshinyCircosを開発した。shinyCircosは、パーソナルコンピュータや、ローカルまたはパブリックサーバに簡単にインストールできる。さらに、様々なタイプのCircosプロットを簡単なマウスクリックで簡単に生成し、装飾することができる。shinyCircosとそのマニュアルは、https://github.com/venyao/shinyCircos で自由に利用できる。shinyCircosは、オンライン利用のために、https://yimingyu.shinyapps.io/shinycircos/http://shinycircos.ncpgr.cn/ に配置されている。

 

Github


Circosのtutorialファイル

http://circos.ca/software/download/tutorials/

 

webリソース

https://venyao.xyz/shinyCircos/ にアクセスする。

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注;ローカルのコンピュータにインストールして使用することが推奨されている。

 

example dataが用意されており、クリックするとダウンロードできる。

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ダウンロードしたgeneral data(hg19)

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このファイルをアップロードする。

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(Generalを選択)

 

Goボタンでアップロード内容を確認

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一度視覚化してみる。Circos visualizationタブに移り、 メニュー下のGoボタンを押す。

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次はexampleのcytoband.csvをダウンロードした。

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Cytobandに切り替えてからアップロードする。

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視覚化する。

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カリオタイピング結果が追加された。

 

次はダウンロードしたpoint dataをtrack1として追加する。track1にチェックを付けた後、アップロードする。

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track1にチェックを付けてからGoボタンで視覚化する。

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チェックを付けるとメニューが展開され、視覚化パラメータを細かくカスタマイズできるようになる。値を変えながら調整していく。

 

3つのtrackを視覚化した。

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視覚化した結果はSVGやPDFとしてダウンロードできる。また、作図のコードもダウンロードできる。

引用

shinyCircos: an R/Shiny application for interactive creation of Circos plot 
Yiming Yu,  Yidan Ouyang,  Wen Yao
Bioinformatics, Volume 34, Issue 7, 01 April 2018, Pages 1229–1231

 

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