2017
2019 9/25 誤字修正 細菌と古細菌は、海洋と土壌の生態系での栄養とエネルギーのサイクルに役割を果たしており、人間の健康にも重要な役割を果たしている。細菌や古細菌に感染するウイルスは、殺害、代謝再プログラミング、または遺伝子導入によってこれらの…
Low Complexity（LC）は、タンパク質中のタンデムリピートおよびcompositionally biased regions（CBR）のようなアミノ酸組成にほとんど多様性がない領域を説明するために使用される一般用語である。ホモリピート、またはpolyX領域は、単一のアミノ酸残基の…
ゲノムシーケンスは、タンパク質の機能が決定される速度をはるかに超えて、新規タンパク質の発見を加速している（ref,1）。ゲノムシーケンスを解釈し、これらの予測されたタンパク質の役割のアノテーションを付けるには、新規タンパク質と特徴付けられたタン…
UniProt（ref.1）やGenBank（ref.2）などの公共データベースのタンパク質配列の数は、さまざまな大規模ゲノミクスプロジェクト（ref.3〜5）のために急速に増加している。急速な成長により、多くのアプリケーションが代表的なサブセットで動作するようになっ…
遺伝子の機能解明は、バイオインフォマティクスを含む現代の生物学における中心的な問題の1つである。体系的な機能的アノテーションのために、GOは遺伝子機能の語彙（以後、term）として広く使われている[ref.1]。 GO termは、term間の親の関係が表されてい…
シーケンス技術の向上により、次世代シーケンス（NGS）がトランスクリプトーム研究にますます頻繁に使用されている。適切なリファレンスゲノムがないため、非モデル生物のトランスクリプトームの分析はモデル生物のトランスクリプトームと非常に異なる。 Tri…
配列比較は、分子配列間の関係を研究するために広く使用されている。配列比較のための主なツールは、global（ref.1）およびlocal（ref.2）シーケンスアラインメントを含むアラインメントベースの方法である。 BLAST（ref.3）のようなアラインメントベースの…
最新のハイスループットシーケンス機器は大量のデータを生するが、これにはシーケンスエラー、シーケンスアダプタ、汚染されたリードなどのノイズが含まれていることがよくある。このノイズはゲノミクス研究を複雑にする。シーケンスノイズを減らすために多…
近年、次世代シークエンシング（NGS）と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している（論文執筆時点）。大規模ゲノムデ…
アセンブリはコンティグを生成するが、それ以上の分類学的なプロファイリングや機能解析のためには、OTUに分類することが重要である。このOTUクラスタリングはビニングとも呼ばれる。しかしコンティグの正確なビニングは、ゲノム中のリピート配列、シークエ…
メタゲノムシーケンシング、すなわち微生物混合群集から無差別に抽出されたDNAの全ゲノムシーケンシングは、分類学的組成および環境マイクロバイオームの機能的可能性を研究するために首尾よく使用されてきた（ref.1-4）。従来の単離培養工程の独立性は、費…
インストール 以前の記事を参照 > mmseqs $ mmseqs MMseqs2 (Many against Many sequence searching) is an open-source software suite for very fast, parallelized protein sequence searches and clustering of huge protein sequence data sets. Please…
2019 6/13 追記 2022 1/7 補足追加 エンリッチメント解析は、大量の遺伝子リストに関連する機能を決定し、生物学的過程を解釈する可能性を高めるための効率的かつ迅速な方法である（ref.1）。Biological processes（BP）、molecular functions（MF）、cell c…
2019 5/20 誤字修正、コメント、ヘルプ追加 HIV、Zika、Ebolaなどのウイルスは、一般的にウイルス準種（viral quasispecies, wiki）と呼ばれる、遺伝的に関連しているが異なる変異株の集団として宿主に存在する。それぞれ独自のハプロタイプ配列によって特徴…
2024/03/23 追記 メタゲノムシーケンシングは、細菌集団の分析ならびに新規な生物および遺伝子の発見のための選択技術として浮上している（Tyson et al, 2004、Venter et al, 2004、Yooseph et al, 2007、Arumugam et al, 2011）。初期のメタゲノミクス研究…
次世代シーケンス（NGS）データは生命メカニズムへの前例のないアクセスを提供する。特に、これらのデータは染色体、個体または種間の遺伝的差異を評価することを可能にする。そのような多型は、農学、環境または医学における多数の用途を有する生物学の多く…
リードからのプライマーの切断は、ターゲットアンプリコンのNGSデータを処理する上で重要なステップである。既存のツールは、リードから１つまたはいくつかのプライマー／アダプター配列を切断し、そして出現するそれらすべてを除去するように適合されている…
生物のゲノムDNAは生物学的にfunctionalな遺伝情報を持っている。生物の全ゲノム配列を解読することは、複雑な生物学研究における基本的なタスクである。以前は、完全なバクテリアゲノム配列を解読するために従来のサンガーシーケンシングが使用されていた。…
2023/01/04 追記 ハイスループットRNAシークエンシング（RNA-Seq）により、トランスクリプトームの詳細な理解が可能になった（ref.1–3）。手動および自動システムによる high fidelityな遺伝子モデルアノテーションの試みは、主にロースループットシークエン…
原核生物のゲノムに見られる clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) arraysは、我々がより多くの生態系において重要なウイルス - 微生物相互作用をよりよく理解するのを助け得る。ウイルスは溶菌感染を介して細胞内の栄養を生…
Ancient DNA（aDNA）とも呼ばれるsubfossilsから回収されたDNAは、populationの歴史を再構築するためにますます使用されている（Leonardi et al、2016）。しかし、下流の推論に影響を与える可能性があるいくつかの要因があるため、aDNAデータの分析は依然と…
グラフィックなゲノムマップは、ゲノムの特徴および配列の特徴を評価するために広く使用されている。 CGView（Circular Genome Viewer）ソフトウェアファミリーは、バクテリア、オルガネラ、ウイルスのゲノムマップを生成するためのツールの人気のあるコレク…
マイクロバイオームの組成を特徴付けること、そして自然システムの生態学、農業および人間の健康におけるそれらの重要性を理解することにおいて、大きな進歩がなされてきた。しかしながら、これらの進歩にもかかわらず、マイクロビオームの多様性、構造、お…
ウイルスは、ほとんどすべての既知の生態系の重要な構成要素である（Edwards and Rohwer、2005）。それらは、優占種を枯渇させることによって海洋から人間の腸までの様々な環境における生物多様性を調節し（De Paepe et al、2014; Lehahn et al、2014）、海…
次世代のシークエンシングベースのハイスループットアッセイによって生成されたトランスクリプトームデータ、ゲノムデータ、およびエピゲノムデータの効果的な可視化は、大きな関心の対象となっている。そのようなアッセイによって生成されたデータセットの…
40年以上前に制限エンドヌクレアーゼが発見されて初めて使用されて以来、DNAを単一および複数のコンストラクトに組み立てる能力が分子生物学を推進してきた[論文より ref.1]。過去10年間で、合成生物学の分野を形作り、ゲノム規模の生物学的オペレーティング…
2023/0710 merge追記 メタゲノミクスは、急速にそして安価に膨大な量のDNA配列を生成する能力に部分的に起因して、急速に成長している研究分野である。ヒトゲノムが2001年に最初に発表されて以来（The International Human Genome Sequencing Consortium、20…
2019 2/9 タイトル誤字修正 Horizontal gene transfer (HGT) は、微生物の進化と適応における重要な力として認識されている（Soucy、Huang＆Gogarten、2015）。単離された微生物のドラフトまたはフィニッシュしたゲノム中のHGTを同定する多数のパイプライン…
2019 7/5 関連ツール追記について追記 現代のバクテリアと古細菌の分類学の目標の1つは種の客観的定義である。分類を決定するプロセスは、新しいテクノロジーの出現により、時とともに継続的に改善されてきた。 PCRとそれに続く16S rRNA遺伝子のシークエンシ…
イルミナなどの第2世代シーケンシング（2GS）プラットフォームは、ゲノムシークエンシングコストを劇的に削減しながら、スループットを飛躍的に向上させた（Shendure and Ji 2008）。 2GSプラットフォームの比較的低コストで大規模なスループットは、数千も…
