Heterogeneityを考慮してシーケンスロゴを生成する MetaLogo

　シーケンスロゴは、短い配列の保存性やバリエーションを視覚的に表示するために使用される。これにより、DNAやタンパク質の配列の固定パターンや保存されたモチーフを示すことができる。しかし、一般的なシーケンスロゴジェネレーターの多くは、入力されたすべての配列が同じhomologousなグループのものであることを前提としているため、シーケンスロゴ作成の過程で、配列間の異質性が見落とされてしまう。配列のモチーフや保存パターンを明らかにするためには、配列を系統的または機能的に異なるグループに分けることが不可欠である。これらの問題を解決するために、本著者らはMetaLogoを開発した。MetaLogoは、複数の配列アラインメントと系統樹構築の後、入力された配列を自動的にクラスタリングし、複数のグループの配列ロゴを出力し、1つの図に整列させることができる。また、MetaLogoではユーザーが定義したグループ化もサポートされており、ユーザーはより繊細でダイナミックな視点で機能的モチーフを調査することができる。MetaLogoは、配列間の相同な部位と非相同な部位の両方を強調することができる。また、MetaLogoは、未知の配列の進化的位置や遺伝子機能を、その局所的な配列の特徴とともにアノテーションするのにも利用できる。MetaLogoは、パブリックなMetaLogoウェブサーバ（http://metalogo.omicsnet.org）、スタンドアロンなPythonパッケージ（https://github.com/labomics/MetaLogo）、およびローカルに展開可能なビルトインのウェブサーバをユーザに提供している。MetaLogoを使用することで、ユーザーはプログラミングの経験がなくても、情報を提供したり、カスタマイズしたり、公開可能な配列ロゴを描くことができ、特定の配列セットに関する新しい知識を発表したり調査したりすることができる。

Github

ローカルネットワーク（研究室など）でMetaLogoを共同利用したい場合、dockerを使ってウェブサーバをセットアップすることもできる。

HPより

MetaLogoは、シーケンスロゴを作成するためのツールです。複数の配列を入力とし、配列間の同質性と異質性を自動的に識別し、任意の解像度で異なるグループにクラスタリングし、最終的に複数のアラインメントされた配列ロゴを1つの図に出力することができます。グループ化は、長さによるグループ化、サンプルIDによるグループ化など、ユーザーが指定することもできます。従来の配列ロゴ作成ツールと比較して、MetaLogoはより詳細に、よりダイナミックに、より情報的に配列全体を表示することができます。

ここではweb版について流れだけ確認します。

webサービス

http://metalogo.omicsnet.org/にアクセスする。