HPより
Skeraは、PacBioのアレイ化されたリードを、アダプターの位置で分割し、リードセグメントを生成します。各入力/親リード（HiFi など）に対して、skera は複数の bam レコードを作成し、各フラグメントに対して 1 つずつ作成します。1本の親リードは、多くのフラグメントを含むことができます。Skera には、分割と取り消しの 2 つの主要な機能があります。Skeraのアンドゥは、入力フラグメントから元の親リードを再構成します。
HP
pbbioconda
https://github.com/PacificBiosciences/pbbioconda
インストール
#conda(link)
mamba install -c bioconda pbskera -y
> skera -h
skera - PacBio Concatenated Read Splitter
Usage:
skera <tool>
-h,--help Show this help and exit.
--version Show application version and exit.
Tools:
split splits sequences at adapter locations
undo undo skera split
Copyright (C) 2004-2022 Pacific Biosciences of California, Inc.
This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; it is intended for
Research Use Only and not for use in diagnostic procedures.
> skera split -h
skera split - splits sequences at adapter locations
Usage:
skera split [options] <Input dataset> <ADAPTERS.fasta> <Output dataset>
Input dataset FILE BAM/ConsensusReadSet XML
ADAPTERS.fasta FILE Adapters FASTA or AdapterSet XML
Output dataset FILE BAM/ConsensusReadSet XML
-h,--help Show this help and exit.
--version Show application version and exit.
-j,--num-threads INT Number of threads to use, 0 means autodetection. [0]
--log-level STR Set log level. Valid choices: (TRACE, DEBUG, INFO, WARN, FATAL). [WARN]
--log-file FILE Log to a file, instead of stderr.
Copyright (C) 2004-2022 Pacific Biosciences of California, Inc.
This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; it is intended for
Research Use Only and not for use in diagnostic procedures.
実行方法
PacBio BAM formatのHiFiリード、アダプター配列を記載したfataファイル、出力のmovie.bamの順に指定する。
skera split <movie>.hifi_reads.bam adapters.fasta <movie>.bam
引用
