macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

miRNA解析の手法を集めたプラットフォーム Tools4miR

 

 miRNAは、遺伝子の発現を抑制する短いノンコーディング分子であり、生物にとって重要な役割を果たしている。miRNA関連の研究のために、何十もの計算手法が開発されているが、それらはさまざまな面で大きく異なっている。比較が難しい手法が数多く存在するため、ユーザーが適切なツールを選択するのは困難であり、すべての手法を収集して分類するソリューションの必要性が指摘されている。ここでは、広義のmiRNA解析のために現在160以上の手法を集めた最初のプラットフォームであるtools4miRsを紹介する。収集されたツールは、いくつかの一般的なカテゴリとより詳細なカテゴリに分類されており、ユーザーは特定の研究ニーズ、能力、好みに応じて、利用可能なメソッドをさらに絞り込むことができる。Tools4miRsはウェブベースのターゲット予測メタサーバーでもあり、ユーザーが指定したターゲット予測法をユーザーが提供したデータの解析に組み込むことができる。

 

FAQ

https://tools4mirs.org/help/

 

webサーバー

https://tools4mirs.org/にアクセスする。

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最新の文献も追加されている。

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左端からジャンルを選択する。ここでは68あるDatabasesを選択した。

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さらに条件を絞り込む。ボタンをクリックしていく(灰色ボタンは選択されている状態を意味する)。複数選択も可能。

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Submitをクリックすると、その条件を満たすツールや解析サーバーの一覧が表示される。

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Filter Panelでは、解析/予測機能、収集データ、生物特異性、ツールの入手可能性、参リファレンスゲノム/NGSデータの必要性、シーケンスプラットフォームの特異性など、より具体的で適切な基準に基づいて、利用可能なツールを絞り込むことができる(論文より)。

 

引用

Tools4miRs – one place to gather all the tools for miRNA analysis
Anna Lukasik, Maciej Wójcikowski, Piotr Zielenkiewicz

Bioinformatics. 2016 Sep 1; 32(17): 2722–2724.