macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

organelle genome

ロングリードを使い環状DNAかどうか調べる Circlator

デノボアセンブリの課題は、世界初の自動DNAシーケンサーの登場以来ずっと存在していた。初期ゲノムシーケンスデータのアセンブリは、大きく2つの戦略に基づいていた:BAC / YACタイリングまたは全ゲノムショットガン[論文より ref.1]。これらのストラテジー…

オルガネラゲノムのアノテーションを行う GeSeq

次世代シークエンシング(NGS)技術は、オルガネラゲノム配列のavailabilityを爆発的に増加させた(論文より ref.1)。しかし、シーケンスアノテーションは依然として大きなボトルネックになっている。オルガネラゲノムの(半)自動注釈のための4つのツール…

オルガネラゲノムを描画する OrganellarGenomeDRAW

ミトコンドリアおよび色素体(葉緑体)は、それぞれαプロテオバクテリアおよびシアノバクテリアに由来する真核細胞の細胞内小器官である。ミトコンドリアおよびプラスチドは、二本鎖DNAのゲノムを保持しており、それらはオルガネラ内で複製および発現し、通…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較7 -大量のミトコンドリアゲノムの同時比較

インストールは以下で説明しています。 公式ページのチュートリアル7を実践していく。 人のミトコンドリアゲノムを、他の生物のミトコンドリアゲノムと比較する。 ミトコンドリアゲノムNC_012920をダウンロードする。 fetch_genome_by_accession.sh -a NC_01…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較4 - ミトコンドリアゲノムの比較

葉緑体ゲノムに続き、CCTを使ってミトコンドリアゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル4)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 前半は以前のクロモソーム、プラスミドと同じなので簡潔に説明する。 まずはドブネズ…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較3 - 葉緑体ゲノムの比較

プラスミド、クロモソームに続き、CCTを使って葉緑体ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル3)。 CCTのインストールは以下で説明しています。 前半は以前のクロモソーム、プラスミドと同じなので簡潔に説明する。 まずはPorph…