macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

archaea

machine leraningも併用するmetagenomeのビニングツール Autometa

2019 4/22 誤字修正 2019 5/6 リンク追記 微生物は、人間を含む地球上のほとんどすべての生物に繋がることが知られており、そこでは微生物は健康、病気および農業に多大な影響を与えると考えられている(ref.1-3)。しかしながら、ほんのわずかな割合の環境…

サンプルのコンタミネーションを見積もる Mash Screen

シーケンシング技術がスループットを高めそしてコストを下げ続けるにつれて、シーケンシングされたゲノムのデータベース(例えばNCBI RefSeq [ref.1])は指数関数的成長を続け、それらに対する検索をさらに複雑にしている[ref.2、3]。さらに、rawシーケンス…

ナノポアのrawロングリードからプラスミドを同定する tiptoft

急速にコストが下がる中、Pacific Biosciences(PacBio)およびOxford Nanopore Technologies(ONT)のロングリードDNAシークエンシング技術がアウトブレイク調査に使用され始めている(Faria et al、2017; J. Quick et al、2005 2015)および急速な感染症の…

スモールゲノムを可視化したり、複数ゲノムを比較して似た領域、異なる領域を可視化できる Gview

グラフィックなゲノムマップは、ゲノムの特徴および配列の特徴を評価するために広く使用されている。 CGView(Circular Genome Viewer)ソフトウェアファミリーは、バクテリア、オルガネラ、ウイルスのゲノムマップを生成するためのツールの人気のあるコレク…

スモールゲノムのシンテニーブロックを探して可視化する SiberiaとC-Sibelia

同じ微生物種内の株を比較することは、病原性の原因となる遺伝子およびゲノム領域の同定、ならびに感染症の診断および治療に有効であることが証明されている。本稿では、Sibeliaという、反復de Bruijnグラフを使用して複数のclosely relatedな微生物ゲノムの…

ゲノムのCRISPR座位を見つけるwebツール CRISPRCasFinder

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)および関連タンパク質(Cas)は、CRISPR-Casシステムを形成する。 CRISPRは、スペーサーと呼ばれる同じサイズのユニークな配列で区切られた、24〜50 bpの長さのダイレクトリピートまた…

バクテリアとアーキアのデータベース EzBioCloud

現代のバクテリアと古細菌の分類学の目標の1つは種の客観的定義である。分類を決定するプロセスは、新しいテクノロジーの出現により、時とともに継続的に改善されてきた。 PCRとそれに続く16S rRNA遺伝子のシークエンシングは、バクテリアと古細菌の系統学に…

haploidスモールゲノムバリアントコーラー; breseqの出力からコントロールの変異を除く breseq-rm-ctrl

タイトルの通りの機能を持つコマンド。コントロール株でもコールされた変異を除くために使う。breseq出力のhtmlファイルを入力に使う。出力もhtmlファイルになる。 Breseq本体 http://barricklab.org/twiki/bin/view/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing …

KrakenUniq

2019 1/17 エラー修正 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk(k-mers)の短いワードの正確な一…

review article要約 16Sアンプリコンシーケンシングによる微生物コミュニティの定量

いくつかの例を挙げると、微生物群集は、地球規模の元素循環、排水処理プラントでの廃棄物除去、およびバイオガスプラントでのメタン生産を促進する、多くの自然および人工生態系における隠れたチャンピオンである。これらのシステムを理解しモデル化するた…

NCBIデータベースをダウンロードする ncbi-blast-dbs

2018 12/10 タイトル訂正 ncbi-blast-dbsはデータベースファイルを並行してダウンロードすることで、NCBIのデータベースをローカルに用意するのにかかる時間を短縮する。使用するスレッド数は自動的に決定される。 MD5チェックサムが検証され、ダウンロード…

NCBI FTPサーバからゲノム配列をダウンロードする ncbi-genome-download

タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 ncbi-genome-downloadに関するツイート インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依存 本体 GIthub #anaconda環境ならcondaで導入できるconda install -y -c bioconda ncbi-genome-download >…

NGSデータまたはアセンブリからバクテリアやアーキアのtaxanomic assignmentを行い、ゲノムのnoveltyなどを評価する MIGA

Small subunit ribosomal RNA gene (16S)は、30年以上にわたり、原核生物種およびそのコミュニティの多様性をカタログ化および研究するために首尾よく使用されてきた。しかしながら、16S(論文より ref.1)によって効率的に評価することができない種および…

Procaryote向けの自動アセンブリパイプライン A5-miseq

ゲノムアセンブリは、rawシーケンシングデータから始まり、スキャホールディングされたコンティグで終わる全データ処理ワークフローからなる。この手順は、アダプタのトリミング、クオリティフィルタリング、エラー訂正、コンティグの作成、アセンブリへのリ…

タンパク質を使って高感度にメタゲノムのtaxonomy assignmentを行う kaiju

2018 10/7 タイトル修正 2018 11/20 conda追加 2018 12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNAを直接得ることができる。この「メタゲノミック…

メタゲノムのtaxonomyアノテーションを行い定量する MGmapper

迅速で効率的なDNAシーケンシング技術の進歩により、堆積物[論文より ref.1] [ref.2]、水[ref.3]、氷[ref.4]、ヒトなど様々な環境から微生物群集を研究することが可能になった[ ref.6]。既知のDNA配列決定プラットフォームの中で、イルミナHiSeqおよびMiSeq…

オルソログを探す OrthoFinder

配列間の相同性関係を同定することは生物学的研究にとって基本である。 ここで本著者らはオルソロググループ推論アルゴリズムにおける以前には検出されていない遺伝子長バイアスを解決するOrthoFinderと呼ばれる新規なアルゴリズムを提供する。この結果、精…