VIPはメタゲノムデータからホスト由来のコンタミリードを除き、virus由来のリードをアセンブルしてviursを分類・検出するパイプライン。クオリティトリミングからvirusのデータベースにリードをアライメントして照合することまで自動化されており、シンプルなコマンドだけでvirusを検出することが可能になっている。
インストール
md5sumがmacにはないのでインストールしておく。
brew install md5sha1sum
brew install seqtk
brew install oases
brew install rapsearch2
本体 Github
https://github.com/keylabivdc/VIP
git clone https://github.com/keylabivdc/VIP
cd VIP/installer/
chmod 755 *
sudo sh dependency_installer.sh
mkdir database
sudo sh db_installer.sh -r database
VIPで提供されている幾つかのツールのバイナリがmacでは動作しないので、brewでとってきて置換する(VIP/のルートにあるバイナリ)。
brew install seqtk
brew install oases
brew install rapsearch2
VIPのrootのバイナリを置き換える。picardについては名前が違うので、VIPが使う名前でリンクを貼っておく(またはVIPのコードを修正)。
ln -s /user/local/bin/picard /user/local/bin/picard-tools
ラン
configファイルの作成
./VIP.sh -i input.fastq -f fastq -p illumina -z
作成したconifgファイルを指定してラン。
./VIP.sh -c <configfile> -i <NGSfile>
引用
VIP: an integrated pipeline for metagenomics of virus identification and discovery
Yang Li, Hao Wang, Kai Nie, Chen Zhang, Yi Zhang, Ji Wang, Peihua Niu & Xuejun Ma
Scientific Reports 6, Article number: 23774 (2016)