2017
ISEScanは、ゲノム中のIS(Insertion Sequence)エレメントを同定するためのPythonパイプラインである。完全なISエレメントを報告するか、完全なISエレメントと部分的なISエレメントの両方を報告するかのオプションがある。メテゲノムアセンブリに含まれるISエ…
２回目の続きになります。今回はNASCARで利用可能なメタ16S分析ツールSHAMANを簡単に紹介していきます。 SHAMANのPreprintよリ 定量的メタゲノム技術は、マイクロバイオームと環境や個人の要因（例えば、疾患、地理的起源など）との関連を特定するために広く…
RNAシーケンシング（RNAseq）を用いた転写プロファイリングは、シングルセルから組織全体に至るまで、様々な文脈でのグローバルな遺伝子発現パターンを定量化するための強力な手法として登場した。このプロファイリング技術によって生成された膨大な量のデー…
メタゲノムアセンブリの精度は、通常、シークエンシングおよびアセンブリの際に、同じゲノム領域からの発散性のあるリードが異なる遺伝子座として認識されるため、高レベルの多型によって損なわれる。ウイルス準種（viral quasispecies）とは、単一のキャリ…
代謝遺伝子クラスター（MGC）は、特定の代謝パスウェイのゲノム上で共局在し、潜在的に共制御される遺伝子である。細菌のオペロンとは対照的に、それらは単一の転写ユニットの制御下にはない。 MGCは真菌ゲノムによく見られ、MGCは植物の例外としてのみ発生…
CRISPR/Cas9システムの簡便さと精度の高さは、遺伝子編集の新時代をもたらした。CRISPRを介在させたゲノム編集を用いた目的のクローンのスクリーニングは、その多重化により次世代シークエンシング（NGS）によって可能になった。ここでは、CRISPR NGSデータ…
2020 4/15 コマンド修正, 手持ちのファイルを使う例を追記 一塩基多型や関連する遺伝的変異を呼び出すソフトウェアは、選択された出力フォーマットとしてバリアントコールフォーマット（VCF）に収束してきている。これにより、VCFファイルを扱うツールの必要…
次世代シークエンシング（NGS）技術の進化により、様々なアセンブルアルゴリズムが開発されてきたが、オルガネラゲノムのアセンブルに焦点を当てたものはほとんどない。これらのゲノムは、系統研究や食品の同定に利用されており、GenBankに登録されている真…
全ゲノムやトランスクリプトームなどの包括的な配列情報へのアクセスが増加するとともに、それらの品質を評価する必要性が高まっている。N50などのシーケンス長に基づくメトリックが標準になったが、これはアセンブリ品質の1つの側面のみを評価する。逆に、…
ヌクレオソーム、これは147 bpのDNAがA約1.7ターンでヒストンオクタマーに包まれる真核生物のDNAパッケージングの基本単位である（Luger、et al、1997）。標的部位へのDNA結合因子のアクセスは、これらの部位がヌクレオソームフリー領域（NFR）にある場合、…
2020 2/27 コメント追加 原核生物のゲノムでは、機能的に結合した遺伝子を保存された遺伝子クラスターに組織化して、それらの協調的な調節を可能にしている。このようなクラスターには、1つまたは複数のオペロンが含まれる可能性がある。これは、同時転写さ…
2020 9/1 説明追記 重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定（Fitch 1970）は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派生したパラログ間より…
1000米ドル未満で全ゲノムをシーケンスするという目標が現実になり、医療における全ゲノムシーケンス利用が次第に増えている。 Genomics England （http://www.genomicsengland.co.uk/）などの大規模ゲノムプロジェクトは、数千のゲノムから収集された情報を…
HTML5とJavaScriptに基づく強力なゲノムブラウザとして、JBrowseは2009年にリリースされて以来広く使用されている[ref.1、2]。その構成ドキュメント[ref.3]によると、まず組み込みスクリプト「flatfile-to-json.pl」によってGFF3ファイル形式のゲノムアノテ…
シーケンシングされたエクソームおよび全ゲノムサンプルの数が急速に増加しており、最も関心のあるバリアントの膨大な量のデータを迅速に選別できることが重要になっている。このプロセスの重要なステップは、シーケンスバリアントを取得し、機能効果のアノ…
バクテリア、菌類、植物は、それぞれが関与する多様な生物間相互作用において、地球全体で独自の特定の生態学的役割を持つ特殊な代謝産物の非常に多様性を生み出している。この多様な特殊な代謝は、医薬品、農業、製造業で広く使用されている天然物の豊富な…
オーソロガス遺伝子は、タンパク質または機能的RNA分子をコードする核酸のセクションであり、単一の祖先遺伝子から派生し、その後に種分化により分岐している[ref.1、2]。対照的に、パラロガスな遺伝子は、単一の種内の重複から生じたものである。 OrthoDB […
2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した（ref.1–3）。過去20年以上にわたり、シークエ…
2019 10/26関連ツール追加 2019 10/26 インストール手順修正 2019 10/29 同上 2019 10/29 コメント追加 2020 6/28 論文とツイート追記、実行手順は確認中 2021 2/7 インストール手順とラン手順追記 メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス研究は、…
ヒトDNAシーケンス研究では、多くの場合、複数の研究所や個人によるDNAサンプルと関連するマニフェストの取り扱いが含まれる。 WESとWGSの両方のプロトコルには、シーケンス前の複数のDNA操作が含まれる。新しい手順や処理はそれぞれ、サンプルの混同、汚染…
2019 9/25 誤字修正 細菌と古細菌は、海洋と土壌の生態系での栄養とエネルギーのサイクルに役割を果たしており、人間の健康にも重要な役割を果たしている。細菌や古細菌に感染するウイルスは、殺害、代謝再プログラミング、または遺伝子導入によってこれらの…
Low Complexity（LC）は、タンパク質中のタンデムリピートおよびcompositionally biased regions（CBR）のようなアミノ酸組成にほとんど多様性がない領域を説明するために使用される一般用語である。ホモリピート、またはpolyX領域は、単一のアミノ酸残基の…
ゲノムシーケンスは、タンパク質の機能が決定される速度をはるかに超えて、新規タンパク質の発見を加速している（ref,1）。ゲノムシーケンスを解釈し、これらの予測されたタンパク質の役割のアノテーションを付けるには、新規タンパク質と特徴付けられたタン…
UniProt（ref.1）やGenBank（ref.2）などの公共データベースのタンパク質配列の数は、さまざまな大規模ゲノミクスプロジェクト（ref.3〜5）のために急速に増加している。急速な成長により、多くのアプリケーションが代表的なサブセットで動作するようになっ…
遺伝子の機能解明は、バイオインフォマティクスを含む現代の生物学における中心的な問題の1つである。体系的な機能的アノテーションのために、GOは遺伝子機能の語彙（以後、term）として広く使われている[ref.1]。 GO termは、term間の親の関係が表されてい…
シーケンス技術の向上により、次世代シーケンス（NGS）がトランスクリプトーム研究にますます頻繁に使用されている。適切なリファレンスゲノムがないため、非モデル生物のトランスクリプトームの分析はモデル生物のトランスクリプトームと非常に異なる。 Tri…
配列比較は、分子配列間の関係を研究するために広く使用されている。配列比較のための主なツールは、global（ref.1）およびlocal（ref.2）シーケンスアラインメントを含むアラインメントベースの方法である。 BLAST（ref.3）のようなアラインメントベースの…
最新のハイスループットシーケンス機器は大量のデータを生するが、これにはシーケンスエラー、シーケンスアダプタ、汚染されたリードなどのノイズが含まれていることがよくある。このノイズはゲノミクス研究を複雑にする。シーケンスノイズを減らすために多…
近年、次世代シークエンシング（NGS）と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している（論文執筆時点）。大規模ゲノムデ…
アセンブリはコンティグを生成するが、それ以上の分類学的なプロファイリングや機能解析のためには、OTUに分類することが重要である。このOTUクラスタリングはビニングとも呼ばれる。しかしコンティグの正確なビニングは、ゲノム中のリピート配列、シークエ…
