macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

windowsツール

ショートリードとロングリード両方に対応した高速なクオリティフィルタリングツール RabbitQC

2020 8/19 追記 現代のシーケンシング技術は、生物学や医学の多くの分野で革命を起こし続けている。生成されたデータセットはエラーが発生しやすいため、下流のアプリケーションでは通常、FASTQファイルを前処理するための品質管理手法が必要となる。しかし…

データをドラッグアンドドロップして素早く作図とデータ分析ができるGUIツール BioVinci

3/330 誤字修正、図を追記 2020 3/31 追記 2020 5/4 v2.0リリース追記 2020 5/12 統合TVのリンク追加 BioVinciのabout usより BioTuringは、若くてモチベーションが高いバイオインフォマティシャンで構成されたチームで、次世代のバイオインフォマティクス…

SPAdesの出力をフィルタリングする CVLFilter

イルミナのシーケンシングは酵母ゲノミクスに革命をもたらし、現在、市販のドラフトゲノムシーケンシングの価格は200ドル未満になった。人気のあるSPAdesアセンブラにより、あらゆる酵母種のde novoゲノムアセンブリを簡単に生成できる。ただし、ゲノムアセ…

PGAPとPGAP-Xを組み込んだバクテリアのパンゲノム解析webサーバー PGAweb

2019 7/21追記 2019 10/2 コードエラー修正 2019 11/2 誤字修正 "PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline"より パンゲノムの概念は2005年に提案されて以来[ref.1、2]、過去10年間でバクテリアゲノムの進化と動態を調査するために急速に採用され…

ターゲットアンプリコンシーケンシングのプライマーを除く cutPrimers

リードからのプライマーの切断は、ターゲットアンプリコンのNGSデータを処理する上で重要なステップである。既存のツールは、リードから1つまたはいくつかのプライマー/アダプター配列を切断し、そして出現するそれらすべてを除去するように適合されている…

教育にも利用できる、何百ものバイオインフォマティクスツールが入った包括的コンテナ環境 ORCA

2019 4/25 誤字修正 効果的なバイオインフォマティクス分析のための適切なプラットフォームを設定することは困難な場合がある。標準のソフトウェアパッケージをインストールするために必要な依存関係とバージョン要件を決定することは、分析を始める前の障壁…

taxonomy ID、種名、系統情報など相互変換する taxonkit

2019 1/24 lineageコマンドのミス修正 2019 7/5 ツイート追記 2019 7/9 タイトル修正、ツイート追記 2020 4/29 ツイート追記 2020 9/7 説明修正、タイトル変更 2020 9/8 インストール追記 NCBI taxonomy databaseは、公共のシーケンスデータベースに含まれる…

DNA解析ソフト3 FasParser2

2019 1/17 タイトル修正 FasParser1 abstract シーケンスデータを操作するために、「FasParser」と呼ばれるコンピュータソフトウェアパッケージを開発した。これはパーソナルコンピュータで様々な分析を行うことができるソフトウエアで、その機能には、カウ…

プライマーを自動設計したり、プライマー全アニーリング部位を確認できる FastPCR

ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、分子生物学の基本であり、核酸増幅に使用される最も重要な実験技術である。(一部略) 増幅反応を引き起こすための熱サイクリングに依存しない多くの等温増幅技術も開発されている。 そのような技術の1つは、鋳型DNAをオリ…

DNA解析ソフト2 Serial Cloner

Serial Clonerは、MacintoshとWindowsに対応した遺伝子編集ソフトウェア。 FASTAファイルの読み書き、DNA Striderと互換性のあるファイルの読み書きをサポートする。 Vector NTI、MacVector、ApE、DNAstar、pDRAW32およびGenBank形式、さらにVectorNTIマルチ…

DNA解析ソフト1 Snapgene

2018 10/26 追記 2019 4/22 プライマーの説明追加 2019 5/30 誤字修正 2019 7/1 追記 2020 1/6 リンク追加 2020 1/25 追記 2020 2/12 分かりにくい表現を修正 SnapGeneはプラスミドやゲノムの解析ソフトである。ビジュアルで見やすく表示する機能に特化して…

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したGUI(CUI)ツール Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…