発現プロファイルデータを解析する際の知識発見には、効果的な可視化が重要である。しかし、発現プロファイルデータをKEGGパスウェイマップと視覚的に統合するための既存のツールは、広範なインタラクティブな可視化操作を欠いている。KeggExpは、1つのパスウェイのマップ、パスウェイ内の遺伝子のデンドログラムとヒートマップ、1つの遺伝子の散布図を同時に表示し、また、異なる発現遺伝子、ヒートマップから選択された共発現遺伝子、ユーザー入力遺伝子を含むパスウェイマップ上の特定の遺伝子を強調表示するためのインタラクティブな操作を提供する。KeggExpを使用すると、プログラミングスキルのない研究者を含む研究者は、発現プロファイルデータを分析する際に、キーとなる遺伝子やパスウェイを決定するために、そのインタラクティブな操作を活用することができる。
ExpressVisのKeggExpタブ（http://www.fgvis.com/expressvis/KeggExp）にアクセスする。
exampleデータを読み込む。Try sample1をクリック。
パスウェイ図とヒートマップ図はそれぞれ拡大縮小とスクロールができる。マウスホイールでパスウェイを拡大した。
パスウェイのアサインされたタンパク質名をクリックすると、その遺伝子の発現がハイライト表示される。
ヒートマップは階層的クラスタリングされた上て表示されている。ヒートマップ横のデンドログラムをクリックすると該当するタンパク質がハイライト表示される。
ヒートマップ図の外観は歯車マークからカスタマイズできる。
高さを変更した。
デンドログラムを高くした。
sample２は３つのマップを切り替え表示できるようになっている。切り替えするには左上の矢印マーク（<- ->）をクリックする。
パスウェイ図に合わせてヒートマップ図も切り替わる。
ユーザーのデータを読み込むにはimport dataをクリックする。
まず種を選択。
現在は10 species対応している。
タブ区切り、またはexcel形式の発現行列ファイルをアップロードする。1列目は Entrez IDまたはEnsembl IDを記載し、2列目は遺伝子シンボルを記載する。3列目以降にそれぞれのサンプルのlog変換していない発現量値を記載する。
どのカラムがどのような情報を持っているのか指示する。
引用
KeggExp: a web server for visual integration of KEGG pathways and expression profile data
Xian Liu, Mingfei Han, Chen Zhao, Cheng Chang, Yunping Zhu, Changhui Ge, Ronghua Yin, Yiqun Zhan, Changyan Li, Miao Yu, Fuchu He, Xiaoming Yang
Bioinformatics. 2019 Apr 15;35(8):1430-1432
