macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

windowsツール

DNA編集ソフト3 FasParser2

FasParser1 abstract シーケンスデータを操作するために、「FasParser」と呼ばれるコンピュータソフトウェアパッケージを開発した。これはパーソナルコンピュータで様々な分析を行うことができるソフトウエアで、その機能には、カウント、2配列間の違いを調…

プライマーを自動設計したり、プライマー全アニーリング部位を確認できる FastPCR

ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、分子生物学の基本であり、核酸増幅に使用される最も重要な実験技術である。(一部略) 増幅反応を引き起こすための熱サイクリングに依存しない多くの等温増幅技術も開発されている。 そのような技術の1つは、鋳型DNAをオリ…

DNA解析ソフト2 Serial Cloner

Serial Clonerは、MacintoshとWindowsに対応した遺伝子編集ソフトウェア。 FASTAファイルの読み書き、DNA Striderと互換性のあるファイルの読み書きをサポートする。 Vector NTI、MacVector、ApE、DNAstar、pDRAW32およびGenBank形式、さらにVectorNTIマルチ…

DNA解析ソフト1 Snapgene

SnapGeneはプラスミドやゲノムの解析ソフトである。ビジュアルで見やすく表示する機能に特化しており、制限酵素処理結果を画面で見やすく表示したり、TA cloningやgibson、in fuisionなどの反応結果を表示し設計を支援する機能などを持つ。 2018 10/26 追記 …

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したGUI(CUI)ツール Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…