macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

docker

倍数性レベルを可視化して推測する smudgeplot

性別:それは何の利点があるか?直接的な選択肢が利用可能であるとき、ほとんどの真核生物が繁殖に複雑な迂回路をとる理由は、進化生物学の中心的かつ主として未解決の問題であり続けている。無性生殖を唯一の複製形態として使用する種は系統発生の先端で起…

Nanoporeのロングリードのシミュレータ DeepSimulator

2019 4/17 誤字修正 次世代シークエンシング(NGS)技術により、研究者はDNAおよびRNAをハイスループットでシーケンシングすることが可能になり、これはゲノミクス、トランスクリプトミクスおよびエピゲノミクスにおける多数の突破口を開いた(MacLean et al…

ロングリードのde novo transcriptomeのクラスタリングツール isONclust

Pacific Biosciences(PacBio)Iso-SeqおよびOxford Nanopore Technologies(ONT)を用いた転写産物のロングリードシークエンシングは、植物[ref.6]、真菌[ref.7]、ウイルス[ref.8]、ヒトなどの複雑なアイソフォームランドスケープの研究の中心となることが…

ロングリードを使ってハプロタイプフェージングを行う HapCHAT

ヒトゲノムの二倍体の性質、すなわちハプロタイプと呼ばれるゲノムの2つのコピーを有するため、ゲノムの変異はこれら2コピーのいずれかに現れる。それぞれのゲノム変異が発生する特定のハプロタイプを知ることは、集団ゲノミクス[ref.1-2]、臨床遺伝学およ…

メタゲノムbinsからHGTを検出する MetaCHIP

非培養微生物のゲノム再構築(ビニング)は、微生物群集DNA(メタゲノムDNA)の包括的なシーケンシングおよび新規の計算手法により最近になって実現可能になった[ref. 1-3]。再構成されたゲノムビンは、以前には特徴付けられていなかった微生物群の生化学…

コンタミやダメージを考慮してAncient DNAのシーケンシングリードをシミュレートする gargammel

Ancient DNA(aDNA)とも呼ばれるsubfossilsから回収されたDNAは、populationの歴史を再構築するためにますます使用されている(Leonardi et al、2016)。しかし、下流の推論に影響を与える可能性があるいくつかの要因があるため、aDNAデータの分析は依然と…

ナノポアのロングリードのQCツール ToulligQC

ToulligQCはPythonで書かれたEcole Normale Superieure の生物学研究所(IBENS)のゲノム施設によって開発されたプログラムである。このプログラムは、オックスフォードナノポアのQC分析を専門としている。 さらに、DNA-SeqとともにRNA-Seqにも適応しており…

Nanoporeのオフィシャルコマンドラインbasecaller1 Albacore

2019 3/11 タイトル修正 2019 3/12 コマンド追記、誤ったコメント削除 Albacore software overview(2019 3/10確認) Albacoreは、Oxford Nanoporeベースコールアルゴリズム、およびいくつかの後処理ステップを提供するデータ処理パイプラインである。 Windo…

耐性カセットや病原性遺伝子のタイピングを行う SRST2

病原性細菌の迅速な分子タイピングは、公衆衛生疫学、サーベイ ランスおよび感染制御にとって重要である[論文より ref.1,2]。そのような活動の2つの重要な目標は、(1)病原性遺伝子、抗菌性耐性遺伝子または血清型決定因子を含む臨床的に関連する表現型に関…

HIVのアミノ酸配列にアライメントを行う NucAmino

ヒト免疫不全ウイルス1型(HIV-1)療法の分子標的は逆転写酵素(RT)、プロテアーゼおよびインテグラーゼを含む。これら遺伝子は臨床ラボで最も一般的にシーケンシングされた遺伝子の1つである。多くの国で、これらの遺伝子は、HIV-1薬物療法を開始する前の…

よく似たゲノム情報を使い不完全なゲノム情報しか持たない種のRNA seq解析の精度を上げる自動化されたツール Necklace

2018 10/31、11/2 タイトル、コード等修正、docker追加 シーケンシングされた種の数が増加しているが、ゲノムの大部分は不完全である。それらにはギャップが含まれていても、配置されていない領域が残っていてもよく、アノテーションが不十分な場合もある。…

複数のSVコーラーを動かし、結果を統合する Parliament2

2018 10/26 エラー修正 2018 10/28 エラー修正 2019 3/2 追記 構造変異(SV)は、ゲノムの大きな(50bp+)変異である[論文より ref.1,2]。これらのバリエーションは、個々のショート・リードのサイズに近いか、最も頻繁には、リードより大きいため、ショート…

大きなk-merも使うde Bruijn graph のアセンブリツール SKESA

2019 4/12 dockerリンク追加 NGSデータを分析するためのシーケンスアライメント、アセンブリ、変異検出、またはそれらのいくつかの組み合わせは、通常、バイオインフォマティクスパイプラインの主要なモジュールである[論文より ref.1,2,3,4,5,6]。微生物ゲ…

バイオインフォマティクスのツールを再現性よく実行するためのコンテナ仮想化ツール群 BioContainers

2018 10/2 誤字修正 2018 11/4 追記 バイオインフォマティクスは、新しいアルゴリズムの開発、複雑なパイプラインへの様々なツールの接続(Perez-Riverol et al、2014)、それらの蓄積と普及により、システム生物学の機能と振る舞いの理解への重要な貢献をし…

Dockerイメージをリバースエンジニアリングする Whaler

ブログで開発の動機は説明されています。 Reversing Docker Images into Dockerfiles https://samaritan.ai/blog/reversing-docker-images-into-dockerfiles/ インストール mac os10.13のgo version go1.11 darwin/amd64でビルドした。 Go言語がないなら先に…

MinHashを使った高速なANI計算ツール fastANI

2019 1/09 cocndaインストール追記 2019 2/12 不要な文を削除 2019 4/12 dockerリンク追加 さまざまな生態学的背景と進化の歴史を持つ原核生物ゲノムのコレクションが公開されている。このゲノムデータの大洪水は、微生物生態学と進化における重要な問題をよ…

phylogenetic marker genesを検出し、marker genes全てを使って系統樹を作成する自動化パイプライン ezTree

2019 3/9 docker pullリンク追記、インストールの流れ修正 メタゲノミクスおよびシングルセルゲノミクスは、様々な環境からの新規生物の発見および調査のための有望な方法として確立されている。 "microbial dark matter"という用語は、培養できない、微生物…

高速なロングリードのマッピング、エラー訂正、アセンブリツール MECAT

MECATは、1分子シークエンシング(SMRT)リードの超高速マッピング、エラー訂正、およびデノボアセンブリを行うツール。State of the artのアライナとエラー訂正ツールよりもはるかに効率的な、新しいアライメントとエラー訂正アルゴリズムを採用している。 …

抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子を素早く検索する ABRicate

2019 3/1 コマンド及びランの流れ更新 2019 3/3 リンク修正 2019 3/14 condaインストール追記 2019 4/12 dockerリンク追加 ABRicateはTorsten SeemannさんがGithubに公開されている抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子、腸内細菌科プラスミドの検索ツール。web…

MinHashを使い高速にゲノムを比較する MASH

2019 4/12 dockerリンク追加 BLASTが1990年に初めてpublishされたとき、公開されたアーカイブには5000万塩基以下の塩基配列しか存在しなかった[論文より ref.2]。現在では、1つのシーケンシング機器1回の実行で1兆塩基を超えるシーケンス生成が可能である[re…

メタゲノムからビニングしたゲノムが完全か、またコンタミがあるか評価する CheckM

2018 10/7 文章訂正 2018 10/12 dockerコンテナを使ったランの流れ追加 2019 4/11 dockerを使ったランで表も保存するよう修正 ドラフトゲノムからゲノムの完全さを正確に見積もるには、ゲノムの完全さと汚染の度合いの正確な推定が必要となる。そのための方…

メタゲノムデータの高速なtaxonomy assignmentを行う kraken

2018 10/6 タイトル修正 2018 11/17 簡単なテスト追加 2019 4/12 dockerリンク追加 krakenは2014年に発表されたメタゲノムデータの分類手法。fastqまたはfastaの入力からk-merの配列に分解し、構築したデータベースにアライメントを行う。BLASTと同等の精度…

Prokaryotesのアノテーションツール; Prokka

2018 10/6 タイトル修正 2019 4/3 説明修正 2019 4/12 dockerリンク追加 Prokkaは、バクテリア、アーキア、ウィルスのアノテーションツール。はじめにblast+でcore geneを特定し、それからHMMER3を使ってより高感度かつ精度の高い分析が行われる。 インスト…

Oxford nanoporeやpacbioのロングリードのアセンブリツール canu

2018 10/23 追記 2019 1/16 追記5 2019 3/16 bioconda追記6、canu -hヘルプ追記 2019 3/18 追記7 2019 4/12 dcokerリンク追加 1分子ロングリードシークエンシングはデノボゲノムアセンブリに革命をもたらし、参照品質ゲノムの自動再構成を可能にした。しかし…