macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

docker

よく似たゲノム情報を使い不完全なゲノム情報しか持たない種のRNA seq解析の精度を上げる自動化されたツール Necklace

2018 10/31、11/2 タイトル、コード等修正、docker追加 シーケンシングされた種の数が増加しているが、ゲノムの大部分は不完全である。それらにはギャップが含まれていても、配置されていない領域が残っていてもよく、アノテーションが不十分な場合もある。…

複数のSVコーラーを動かし、結果を統合する Parliament2

2018 10/26 エラー修正 2018 10/28 エラー修正 構造変異(SV)は、ゲノムの大きな(50bp+)変異である[論文より ref.1,2]。これらのバリエーションは、個々のショート・リードのサイズに近いか、最も頻繁には、リードより大きいため、ショート・リード・デー…

バイオインフォマティクスのツールを再現性よく実行するためのコンテナ仮想化ツール群 BioContainers

2018 10/2 誤字修正 2018 11/4 追記 バイオインフォマティクスは、新しいアルゴリズムの開発、複雑なパイプラインへの様々なツールの接続(Perez-Riverol et al、2014)、それらの蓄積と普及により、システム生物学の機能と振る舞いの理解への重要な貢献をし…

Dockerイメージをリバースエンジニアリングする Whaler

ブログで開発の動機は説明されています。 Reversing Docker Images into Dockerfiles https://samaritan.ai/blog/reversing-docker-images-into-dockerfiles/ インストール mac os10.13のgo version go1.11 darwin/amd64でビルドした。 Go言語がないなら先に…