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2020 5/14 フィーチャー => 観測値に変更 全ゲノムの非環状プロットは、全染色体に沿って配列されたゲノムデータを自然に表現したものである。現在のところ、非環状の全ゲノム図を作成するために設計された専用のグラフィカル・ユーザー・インターフェース（…
2020 5/12 説明追加 ライブラリによって要求するRのバージョンが異なり、新しいツールをテストできないことがある。そのような場合、 r-baseのバージョン管理されたdockerイメージを使うと、その場限りの仮想環境にツールをインストールして、気軽にテストす…
植物と病原体の相互作用の結果を決定する多数の遺伝子が現在発見されている。たとえば、免疫受容体、感受性因子、病原体エフェクター、およびそれらの宿主標的など。ターゲットエンリッチメントシーケンスは、遺伝子型固有のゲノムアセンブリを最初に生成す…
2019年最後の投稿になります。今年もお世話になりました。来年もどうぞよろしくお願い致します。 ゲノムワイドな研究で特定された一連の遺伝子について、遺伝子オントロジー（GO）によって定義されたものなど、特定のパスウェイまたは機能カテゴリの遺伝子が…
生物学的システムの統合モデルを構築し、疾病を予防または治療するための実現可能な戦略を考案するには、適切な実験計画法とインタラクティブなインタフェースを備えた高度な計算ツールが必要である。 RNA-Seqは膨大な量の遺伝子発現データを作成しており、…
RNA-seqデータセットをGene Expression Omnibus（GEO）およびSequence Read Archive（SRA）のリポジトリに保存すると、公開されている研究の再現性が保証され、再利用が容易になる。これらのデータの再分析は、新しい科学的洞察をもたらす可能性があり、新し…
2019 4/11 twitterリンク追記 2020 3/2 関連リンク追加 近年、いくつかのグループが、データの要約ではなく実際のデータをグラフで表示することを提唱している[ref.1-4]。生データは、ヒストグラムやドットプロットなど、さまざまな方法で視覚化できる。デー…
次世代のシークエンシングベースのハイスループットアッセイによって生成されたトランスクリプトームデータ、ゲノムデータ、およびエピゲノムデータの効果的な可視化は、大きな関心の対象となっている。そのようなアッセイによって生成されたデータセットの…
2019 5/23 tweet追記 2019 9/26 動画追加 2019 11/30 ツイート追記 2019 12/22 統合TVリンク追加 2020 2/2 ８章補足資料リンク追加 RNAシークエンシング（RNA-Seq）[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための日常的な技術となった。ますます低コストで、ライブ…
ヒートマップソフトウェアは、一般に、静的ヒートマップソフトウェア (static heatmap software) [論文より ref.1-9]とインタラクティブヒートマップソフトウェア (interactive heatmap software) [ref.10-20]の2つのカテゴリに分類することができる。静的ヒ…
