fasta/fastqの操作
Sandyは、与えられたfastaファイルからシングルエンド/ペアエンドのリードを生成するシンプルなバイオインフォマティックツールである。多くの次世代シーケンシング分析は、実際には正確には満足されていない仮説モデルおよび原理に依存している。ポジティブ…
2019 3/9 twitterコメント追記 Preprintより DNA配列データベースは、シーケンシング技術の継続的な進歩により、指数関数的に成長している。通常、データ圧縮は保存スペースを節約するためにすべての保存DNAシーケンシングデータに使用される。1993年に最初…
2019 2/26 テストラン追加 Fastqフォーマットのファイルは、シーケンスと品質の両方の情報を1つのファイルにまとめて含むため、DNAシーケンスを共有するための主要なファイルフォーマットとなっている（ref.1）。さらに、オーバーラップするペアを結合するこ…
40年以上前に制限エンドヌクレアーゼが発見されて初めて使用されて以来、DNAを単一および複数のコンストラクトに組み立てる能力が分子生物学を推進してきた[論文より ref.1]。過去10年間で、合成生物学の分野を形作り、ゲノム規模の生物学的オペレーティング…
V-Xtractorは、隠れマルコフモデルを使用して、16S/18S rRNAの定義済みの超可変配列セグメント（V1〜V9）を検索、検証、および抽出する。99.6％の検出効率と低い偽陽性感受性により、このツールはデータの信頼性を向上させ、その後のコミュニティアッセイで…
ハイスループットDNAシーケンス技術の中で、Solexa / Illuminaプラットフォーム[ref.1]は、1回の実行で最大量のシーケンスデータを作成する[ref.2]。この技術の1つのユニークな特質は、与えられたDNA分子の両端からシーケンスリードを生成するその能力である…
seqkitを以前ブログで紹介した時は0..6.0でしたが、１年半近く経ち、2018年12月20日現在ではバージョンが0.9.4まで上がっています。ありがたいことに、bug fixだけでなく、新しいコマンドが複数追加されています。v0.6.1以降に追加されたコマンドについてま…
pauvreはdarrin t schultzさんがGithubに公開されている第三世代ロングリード分析用のユーティリティツール。簡潔なstatisticsおよび図を出力して解析をサポートする。 インストール mac os 10.12のminiconda3-4.0.5環境でテストした。 依存 python 3.x matp…
過去数年間に生産されたゲノムデータの量は、主に高スループットシーケンシング（HTS）技術の向上とゲノムのシーケンシングコストの削減によって大幅に増加した。ヒトに対する単一のゲノムシーケンシング実験は、典型的には数億のショートリード（長さ100〜1…
2018 12/3 図差し替え RNA-seq実験から正確な結果を得るには、前処理ステップでのクオリティチェック（QC）とシーケンスデータのフィルタリングが重要になる。ワークフローは通常、次のように進行する。最初にシーケンスクオリティチェックを行い、続いてア…
Documentation https://seqmagick.readthedocs.io/en/latest/ 対応フォーマット 拡張子によってフォーマットが自動認識される。 インストール mac os10.14の miniconda3-5.0環境でテストした。 依存 Python >= 3.4 biopython >= 1.70 本体 Github #Anaconda…
DNAシーケンシング技術の急速な低下に伴い、デノボ全ゲノムシーケンシング（WGS）プロジェクトは新しいゲノムについて非常に深いカバレッジを生み出している。しかし、これらの技術による高いカバレッジとゲノムアセンブリアルゴリズム（Gnerre et al、2011;…
ClipAndMergeはAlexander PeltzerさんがGithubで公開されている、アダプタートリミング、クオリティトリミング、ペアエンドのマージを一括して行ってくれるツール。ワンライナーでマージしたfastq出力を得ることができる。 インストール mac os10.14のminico…
2018 10/11 コードの誤り修正 Illumiprocessorは、illuminaのSEとPEのシーケンシングリードからアダプターのコンタミネーションをトリミングするツール。 double-indexのリードのトリミングができる。 scytheとsickle（v1.xで使用）よりtrimmomatiを使った方…
DNAシーケンシング解析では、通常、リードはただ1つのリファレンスゲノムにマッピングされる。 しかしながら、起源となるゲノムの確認を必要とする場合、複数のゲノムに対するマッピングが必要である。 複数のゲノムに対するマッピングは、汚染を検出するた…
次世代シークエンシング技術の登場により、DNA配列解析は、バイオインフォマティクスと生物学の両方でますます一般的なツールとなっている。この理由から、注釈されていないDNA配列を迅速に検査する能力は極めて重要である。しかし、FASTAファイルに含まれる…
インストール mac os10.13のPython 3.6.2 :: Anaconda 3-5.0.0 でテストした。 本体 GIthub pip install fastq-anonymous#Anaconda環境ならconda install -c bioconda fastq-anonymous > fastq-anonymous -h $ fastq-anonymous -h usage: fastq-anonymous [-…
シーケンシングコストが低下するにつれて、バクテリアゲノムの配列が増加している。現在、NCBI（Benson et al、2009; Sayers et al、2009）、SEEDデータベース（Overbeek、Disz＆Stevens、2004）には約15,000種類の原核生物ゲノムがあり、約75,000種類のアセ…
assembly-statsはsanger-pathogensのGithubレポジトリで公開されているアセンブリ配列の簡単な要約統計を出力するツール。 インストール mac os10.13でテストした。 本体 Github #Anaconda環境ならcondaでインストールできるconda install -c bioconda assem…
http://darlinglab.org/mauve/user-guide/reordering.html より。 インストール mac os 10.13でテストした。 mauveのHPからインストーラーをダウンロードする。 http://darlinglab.org/mauve/download.html ラン 1、起動したらメニューのTools からMove Cont…
8/24 誤字修正 A beginners guide to SNP calling from high-throughput DNA-sequencing data （Andre ́ Altman et al., 2012）より ハイスループットDNAシークエンシング（HTS）は、ライフサイエンスにおいてますます重要になっている。その最も顕著な用途…
2013年のペーパーより ハイスループットシーケンシング（HTS）は、シーケンシングデータの急速な成長率をもたらした。 著者らのラボでは、毎日テラバイトのデータを生成している。 これは通常、バリアントコーラー、定量およびアセンブリなどの一般的なタス…
SeqstatsはHeng Li（wiki）の優れたklibライブラリを使い、Cで書かれたツール。 シーケンスリード、リファレンスゲノムおよびアセンブリファイルの一般的な要約統計情報を提供する。 gzipまたはプレーンのfastqおよびfastaファイルを読み込むことができる。 …
fastqpはシンプルなNGSのシーケンスデータ（fastq、sam、bam）評価ツール。 インストール mac os 10.13 python2.7.14環境に導入した。 依存 Tested on Python 2.7, and 3.4 Tested on Mac OS 10.10 and Linux 2.6.18 Numpy, Scipy, and Matplotlib samtools …
2018 11/25 誤字修正 pfastq-dumpは、Ohtaさんが公開されているfastq-dumpを並列処理するpythonスクリプトparallel-fastq-dumpのbash実装バージョン。Sequence Read Archive（wiki）からダウンロードされたシーケンスデータ（SRAフォーマット ）をfastq-dump…
bamファイルをすでに作っているなら、ペアエンドのインサートサイズはPicard-tools等ですぐ出せますが、raw fastqしかない時にいちいちbamにして求めるのは少し面倒です。ワンランナーで出すスクリプト書きました。好みにあわせて修正して使ってください。手…
ハプロイド哺乳動物Y染色体配列は、大規模な次世代配列決定（NGS）プロジェクトではいくつかの理由により適切に組み立てられないことが多い。 Yは女性には存在せず、男性に1コピーのみ存在する。したがって、所望のシーケンスデプスを得るためには、2倍シー…
2019 5/20 condaインストールおよび引用追記、コメント削除 PEARはオーバーラップするペアエンドリードをマージするツール。フラグメントサイーズがリード長x2より小さい場合、ペアエンドリード間にオーバーラップが存在する。PEARはこのオーバーラップ領域…
2019 3/5 インストール追記、コマンドのわかりにくい部分を修正 2019 5/14 リンク追加 ハイスループットシーケンシングにより、新規ゲノムのシーケンシングが日常的に可能になっている。しかしながら、これらのゲノムの最も基本的な特徴、例えばサイズまたは…
リードの境目を気にせず、とにかくfastqやsamを分割したいという時は、splitコマンドが使いやすい。とちゃんと分けるならseqkit split（紹介）を使う。 --非圧縮ファイルの分割-- 100Mbずつ分割し、gzip圧縮して保存。 split -b 100m input output_ && gzip …
