macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

protein search

タンパク質を使って高感度にメタゲノムのtaxonomy assignmentを行う kaiju

2018 10/7 タイトル修正 2018 11/20 conda追加 2018 12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 2022/06/25 help更新 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNAを直接得ることができる。…

超高速でDNAとタンパク質のアライメントを行う AC-DIAMOND

2019 1/17 condaインストール追記 2019 1/29 追記 2020 7/23 誤字修正 2020 7/24 help更新、例修正 シーケンシング技術の急速な進歩により、微生物の大量シーケンシングデータを作成することが可能になった。このようなデータの解析では、コンティグやリード…

MinHashを使いfasta / fastqから生物種を高速推定する BBSketch

2019 6/13 追記 2019 7/18 インストール追記 2020 7/7 コマンド追記、help 更新 2020 7/9 文章追記 以前このブログで紹介したBBtoolsに、Minhashアルゴリズム(リンク)を使ってわずか数秒でゲノムなどの大きな配列を比較し、トップヒットを返してくれる機能…

BLASTとコンパチブルで高速なホモロジー検索ツール Diamond

2019 1/20 help追加 、コマンド追記, 6/9 -コマンド例から-max-target-seqs削除, 7/19 追記 2021 2/13 ツイート追記 2022/04/07 インストール追記、07/22 例追記、help更新 Diamondはindexのつけ方を工夫することでBLASTXの解析速度を加速できるツール。blas…

de novo transcriptome向けのアノテーションツール; Trinotate

2018 10/30 コード修正 2019 10/11 インストール追記、関連ツールリンク追記 2019 10/12 help追記、 2020 2/1 間違ったdockerリンク消去 de novo transcriptomeのアノテーションツールとしてblast2GOがよく知られているが、Trinotateというツールが発表され…

隠れマルコフモデル(HMM)のペアワイズアラインメントに基づいた高感度なタンパク質配列検索ツール HMMER

2019 6/25インストール追記, 12/17 タイトル修正 2020 7/12 help追加、タイトル修正, 7/14 helpとGitHubリンクを間違ったため差し替え, 8/11 ダウンロードリンクをカレントに修正 2022/04/07 インストール手順更新 2022/06/24 論文引用 2022/07/08 追記 HMME…