macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Nature Biotechnology

prokaryotic virusのcontigをクラスタリングしTaxonomic assignmentを行う vContact2

2019 9/25 誤字修正 細菌と古細菌は、海洋と土壌の生態系での栄養とエネルギーのサイクルに役割を果たしており、人間の健康にも重要な役割を果たしている。細菌や古細菌に感染するウイルスは、殺害、代謝再プログラミング、または遺伝子導入によってこれらの…

メタゲノムのハイブリッドアセンブリツール OPERA-MS

2019 8/31 docker imageのhelpコマンドのエラー修正 腸内微生物叢は、ホストの健康に寄与する多様な代謝特性を付与する数百種の豊かなコミュニティを持っている(ref.1)。また、抗生物質耐性遺伝子の貯蔵庫としても機能し、数え切れないほどの細菌が絶え間…

MMseqs2 コマンド其の2 タンパク質配列のクラスタリング

インストール 以前の記事を参照 > mmseqs $ mmseqs MMseqs2 (Many against Many sequence searching) is an open-source software suite for very fast, parallelized protein sequence searches and clustering of huge protein sequence data sets. Please…

ロングリードのアセンブリツール Flye

2019 3/16 version2.4.1のヘルプに更新 2019 4/2 論文追記 2019 4/10 テストランのコマンドミス修正 2019 5/14 リンク追加 2019 6/21 コマンド修正、補足 2019 8/20 リンク追加 2019 9/7 You tube動画追加 ゲノムアセンブリの問題は、最終的には、リピートキ…

高速かつ高感度なプロテイン検索ツール MMseqs2

2019 3/18 タイトル修正 2019 5/7 タイトル修正 2019 5/20 インストール追記 2019 8/25 twtwitter追記 DNAシーケンシングのスループットは、過去10年間で計算速度よりもはるかに速くなってきており、感度の高いシーケンス検索は、ラージメタゲノムデータセッ…

リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブリツール Scallop

Scallopは、リファンレンスガイドのトランスクリプトのアセンブルツール。 マルチエキソンの転写物や低発現の転写物を組み立てる際の高い精度を特徴とする。ヒトRNA-seqサンプルでは、ScallopはStringTieおよびTransCombよりも34.5%および36.3%正確なマル…

複数ゲノムを比較してリファレンスがないデータから変異を検出する NIKS

NIKSはリファンレンスが利用できないようなサンプルについて、NGSデータを直接比較して変異を検出する方法論。k-merの分析から、サンプル特異的な配列を検出している。 本手法によって、リファレンスゲノムがない非モデル植物のホモの変異も検出することが可…

RNA-seqのゲノムガイドアセンブリツール StringTie

StringTieはゲノムガイドのRNAアセンブリツール。cufflinksよりアセンブリ精度が高く、解析時間も短いと言われている。2015年にNature Biotechnologyに論文が発表された。 インストール Github https://github.com/gpertea/stringtie brewで導入可能。 マニ…