2019 3/10 タイトル修正
2019 5/30 インストール方法追記
2020 6/15 コマンド修正, help追記
2020 6/29 例追記
BarrnapはrRNAをゲノムから探すツール。
検索対象
- bacteria (5S,23S,16S)
- archaea (5S,5.8S,23S,16S)
- mitochondria (12S,16S)
- eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S)
インストール
本体 Github
#bioconda（link）
mamba install -c bioconda barrnap -y
#homebrew
brew install barrnap
> barrnap -h
$ barrnap -h
Synopsis:
barrnap 0.9 - rapid ribosomal RNA prediction
Author:
Torsten Seemann
Usage:
barrnap [options] chr.fa
barrnap [options] < chr.fa
barrnap [options] - < chr.fa
Options:
--help This help
--version Print version and exit
--citation Print citation for referencing barrnap
--kingdom [X] Kingdom: euk mito bac arc (default 'bac')
--quiet No screen output (default OFF)
--threads [N] Number of threads/cores/CPUs to use (default '1')
--lencutoff [n.n] Proportional length threshold to label as partial (default '0.8')
--reject [n.n] Proportional length threshold to reject prediction (default '0.25')
--evalue [n.n] Similarity e-value cut-off (default '1e-06')
--incseq Include FASTA _input_ sequences in GFF3 output (default OFF)
--outseq [X] Save rRNA hit seqs to this FASTA file (default '')
ラン
barrnap --threads 8 genome.fa > 16SrRNAs.gff
- --threads Number of threads/cores/CPUs to use (default '8')
default出力はGFF3形式になる。
kingdomを指定してラン。eukaryotes指定。
barrnap --kingdom euk --threads 12 input.fa > enk_rRNA.gff
- --kingdom Kingdom: euk mito bac arc (default 'bac')
ミトコンドリア指定。
barrnap --kingdom mito --threads 12 input.fa > mito_rRNA.gff
イントロンがある場合、断片的な予測が起きる可能性を考慮して下さい。
rRNA配列も別出力する。
barrnap --outseq rRNAs.fa --threads 12 input.fa > rRNA.gff
引用
https://github.com/tseemann/barrnap
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