インストール
cent OSに導入した。
https://github.com/sheikhizadeh/ACE/
brewで導入できる。
パスが通ったディレクトリに移動しておく。
user$ delly
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Program: Delly
This is free software, and you are welcome to redistribute it under
certain conditions (GPL); for license details use '-l'.
This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details use '-w'.
Delly (Version: 0.7.7)
Contact: Tobias Rausch (rausch@embl.de)
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Usage: delly <command> <arguments>
Commands:
call discover and genotype structural variants
merge merge structural variants across VCF/BCF files and within a single VCF/BCF file
filter filter somatic or germline structural variants
実行方法
ゲノムサイズを指定してエラー補正を行う。出力はヘッダーなしのsamになる。
ace 4000000 input.fq output
k-merサイズをユーザが指定する事は出来ない。
引用
ACE: accurate correction of errors using K-mer tries
Siavash Sheikhizadeh Dick de Ridder
Bioinformatics, Volume 31, Issue 19, 1 October 2015, Pages 3216–3218
