macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2016

MG-RAST(簡単な紹介)

分子生物学、とりわけ、微生物群集(メタゲノミクス分野)のハイスループットシーケンシングは、気候変動、環境汚染、人間の健康などに関わる微生物群集の組成と機能的内容の理解を急速に進歩させている。メタゲノミクスは、以前は実験室制御の培養に難しか…

多機能な配列処理ツール VSEARCH(USEARCHの代替)

2019 8/9 説明の誤り修正 2019 9/15 両鎖クラスタリングのコメント追加 Rockström et al. (2009) とSteffen et al. (2015) は、生物多様性の損失を人類の短期生存のための主要な脅威として提示した。シークエンシング技術における最近の進歩は、深海熱水孔か…

アンプリコンシーケンスのペアエンドリードマージツール MeFiT

次世代シークエンシング技術は,その開始以来,研究者が複雑なシステムから多面的な生物学的情報を抽出する方法を変え、ヒト疾患,環境科学、進化科学などの分野における研究を促進してきた。16S rRNA小サブユニット遺伝子、またはより一般的にはその一部のシー…

メタゲノムアセンブリを評価する MetaQUAST

2019 5/27 追記 メタゲノミクスは、環境サンプルから直接採取した遺伝物質を研究する。 NGS技術は、クローニングなしに少量の生物からDNAを抽出しショートリードシーケンシングすることを可能にする。しかし、そのような実験で作成されたデータは膨大でノイ…

proteomeをクラスタリングするデータベース FastaHerder2

タンパク質データベースのますます加速する成長により配列類似性および配列保存によるタンパク質機能研究に対して大きな可能性が提供される。しかしながら、これらのデータベースに蓄積された膨大な数のタンパク質配列はデータを分析しそしてオーガナイズす…

ロングリードを使ってハプロタイプフェージングを行う HapCol

ヒトなどの二倍体生物は、それぞれの親から1つずつ、2組の染色体を含んでいる。ハプロタイプと呼ばれる、各染色体の2つの異なるコピーを再構築することは、個体のゲノムを特徴付けるために重要である。このプロセスは、フェージングまたはハプロタイピングと…

ゲノムをダウンロードして簡単に総当たりANI比較を実行できる pyani

このモジュールはいくつかの代替方法のうちの1つに従って平均ヌクレオチド同一性ANIを計算する。ANIは、DNA-DNAハイブリダイゼーション(DDH )の適切なin silico代替物であると提案されており、したがって種の境界を描写するのに有用となる。 文献中の種の…

DADA2

Preprintより 微生物群集の人間および環境への健康への重要性は、それらの効率的な特徴付けのための方法に動機を与えている。最も一般的で費用効果の高い方法は、標的遺伝子エレメントの増幅および配列決定である。 16S rRNA [ref.1]、ITS領域[ref.2]または1…

アンプリコンシーケンシングのアセンブルとクオリティフィルタリングツール moira

16SリボソームRNAなどのマーカー遺伝子のハイスループットシークエンシングは、複雑な微生物群集の分析においてこれまで到達できなかった詳細なレベルの分析を可能にするため、微生物生態の研究者にとって非常に貴重なツールとなっている。 Roche 454、Illum…

seqkitに新しく追加されたコマンドを確認する

2019 8/7 誤字修正 seqkitを以前ブログで紹介した時は0..6.0でしたが、1年半近く経ち、2018年12月20日現在ではバージョンが0.9.4まで上がっています。ありがたいことに、bug fixだけでなく、新しいコマンドが複数追加されています。v0.6.1以降に追加された…

multi-FASTA alignmentからSNPを抽出する SNP-sites

次世代シーケンシング(NGS)技術は、 Single Nucleotide polymorphism(SNP)発見のためにゲノムを大規模にリシーケンシングすることを容易にした。そのようなプロジェクト中に発見された何千ものSNPは、生物学的解釈および計算解析のためにいくらかの困難…

de bruin graphにリードをマッピングする BGREAT

2018 11/22 ポスターlink追加、誤字修正 次世代シーケンシング技術(NGS)は、シーケンシングされたゲノムの生成を大幅に加速した。しかしながら、これらの技術は、依然として染色体当たり単一の配列を提供することができないままである。代わりに、それらは…

アセンブリ配列やゲノムから遺伝子配列をblast検索できるwebツール SimpleSynteny

異なる生物ゲノムの保存されたシンテニーのパターンを理解することは、分子生物学の分野における中心的な事業である。元々synteny(以後シンテニー)は細胞遺伝学によって定義され、単一の染色体上に位置する2つ以上の遺伝子座の存在を言及した(論文より re…

シーケンシングデータのハプロタイプを可視化し、リードを分類する HapFlow

2018 11/3 誤字修正 2019 3/18 freebayes追記 ハイスループットシーケンシング技術の出現により、バクテリア集団のシーケンシングのような新しい実験的アプローチが可能になった。感染は、しばしば同じ種の複数の株を含んでおり(Darch et al、2015; Taylor …

Var2GO

Var2GOはハイスループットシーケンシングデータのさまざまな変異コールから、遺伝子アノテーションとフィルタリングをサポートする新しいWebベースのツールである。その主な目的は、非生物情報学者が直感的なWebインターフェイスを介してVariant Calling For…

変異の自動解析パイプライン NASP

バクテリア、ウイルス、真菌および寄生生物を含む微生物からの全ゲノムシーケンシング(WGS)データはpublicデータベースで急速に増加しており、アウトブレイク調査(Rasko et a、2011; Eppinger et al、2011; Engelthaler et al、2016)、系統学と血清学を…

LightAssembler

次世代シークエンシング(NGS)技術の出現はゲノム研究に革命をもたらしたが、シーケンスされた生物の全体像を提供することはできていない。なぜなら、数十億のフラグメント断片の相対位置はゲノムアセンブリなしでは分からず、それらは非常にあいまいな重複…

MaxBin2

全ての微生物集団の配列が同時にサンプリングされるため、メタゲノム試料の個々のゲノムの回収には困難を伴う。しかし、自然生態系および人工生態系における未耕地微生物の機能的可能性を理解することは重要な手順である。ビニングとは、アセンブリされてい…

バクテリアのシーケンスエンリッチメント解析ツール SEER

細菌形質の遺伝的基盤を決定しようとする研究は、伝統的に特定の原因遺伝子エレメントを特定するのではなく、目的の表現型に関連する新生クローンを同定することに限定されてきた(ref.1)。これは、バクテリアがクローン的に複製するという事実に起因しており…

Kostabl labのANIやAAIを計算するwebツール (enveomicsコレクションの一部)

ゲノムおよびメタゲノム解析は、生物学的研究のいくつかの分野でますます一般的になってきているが、頻繁に繰り返される特殊な分析は、論文のpublish後にはほとんど利用できないin-houseスクリプトとして報告されている。著者らは、微生物ゲノミクスおよびメ…

複雑なクエリ表現に対応し、BAMを様々な条件でフィルタリングできる BAMQL

Binary Alignment / Map(BAM)は、リファレンスゲノムとのアラインメント後に大量のゲノムリードデータを保持するための共通フォーマットを提供している。リードには捕捉情報が追加されており、例えばFASTAやFASTQファイルには含まれていないターゲット位置…

ANItoolsをwebで実行できるANItools web

単離されたバクテリア株の迅速かつ正確な分類は、医療微生物学、特に全国的または全世界的な広がりの脅威を伴う感染症発症中の最も重要な課題である(論文より ref.1)。しかし、現在の分類方法はすべて、表現型の類似性や化学的性質に基づく方法のみならず…

コア遺伝子のアミノ酸配列を使って系統解析を行う bcgTree

DNAシーケンシングデータによる生物の進化的および分類学的関係の再現は、バクテリアにおいて長い歴史を持つ(Cavalier-Smith、1993; Woese and 33Fox、1977; Woese、1987)。バクテリアは形態学的に区別し分類するのが難しく、DNAバーコードと分子系統学が…

バクテリオファージのホストを推測する HostPhinder

2012年、世界保健機関(WHO)は抗生物質時代の終焉の始まりと、ささいな細菌感染でさえ致命的になる時代に戻りうることを発表した[論文より ref.3]。それ以来、抗生物質耐性の問題は増大し続けており、WHOレポート「Antimicrobial resistance: global report…

高速なgermlineとsomaticのSV検出ツール Manta

ゲノムシーケンシングおよびゲノムエンリッチメントシーケンシングは、臨床での遺伝性および体細胞突然変異発見のためにますます使用されてきているが、このシナリオにおける構造変異(SV)およびindelsの迅速な発見のためのツールは限られている。著者らは…

メタゲノムを分類する MetaProb

Metagenomicsは、環境から直接得られたゲノム配列の研究である。微生物群集の分類学的多様性を特徴づけることは、メタゲノム研究の第一の目的の一つであり、過去10年間でますます普及している分野となっている(Mande et al、2012)。例えば、ヒトにおける微…

RNA seq用のde novoアセンブリツール BinPacker

RNA-seq法の出現によりmRNA発現レベルに関して前例のない正確さが提供されたため、転写、スプライシング変異および関連する機構の研究方法が大きく変わっている[論文より ref.1]。それらは、レアなスプライシングアイソフォームおよび低発現スプライシングア…

deeptools

deeptools2のペーパーより ハイスループットシーケンスデータのデータの分析は、引き続き研究者にとって大きな課題となっている。ハイスループットシーケンシングを用いた実験の多様性が急速に高まっているため、分析パッケージの数が増加し、洞察に富んだ視…

高速かつメモリ使用量の少ないメタゲノムアセンブリツール MEGAHIT

2019 5/6 インストール方法修正 2019 5/7 パラメータ追記 2019 5/15 タイトル修正 2019 5/19 リンク追加 2019 5/17 タイトル再修正、パラメータ修正 2019 6/3 コメント追加 2019 7/27 condaインストール追記 次世代シーケンシング技術は、メタゲノミクスを研…

メタゲノムを分類し、結果を可視化する Taxonomer

微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…