mVISTAはJGIから提供されているメガベースのゲノム比較を行い、その結果を可視化するパッケージ。webサーバー版があり簡単に実行することが可能である。内部ではAVIDやLAGANが動作している。
公式ページ
about VISTA
webサーバー
比較したい配列の数を指定する。ここではH.Pyloriの3つのゲノムを比較する(ragoutでexampleデータとして使われているゲノム)。
3を入力。次へ
3つのゲノムのFASTAファイルを指定する。
メールアドレスを記入してsubmit。
しばらくすると解析結果が指定したメールドアレスに送られてくる。
メールにあるリンクを開く。
右端のPDFレポートを確認する。
メガベースのゲノムだとページに収まりきらないため、複数ページにまたがって表示されている（上は5'末端の200kb）。
左端の VISTA-Pointを選択。
この写真はリファレンス１との比較をしている。上半分がリファンレンス2、下半分がリファレンス３である。
windowサイズを自由に調節して比較することができる。
赤い領域をマウスで囲んで拡大。
ローカル版もjavaで提供されているが、JAVAのバージョンが古いためなのか動作しなかった(JAVA 8環境でテスト)。
関連ツールとして、サンガーリードとゲノムを比較するgVISTAや、転写因子結合サイトを予測するrVISTAなどがある（リンク）。
引用
VISTA: computational tools for comparative genomics.
Frazer KA1, Pachter L, Poliakov A, Rubin EM, Dubchak I.
Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W273-9.
VISTA : visualizing global DNA sequence alignments of arbitrary length.
Mayor C1, Brudno M, Schwartz JR, Poliakov A, Rubin EM, Frazer KA, Pachter LS, Dubchak I.
Bioinformatics. 2000 Nov;16(11):1046-7.
