assemblyの分析結果をJSON形式で出力する assembly-scan

タイトルの通りのツール。入力アセンブリ配列の簡単な要約統計をJSON形式で出力する。開発の動機は、assemblathon-stats.plやassembly-statsなどの代替手段があるものの、これらはJSONを出力しなかったためと記載されている。

インストール

macos10.14のpython3.7環境でテストした。

既存

#bioconda (link)
conda install -c bioconda -y assembly-scan

> assembly-scan -h

assembly-scan -h

usage: assembly-summary.py [-h] [--version] ASSEMBLY

Generate statistics for a given assembly.

positional arguments:

ASSEMBLY FASTA file to read (gzip or uncompressed)

optional arguments:

-h, --help show this help message and exit

--version show program's version number and exit

実行方法

contigファイルを指定する。

assembly-scan contig.fasta

出力

{

"contig_non_acgtn": "0.00",

"contig_percent_a": "26.21",

"contig_percent_c": "23.78",

"contig_percent_g": "23.69",

"contig_percent_n": "0.00",

"contig_percent_t": "26.32",

"contigs_greater_100k": 13,

"contigs_greater_10k": 45,

"contigs_greater_1k": 74,

"contigs_greater_1m": 0,

"l50_contig_count": 10,

"max_contig_length": 388492,

"mean_contig_length": 24319,

"median_contig_length": 520,

"min_contig_length": 100,

"n50_contig_length": 114552,

"num_contig_non_acgtn": 0,

"percent_contigs_greater_100k": "8.12",

"percent_contigs_greater_10k": "28.12",

"percent_contigs_greater_1k": "46.25",

"percent_contigs_greater_1m": "0.00",

"total_contig": 160,

"total_contig_length": 3891196

}

引用

macでインフォマティクス