macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

リファレンスを変えて、変異株のゲノム配列を作る。

 

変異のコール結果であるVCFファイルを元に変異株のゲノムを作りたいことが時々ある。そうゆう時は、gatkのFastaAlternateReferenceMakerが利用できる。

 

 

マニュアル

 

f:id:kazumaxneo:20170913153420j:plain

 

gatkがない人はbrewで導入しておく。

brew install gatk

 

 

ラン

 入力は変異コール結果のVCFファイルとそのリファレンスファイル。以下のように打つ。

gatk -T FastaAlternateReferenceMaker -R ref.fa -o output.fa -V indel.vcf
  • --lineWidth Maximum length of sequence to write per line (60). 

VCFファイルのコール部位通りに修正されたFASTAファイルが出力される。

 

 

 

 おまけ

この塩基置換が再現されているか、output.faからfastqをシミュレートで作り、WTのリファレンスにアライメントさせて確認する。

f:id:kazumaxneo:20170913152556j:plain

 

 

f:id:kazumaxneo:20170913152653j:plain

 変異が再現されている。

 

VCFtoolsでも同様のことができます。