2017
次世代シークエンシング（NGS）技術の進化により、様々なアセンブルアルゴリズムが開発されてきたが、オルガネラゲノムのアセンブルに焦点を当てたものはほとんどない。これらのゲノムは、系統研究や食品の同定に利用されており、GenBankに登録されている真…
全ゲノムやトランスクリプトームなどの包括的な配列情報へのアクセスが増加するとともに、それらの品質を評価する必要性が高まっている。N50などのシーケンス長に基づくメトリックが標準になったが、これはアセンブリ品質の1つの側面のみを評価する。逆に、…
ヌクレオソーム、これは147 bpのDNAがA約1.7ターンでヒストンオクタマーに包まれる真核生物のDNAパッケージングの基本単位である（Luger、et al、1997）。標的部位へのDNA結合因子のアクセスは、これらの部位がヌクレオソームフリー領域（NFR）にある場合、…
2020 2/27 コメント追加 原核生物のゲノムでは、機能的に結合した遺伝子を保存された遺伝子クラスターに組織化して、それらの協調的な調節を可能にしている。このようなクラスターには、1つまたは複数のオペロンが含まれる可能性がある。これは、同時転写さ…
重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定（Fitch 1970）は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派生したパラログ間よりもオーソロガス遺伝…
1000米ドル未満で全ゲノムをシーケンスするという目標が現実になり、医療における全ゲノムシーケンス利用が次第に増えている。 Genomics England （http://www.genomicsengland.co.uk/）などの大規模ゲノムプロジェクトは、数千のゲノムから収集された情報を…
HTML5とJavaScriptに基づく強力なゲノムブラウザとして、JBrowseは2009年にリリースされて以来広く使用されている[ref.1、2]。その構成ドキュメント[ref.3]によると、まず組み込みスクリプト「flatfile-to-json.pl」によってGFF3ファイル形式のゲノムアノテ…
シーケンシングされたエクソームおよび全ゲノムサンプルの数が急速に増加しており、最も関心のあるバリアントの膨大な量のデータを迅速に選別できることが重要になっている。このプロセスの重要なステップは、シーケンスバリアントを取得し、機能効果のアノ…
バクテリア、菌類、植物は、それぞれが関与する多様な生物間相互作用において、地球全体で独自の特定の生態学的役割を持つ特殊な代謝産物の非常に多様性を生み出している。この多様な特殊な代謝は、医薬品、農業、製造業で広く使用されている天然物の豊富な…
オーソロガス遺伝子は、タンパク質または機能的RNA分子をコードする核酸のセクションであり、単一の祖先遺伝子から派生し、その後に種分化により分岐している[ref.1、2]。対照的に、パラロガスな遺伝子は、単一の種内の重複から生じたものである。 OrthoDB […
2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した（ref.1–3）。過去20年以上にわたり、シークエ…
2019 10/26関連ツール追加 2019 10/26 インストール手順修正 2019 10/29 同上 2019 10/29 コメント追加 メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス研究は、多様な環境からの微生物集団の組成および機能に関する貴重な洞察を提供するが、培養株の遺伝子…
ヒトDNAシーケンス研究では、多くの場合、複数の研究所や個人によるDNAサンプルと関連するマニフェストの取り扱いが含まれる。 WESとWGSの両方のプロトコルには、シーケンス前の複数のDNA操作が含まれる。新しい手順や処理はそれぞれ、サンプルの混同、汚染…
2019 9/25 誤字修正 細菌と古細菌は、海洋と土壌の生態系での栄養とエネルギーのサイクルに役割を果たしており、人間の健康にも重要な役割を果たしている。細菌や古細菌に感染するウイルスは、殺害、代謝再プログラミング、または遺伝子導入によってこれらの…
Low Complexity（LC）は、タンパク質中のタンデムリピートおよびcompositionally biased regions（CBR）のようなアミノ酸組成にほとんど多様性がない領域を説明するために使用される一般用語である。ホモリピート、またはpolyX領域は、単一のアミノ酸残基の…
ゲノムシーケンスは、タンパク質の機能が決定される速度をはるかに超えて、新規タンパク質の発見を加速している（ref,1）。ゲノムシーケンスを解釈し、これらの予測されたタンパク質の役割のアノテーションを付けるには、新規タンパク質と特徴付けられたタン…
UniProt（ref.1）やGenBank（ref.2）などの公共データベースのタンパク質配列の数は、さまざまな大規模ゲノミクスプロジェクト（ref.3〜5）のために急速に増加している。急速な成長により、多くのアプリケーションが代表的なサブセットで動作するようになっ…
遺伝子の機能解明は、バイオインフォマティクスを含む現代の生物学における中心的な問題の1つである。体系的な機能的アノテーションのために、GOは遺伝子機能の語彙（以後、term）として広く使われている[ref.1]。 GO termは、term間の親の関係が表されてい…
シーケンス技術の向上により、次世代シーケンス（NGS）がトランスクリプトーム研究にますます頻繁に使用されている。適切なリファレンスゲノムがないため、非モデル生物のトランスクリプトームの分析はモデル生物のトランスクリプトームと非常に異なる。 Tri…
配列比較は、分子配列間の関係を研究するために広く使用されている。配列比較のための主なツールは、global（ref.1）およびlocal（ref.2）シーケンスアラインメントを含むアラインメントベースの方法である。 BLAST（ref.3）のようなアラインメントベースの…
最新のハイスループットシーケンス機器は大量のデータを生するが、これにはシーケンスエラー、シーケンスアダプタ、汚染されたリードなどのノイズが含まれていることがよくある。このノイズはゲノミクス研究を複雑にする。シーケンスノイズを減らすために多…
近年、次世代シークエンシング（NGS）と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している（論文執筆時点）。大規模ゲノムデ…
アセンブリはコンティグを生成するが、それ以上の分類学的なプロファイリングや機能解析のためには、OTUに分類することが重要である。このOTUクラスタリングはビニングとも呼ばれる。しかしコンティグの正確なビニングは、ゲノム中のリピート配列、シークエ…
メタゲノムシーケンシング、すなわち微生物混合群集から無差別に抽出されたDNAの全ゲノムシーケンシングは、分類学的組成および環境マイクロバイオームの機能的可能性を研究するために首尾よく使用されてきた（ref.1-4）。従来の単離培養工程の独立性は、費…
インストール 以前の記事を参照 > mmseqs $ mmseqs MMseqs2 (Many against Many sequence searching) is an open-source software suite for very fast, parallelized protein sequence searches and clustering of huge protein sequence data sets. Please…
2019 6/13 追記 エンリッチメント解析は、大量の遺伝子リストに関連する機能を決定し、生物学的過程を解釈する可能性を高めるための効率的かつ迅速な方法である（ref.1）。Biological processes（BP）、molecular functions（MF）、cell components（CC）に…
2019 5/20 誤字修正、コメント、ヘルプ追加 HIV、Zika、Ebolaなどのウイルスは、一般的にウイルス準種（viral quasispecies, wiki）と呼ばれる、遺伝的に関連しているが異なる変異株の集団として宿主に存在する。それぞれ独自のハプロタイプ配列によって特徴…
メタゲノムシーケンシングは、細菌集団の分析ならびに新規な生物および遺伝子の発見のための選択技術として浮上している（Tyson et al, 2004、Venter et al, 2004、Yooseph et al, 2007、Arumugam et al, 2011）。初期のメタゲノミクス研究の1つにおいて、Ve…
次世代シーケンス（NGS）データは生命メカニズムへの前例のないアクセスを提供する。特に、これらのデータは染色体、個体または種間の遺伝的差異を評価することを可能にする。そのような多型は、農学、環境または医学における多数の用途を有する生物学の多く…
リードからのプライマーの切断は、ターゲットアンプリコンのNGSデータを処理する上で重要なステップである。既存のツールは、リードから１つまたはいくつかのプライマー／アダプター配列を切断し、そして出現するそれらすべてを除去するように適合されている…
