プラスミド、クロモソームに続き、CCTを使って葉緑体ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく（公式ページチュートリアル3）。
CCTのインストールは以下で説明しています。
前半は以前のクロモソーム、プラスミドと同じなので簡潔に説明する。
まずはPorphyra purpureaのクロロプラストゲノムをダウンロードする。
fetch_genome_by_accession.sh -a NC_000925 -o ./
上記のコマンドを打つと、カレントディレクトリにNC_000925.gbkがダウンロードされる。
プロジェクトをビルドする。
build_blast_atlas.sh -i NC_000925.gbk
終わるとNC_000925ディレクトリができる。
他のクロロプラストゲノムをダウンロードする。
fetch_all_refseq_chloroplast_genomes.sh -o NC_000925/comparison_genomes/
157ファイルダウンロードされた。
デフォルト条件でゲノムを比較するなら以下のように打つ。
build_blast_atlas.sh -p NC_000925 --map_size x-large --custom 'labelFontSize=100 backboneRadius=3000'
--custtomで文字が潰れないよう工夫している。
- labelFontSizeはfeature tableの文字サイズ
- backboneRadiusは背景の円のサイズ。
--map_size x-large: x-largeのファイルのみ出力。
DNA vs DNA
cDNA vs cDNA
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