macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2021-12-23から1日間の記事一覧

Redを使ったゲノムアセンブリのソフトマスクを行う redmask

タイトルの通りのツール。ランするにはRed (Repeat Detector) とbiopythonが必要。 インストール Github mamba create -n red python=2.7 -yconda activate red#red,biopython,natsortmamba install -c bioconda -y red biopython natsortgit clone https://…

翻訳された遺伝子のマッチングを迅速に同定、分類、アノテーションするためのツール GAMMA

参照データベースを用いて微生物配列の遺伝子を同定するために用いられるツールは、一般に一致度をパーセントで報告するが、配列同一性が100%未満の場合、特定のアミノ酸の変化が基質結合領域や酵素活性部位で起こる場合など、タンパク質の機能に劇的な影響…