2023/11/01 URL修正
Circosプロットの作成は、ゲノムデータを視覚化する最も効率的なアプローチの一つである。しかし、Circosプロットを作成するための既存のツールをインストールして使用することは、コーディングの経験がないユーザーにとっては難しい。この問題を解決するために、著者らはR/ShinyアプリケーションshinyCircosを開発した。shinyCircosは、パーソナルコンピュータや、ローカルまたはパブリックサーバに簡単にインストールできる。さらに、様々なタイプのCircosプロットを簡単なマウスクリックで簡単に生成し、装飾することができる。shinyCircosとそのマニュアルは、https://github.com/venyao/shinyCircos で自由に利用できる。shinyCircosは、オンライン利用のために、https://yimingyu.shinyapps.io/shinycircos/ と http://shinycircos.ncpgr.cn/ に配置されている。
Circosのtutorialファイル
http://circos.ca/software/download/tutorials/
webリソース
https://yimingyu.shinyapps.io/shinycircos/にアクセスする。
注；ローカルのコンピュータにインストールして使用することが推奨されている。
example dataが用意されており、クリックするとダウンロードできる。
ダウンロードしたgeneral data（hg19）
このファイルをアップロードする。
（Generalを選択）
Goボタンでアップロード内容を確認
一度視覚化してみる。Circos visualizationタブに移り、 メニュー下のGoボタンを押す。
次はexampleのcytoband.csvをダウンロードした。
Cytobandに切り替えてからアップロードする。
視覚化する。
カリオタイピング結果が追加された。
次はダウンロードしたpoint dataをtrack1として追加する。track1にチェックを付けた後、アップロードする。
track1にチェックを付けてからGoボタンで視覚化する。
チェックを付けるとメニューが展開され、視覚化パラメータを細かくカスタマイズできるようになる。値を変えながら調整していく。
３つのtrackを視覚化した。
視覚化した結果はSVGやPDFとしてダウンロードできる。また、作図のコードもダウンロードできる。
気づいた点
・ORFなどをプロットするために、valueを全て同じ値で書くとエラーにある。正方向と逆方向などにわけて1と-1にするなど、２種類以上の値があれば回避できる。
引用
shinyCircos: an R/Shiny application for interactive creation of Circos plot
Yiming Yu, Yidan Ouyang, Wen Yao
Bioinformatics, Volume 34, Issue 7, 01 April 2018, Pages 1229–1231
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