2018 10/11 コードの誤り修正
Illumiprocessorは、illuminaのSEとPEのシーケンシングリードからアダプターのコンタミネーションをトリミングするツール。 double-indexのリードのトリミングができる。 scytheとsickle（v1.xで使用）よりtrimmomatiを使った方がパフォーマンスが向上するという観察から、内部で利用するトリミングツールにはtrimmomaticが選択されている。trimmomaticを並列実行することで高速化しており、trimmomatic を高速化するラッパーツールとも言える。本ツールの実行後、scytheを追加実行することで、潜在的なアダプター汚染の全てを徹底的に除くことができるとされる。Illumiprocessor自体は論文にはなっていないが、いくつかの論文で使用されている。
バッチ処理に向いた実装をしており、configファイルに記載することで、大量のデータを自動で処理できるようになっている。
マニュアル
https://illumiprocessor.readthedocs.io/en/latest/
インストール
mac os10.12のminiconda2-4.3.30環境でテストした。
conda install -c bioconda illumiprocessor
> illumiprocessor -h
$ illumiprocessor -h
usage: illumiprocessor [-h] --input INPUT --output OUTPUT --config CONFIG
[--trimmomatic TRIMMOMATIC] [--min-len MIN_LEN]
[--no-merge] [--cores CORES] [--r1-pattern R1_PATTERN]
[--r2-pattern R2_PATTERN] [--se]
[--phred {phred33,phred64}] [--log-path LOG_PATH]
[--verbosity {INFO,WARN,CRITICAL}]
illumiprocessor: error: argument --input is required
——
user~/local: $ illumiprocessor -h
usage: illumiprocessor [-h] --input INPUT --output OUTPUT --config CONFIG
[--trimmomatic TRIMMOMATIC] [--min-len MIN_LEN]
[--no-merge] [--cores CORES] [--r1-pattern R1_PATTERN]
[--r2-pattern R2_PATTERN] [--se]
[--phred {phred33,phred64}] [--log-path LOG_PATH]
[--verbosity {INFO,WARN,CRITICAL}]
Batch trim Illumina reads for adapter contamination and low quality bases
using Trimmomatic
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--input INPUT The input directory of raw reads to trim. (default:
None)
--output OUTPUT The output directory of clean reads to create.
(default: None)
--config CONFIG A configuration file containing the tag:sample mapping
and renaming options. (default: None)
--trimmomatic TRIMMOMATIC
The path to the trimmomatic-0.XX.jar file. (default: /
Users/user/.pyenv/versions/miniconda2-4.3.30/bin/trimm
omatic)
--min-len MIN_LEN The minimum length of reads to keep. (default: 40)
--no-merge When trimming PE reads, do not merge singleton files.
(default: False)
--cores CORES Number of compute cores to use. (default: 1)
--r1-pattern R1_PATTERN
An optional regex pattern to find R1 reads. (default:
None)
--r2-pattern R2_PATTERN
An optional regex pattern to find R2 reads. (default:
None)
--se Single-end reads. (default: False)
--phred {phred33,phred64}
The type of fastq encoding used. (default: phred33)
--log-path LOG_PATH The path to a directory to hold logs. (default: None)
--verbosity {INFO,WARN,CRITICAL}
The logging level to use. (default: INFO)
——
実行方法
図のような３組のペアエンドfastq、sample1-3を処理するとする。
１、ランに必要なconfigファイルを作成する（phyluceのマニュアルを参考にした link）
cat >illumiprocessor.conf <<EOF
# this is the section where you list the adapters you used. the asterisk # will be replaced with the appropriate index for the sample.
[adapters]
i7:AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC*ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
i5:AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGTAGATCTCGGTGGTCGCCGTATCATT
# this is the list of indexes we used
[tag sequences]
BFIDT-016:ATGAGGC
BFIDT-045:AATACTT
BFIDT-011:TTCTCCT
# this is how each index maps to each set of reads
[tag map]
sample1_name:BFIDT-016
sample2_name:BFIDT-045
sample3_name:BFIDT-011
# rename
[names]
sample1_name:sample1_output
sample2_name:sample2_output
sample3_name:sample3_output
EOF
２、illumiprocessorを実行。
illumiprocessor \
--input input_fastq/ \
--output cleaned_output/ \
--config illumiprocessor.conf \
--cores 12
出力ディレクトリ。指定した名前のサブディレクトリがデータごとにできる。
トリミング後のfastqはsplit-adapter-quality-trimmed/に保存される。ペアエンドの順番が保持されているリードはREAD1とREAD2に出力され、片方が除去されアンペアになったリードはsingletonのファイルに出力される。他、logファイルなどが出力される。
引用
Faircloth, BC. 2013. illumiprocessor: a trimmomatic wrapper for parallel
adapter and quality trimming. http://dx.doi.org/10.6079/J9ILL.
Bolger, A. M., Lohse, M., & Usadel, B. (2014). Trimmomatic: A flexible
trimmer for Illumina Sequence Data. Bioinformatics.
http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170.
参考HP
