macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Nature Biotechnology

( メタゲノム)ONTのロングリードをアセンブリしてコンプリートMAGsを生成する lathe

2020 4/29 実行手順修正 細菌および古細菌での完全なメタゲノムアセンブリゲノム(MAG)の新規生成は、マイクロバイオーム研究における長年の目標である。既存のメタゲノムシーケンスおよびアセンブリ法では通常、完成した細菌ゲノムシーケンスが得られない…

超高速な配列検索エンジン BIGSI

2020 4/30 追記 グローバルアーカイブには、未処理の細菌およびウイルスのゲノム配列データが指数関数的に増加している。これらのデータに配列検索用語を検索する機能があれば、基礎研究はもちろん、リアルタイムのゲノム疫学やサーベイランスなどのアプリケ…

単一のメタゲノムアセンブリゲノム(MAGs)とシーケンシングデータからバクテリアの増殖率を推定する iRep

培養に依存しない微生物群集の研究により、微生物群集の複雑さと代謝の可能性に対する理解が深まった。ただし、コミュニティへの個々のマイクロバイオームメンバーの貢献を理解するには、どの細菌が活発に複製しているかを判断することが重要になる。ドラフ…

prokaryotic virusのcontigをクラスタリングしTaxonomic assignmentを行う vContact2

2019 9/25 誤字修正 細菌と古細菌は、海洋と土壌の生態系での栄養とエネルギーのサイクルに役割を果たしており、人間の健康にも重要な役割を果たしている。細菌や古細菌に感染するウイルスは、殺害、代謝再プログラミング、または遺伝子導入によってこれらの…

メタゲノムのハイブリッドアセンブリツール OPERA-MS

2019 8/31 docker imageのhelpコマンドのエラー修正 腸内微生物叢は、ホストの健康に寄与する多様な代謝特性を付与する数百種の豊かなコミュニティを持っている(ref.1)。また、抗生物質耐性遺伝子の貯蔵庫としても機能し、数え切れないほどの細菌が絶え間…

MMseqs2 コマンド其の2 タンパク質配列のクラスタリング

インストール 以前の記事を参照 > mmseqs $ mmseqs MMseqs2 (Many against Many sequence searching) is an open-source software suite for very fast, parallelized protein sequence searches and clustering of huge protein sequence data sets. Please…

ロングリードのアセンブリツール Flye

2019 3/16 version2.4.1のヘルプに更新 2019 4/2 論文追記 2019 4/10 テストランのコマンドミス修正 2019 5/14 リンク追加 2019 6/21 コマンド修正、補足 2019 8/20 リンク追加 2019 9/7 You tube動画追加 2020 3/4 ツイート追加 2020 3/5 help更新 2020 3/9…

高速かつ高感度なプロテイン検索ツール MMseqs2

2019 3/18 タイトル修正 2019 5/7 タイトル修正 2019 5/20 インストール追記 2019 8/25 twtwitter追記 2019 12/29 インストール追記 DNAシーケンシングのスループットは、過去10年間で計算速度よりもはるかに速くなってきており、感度の高いシーケンス検索は…

リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブリツール Scallop

2020 2/5 condaインストール追記 Scallopは、リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブルツール。 マルチエキソンの転写物や低発現の転写物を組み立てる際の高い精度を特徴とする。ヒトRNA-seqサンプルでは、ScallopはStringTieおよびTransCombより…

複数ゲノムを比較してリファレンスがないデータから変異を検出する NIKS

NIKSはリファンレンスが利用できないようなサンプルについて、NGSデータを直接比較して変異を検出する方法論。k-merの分析から、サンプル特異的な配列を検出している。 本手法によって、リファレンスゲノムがない非モデル植物のホモの変異も検出することが可…

RNA-seqのゲノムガイドアセンブリツール StringTie

StringTieはゲノムガイドのRNAアセンブリツール。cufflinksよりアセンブリ精度が高く、解析時間も短いと言われている。2015年にNature Biotechnologyに論文が発表された。 インストール Github https://github.com/gpertea/stringtie brewで導入可能。 マニ…