macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

RNA seq

Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR その2

2020 9/6 誤解を招く説明を修正 1回目の続きになります。今回はEnrichment のツールを簡単に紹介していきます。 Enrichment 2つのアプリケーションが利用できる。 解析フローはこの手順を踏襲したものになっている。こちらを読めばどんなコマンドを実行して…

Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR

2020 9/6 追記 次世代シーケンシング(NGS)テクノロジーの急速な進歩により、ゲノムデータは近年大幅に成長している[ref.1、2]。一般的なアプリケーションには、de novoゲノムシーケンス;ゲノム変異、転写因子結合部位、クロマチン修飾、クロマチンアクセシ…

GATKベストプラクティスに基づいた、RNA seqのバリアントコールを行うnextflowパイプライン CalliNGS-NF

発現情報に加えて、RNAシークエンシング(RNA-seq)データは、分析対象の生物の遺伝子に存在する体細胞変異を取得するために使用することができる。CalliNGS-NFパイプラインは、RNAseqデータを処理して、スモールバリアント(SNV)、SNP、およびsmall INDELs…

自動化されたProkaryotesのRNA seq解析パイプライン ProkSeq

2020 6/29 補足説明追加。 RNA-seq技術は、導入以来、病原性細菌の研究において異なる条件にさらされた細菌からの複数のサンプルにわたる遺伝子発現の違いを同定し、定量化するために広く利用されてきた。一部の例外を除いて、遺伝子発現を評価するための現…

GO enrichmet解析結果を視覚化する GOplot

オミクスデータの機能分析に利用できる方法が多すぎるにもかかわらず、結果の包括的なまだ詳細な理解を得ることは困難なままになっている。これは主に、この種の情報を視覚化するための公開ツールが不足しているためである。ここでは、グラフィック表示を強…

インタラクティブな主成分分析webサービスによってRNA seqデータを分析する PCAGO

過去10年の間に、全トランスクリプトームのシークエンス(RNA-Seq)は、多様な分子機構を理解し、様々な生物学的問題に取り組むための強力な技術として浮上してきた。RNA-Seq実験の初期段階では、異なる遺伝子発現レベルに基づいた生物学的サンプルの初期特…

シーケンシングリードの前処理を行う AUSPP

ショートリードをリファレンスゲノム/配列にマッピングできるショートリードアライナーは多数あり、それらのほとんどはFASTQファイルを入力クエリファイルとして直接受け入れることができる。ただし、通常、生データは前処理する必要がある。さまざまな次世…

シーケンシング技術と解析フローチャートを学ぶためのナリッジベース SequencEnG

次世代シークエンシング(NGS)技術は、ゲノムおよびエピゲノムプロファイルを生成するための強力な方法を提供することで、生物医学研究に革命をもたらしている。この急速な進歩により、学生や研究者にとって、利用可能な数多くの方法を熟知しておくことが喫…

全工程が自動化された高速なRNA seq解析webサービス RaNA-Seq(60以上のモデル生物に対応)

2020 4/10 タイトル修正、説明と図追加 RaNA-Seqは、RNA-Seqデータを迅速に解析・可視化するためのクラウドプラットフォームである。FASTQファイルの定量、品質管理指標の計算、発現変動遺伝子の解析の実行、機能解析による結果の説明を可能にすることで、数…

アセンブリ結果を評価するwebサービス gVolante

全ゲノムやトランスクリプトームなどの包括的な配列情報へのアクセスが増加するとともに、それらの品質を評価する必要性が高まっている。N50などのシーケンス長に基づくメトリックが標準になったが、これはアセンブリ品質の1つの側面のみを評価する。逆に、…

カバレッジトラックを視覚化する SparK

2020 3/1 コマンド修正 Integrative Genomics Viewer(IGV)やUCSCゲノムブラウザなど、NGSデータの表示に利用できる洗練されたリソースが存在するが、領域のエクスポートとpublication用の図の組み立ては依然として困難である。特に、トラックの外観のカス…

CAARS

大規模なRNAシーケンス(RNA-Seq)は、ゲノムシーケンスの実用的な代替手段として、特に比較分析のために非モデル種でよく使用される(Ozsolak and Milos、2011; Todd et al、2016; Wang et al 、2009)。しかし、トランスクリプトームアッセイのショートリ…

ONT cDNA ロングリードのエラー修正を行うisONcorrect

ロングリードを使用したトランスクリプトームシーケンスは、細胞の転写ランドスケープを理解するための強力な方法であることが証明されている(Wyman et al、n.d .; Bayega et al、2018; Byrne、Cole、et al、2019)。ロングリードテクノロジーにより、ほと…

WikiPathwaysのCytoscapeプラグイン WikiPathways App for Cytoscape

このホワイトペーパーでは、Cytoscape用のオープンソースWikiPathwaysアプリ(http://apps.cytoscape.org/apps/wikipathways)を紹介する。WikiPathwaysアプリは、データの視覚化とネットワーク分析のためにバイオロジカルパスウェイをインポートするために…

ロングリードやショートリードのRNA seq情報をもとに転写領域をアセンブリして出力する StringTie2

2020 7/1 インストール方法追記, コマンド追記 2020 7/2 タイトル修正 2020 7/27 merge追記 RNAシーケンス(RNAシーケンス)データセット内の転写産物の量を測定することは、細胞の働きを理解するための強力な方法である。リードをリファレンスゲノムに合わ…

インタラクティブなGOエンリッチメント解析webサービス ShinyGO

2019年最後の投稿になります。今年もお世話になりました。来年もどうぞよろしくお願い致します。 ゲノムワイドな研究で特定された一連の遺伝子について、遺伝子オントロジー(GO)によって定義されたものなど、特定のパスウェイまたは機能カテゴリの遺伝子が…

RNA seqのライブラリタイプを推測する GUESSmyLT

ショートリードRNAシーケンシング(RNA-seq)は、特に遺伝子発現の調査、ゲノムアノテーションの実行、SNVの検出、またはオルタナティブスプライシングされた転写物の確認を可能にする強力なアプローチである。シーケンスリードには、使用するRNA-seqライブ…

植物のRNA seqデータからvirus配列を検出する Kodoja

ウイルス感染は、食物と燃料のために栽培される作物で特に重要な問題である。ウイルスは収量と品質の大きな損失を引き起こし、その結果、ウイルスは重要な経済的悪影響を及ぼす[ref.1]。英国では、ポテトウイルスYは年間3,000〜4,000万ポンドのジャガイモの…

RNA seqのクオリティメトリクスを提供する RNA-SeQC

RNA-seqは、細胞のトランスクリプトーム全体の特性評価を提供する。シーケンスのパフォーマンスとライブラリの品質の評価は、RNA-seqデータの解釈に不可欠だが、この問題に対処するツールはほとんない(論文執筆時点)。ここではデータ品質の重要な指標を提…

IRIS-EDA(立ち上げだけ紹介)

生物学的システムの統合モデルを構築し、疾病を予防または治療するための実現可能な戦略を考案するには、適切な実験計画法とインタラクティブなインタフェースを備えた高度な計算ツールが必要である。 RNA-Seqは膨大な量の遺伝子発現データを作成しており、…

共通/非共通の要素をベン図で視覚化し、抽出する jvenn

ハイスループットの生物学は、ますます複雑な実験計画で、データの数を増やしている。これらのデータの分析では、多くの場合、遺伝子名やOTU(Operational Taxonomic Unit)を含む生物学的識別子のリストが生成される。これらは異なる方法(微分分析)または…

ロングリードRNA seqのアライナー Graphmap2

オックスフォードナノポアテクノロジー(ONT)[ref.1]やパシフィックバイオサイエンス(PacBio)[ref.2]などの企業が達成したシーケンシングテクノロジーの進歩により、長さが10 kbpを超えるロングリードが生成される。当初、このようなロングリードのエラー…

IDBA-UD

次世代シーケンシングにより、シングルセルシーケンシングまたはメタゲノムシーケンシングテクノロジーを使用して、微生物環境のシーケンシングができる。しかし、両方の技術には、ゲノムの異なる領域または異なる種のゲノムのシーケンシングデプスが非常に…

DAVIDデータベース

2019 10/20 誤字修正 2019 10/26タイトル修正 従来の生物学的研究アプローチでは、通常、一度に1つの遺伝子またはいくつかの遺伝子を研究する。対照的に、ハイスループットゲノム、プロテオミクス、およびバイオインフォマティクススキャニングアプローチ(…

GFF ファイルのユーティリティ Gffread

2019 10/15 誤字修正 2020 7/27 help更新 2020 8/14 コマンド追記 多くのバイオインフォマティクスプログラムは、遺伝子および転写産物をGFF形式(General Feature Format)で表し、ゲノム上の遺伝子および転写産物の特徴(染色体またはscaffolds/contigs)…

8章 補足資料1

2020 2/2 追記 章末補足資料 1、どのアノテーション情報を使うか よく研究された大腸菌であっても、数百以上の様々なゲノムが登録されている。同じ系統の株でもGene IDなどは統一されていない。そのため、100%塩基配列が同じゲノムと考えてわずかに違う株の…

ヒトとマウスの様々なアライナー用indexをダウンロードできる Refgenie

2019 8/15 リンク追記 2020 1/30論文追記 2020 8/28 実行例を一部修正 リファレンスゲノムの構築とキュレーションに多大な努力が注がれている (ref.1–5)。これらのリファレンスアセンブリは結果を比較するための共通の表現を提供し、それらはシーケンスアラ…

bamファイルを使ってDNA/RNAシーケンスのピーク定量やTPM計算、bigwigのcoverage trackを作成する BAMscale

2020 1/14 conda追記 2020 9/23 タイトル修正 BAMscaleは、chromatin binding(ChIP-seq)およびクロマチン状態変化(ATAC-seq、END-seq)やchromatin state changes(ATAC-seq, END-seq)、RNA seqのシーケンシングデータセットを処理するワンステップツー…

de novo transcriptomeのアセンブリツール TransLiG

オルタナティブスプライシングは真核生物遺伝子における遺伝子調節の重要な形態であり、遺伝子機能の多様性ならびに疾患のリスクを増大させる[ref.1、2、3]。報告されているように[ref.4]、[ref.5]、ヒト遺伝子を含む真核生物遺伝子のほとんどはオルタ…

de novo transcriptome解析のクラスタリングとclosely rellatedな種の情報を用いたアノテーションを行う Grouper

シーケンシング技術の進歩により、モデル生物の範囲を超えてトランスクリプトームを効率的かつ正確に探索することが可能になった(Ekblom and Galindo、2011; Marioni et al、2008)。トランスクリプトームシークエンシングは、高品質のリファレンスゲノムを…