2018 11/25 誤字修正
2019 12/18 インストール手順修正、コマンド実行手順追加
pfastq-dumpは、Ohtaさんが公開されているfastq-dumpを並列処理するpythonスクリプトparallel-fastq-dumpのbash実装バージョン。Sequence Read Archive（wiki）からダウンロードされたシーケンスデータ（SRAフォーマット ）をfastq-dumpの並列処理で素早くfastqに変換することができる。
インストール
依存
- SRA toolkit
#science系ツールレポジトリをtapしとく（してない人だけ）。
brew tap brewsci/science
#インストール
brew install sratoolkit
fastq-dumpとsra-statコマンドを実行し、パスが通っているか確認する。
本体 Github
git clone https://github.com/inutano/pfastq-dump
cd pfastq-dump/bin/
chmod a+x pfastq-dump
#パスの通ったディレクトリに移動かシンボリックリンクを張る
mv pfastq-dump /usr/local/bin
$ ./pfastq-dump
Using sra-stat : 2.8.2
Using fastq-dump : 2.8.2
tmpdir: ~/pfastq-dump/bin
outdir: ~/pfastq-dump/bin
Usage:
pfastq-dump --threads <number of threads> [options] <path> [<path>...]
pfastq-dump option:
-t|--threads number of threads
-s|--sra-id SRA id
-O|--outdir output directory
--tmpdir temporary directory
Extra arguments will be passed through
Other:
-v|--version show version info
-h|--help program usage
本体はbashスクリプト。パスの通ったディレクトリに移動する。
ラン
prefetchでsraファイルをダウンロード(*1)してから、８スレッド使ってSRR000001.sraをペアエンドfastqに変換。
#ダウンロード
prefetch SRR000001.sra
#fastqに変換。ダウンロードしたSRR000001.sraのパスを指定する。
pfastq-dump --threads 8 --split-files --outdir output_dir <path>/<to>/SRR000001.sra
#ダウンロードも含め一括実行
pfastq-dump --threads 8 --split-files --outdir output_dir -s SRR000001.sra
fastq-dumpはダウンロードとfastq変換を一括で行うことも可能ですが（下の参考を参照）、本ツールはsraをダウンロードしてから利用することが強く推奨されています。
参考
fastq-dumpでsraをダウンロードし、fastqをgz圧縮出力する。
fastq-dump SRR000001 --gzip #ペアエンドは"--split-files"をつける。
#sraファイルが入らなければ消す。
rm -i ~/ncbi/publc/sra/SRR000001.sra
追記
引用
GitHub - inutano/pfastq-dump: parallel-fastq-dump implementation in bash script
参考ページ
fastq-dump
http://yagays.github.io/blog/2013/06/20/fastq-dump-sratoolkit/
SRAからfastqを取得する
SRAからfastqを取得する - Palmsonntagmorgen
*1
fastq-dumpでもダウンロードできるが、非常に遅くなるので、prefetchでダウンロードし、fastq-dumpは解凍だけに使う方が早くなる。
