macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

メタゲノムのカバレッジやGCを可視化する簡単なwebツール gbtlite

 

gbtliteは、kbseahさんが作ったメタゲノムのカバレッジGCのplotを描画してグラフ出力できるwebツール 。

 

I’ve written up a simple browser-based visualization for rendering coverage-GC% plots, called gbtlite.

https://kbseah.wordpress.com/2016/12/14/visualize-metagenomes-in-a-web-browser/

Github

 

使い方

1、BBtoolsのbbmapを使い、De novoアセンブリして得たFASTA配列に、アセンブリに使ったリードをマッピングする(BBtools紹介)。

bbmap.sh ref=assembly.fa nodisk in1=pair1.fq in2=pair2.fq covstats=sample1.stats

出力(sample1.stats)

f:id:kazumaxneo:20180903163918p:plain

 

2、https://kbseah.github.io/gbtlite/にアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20180903163506p:plain

 

3、ファイルを選択をクリックし、fasta配列をアップロードする。Draw graphsをクリック。横軸がGC、縦軸がlogカバレッジのグラフが表示される。

f:id:kazumaxneo:20180903164126p:plain

グラフは、Trackpadの上下で拡大縮小したり、ドラッグで移動したりできる。上のメニューからは縦軸のスケールやプロットのサイズなどを変更できる。

 

感想

プロットが1000を超えてくるとブラウザがハングアップすることがあるそうなので、真のメタゲノムデータに使うには厳しそうですが、簡易チェックには役に立ちそうです。

 

gbtools(紹介

https://kbseah.wordpress.com/2015/12/07/new-paper-visualizing-metagenome-binning-with-r/

引用

https://github.com/kbseah/gbtlite