macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

rRNA

メタゲノムデータからrRNAをターゲットアセンブリし、系統アサイン、定量、比較する phyloFlash

2019 5/9 インストール追記 ショットガンメタゲノミクスは、微生物群集の機能を調査し、それらの系統または分類学的な構成を決定するための強力なツールである(Preprintより ref.1、2)。プライマーバイアス(ref.3)やキメラ配列(ref.4、5)など、PCRベー…

16S/18S rRNAのV1~V9領域の配列を取り出す V-Xtractor

V-Xtractorは、隠れマルコフモデルを使用して、16S/18S rRNAの定義済みの超可変配列セグメント(V1〜V9)を検索、検証、および抽出する。99.6%の検出効率と低い偽陽性感受性により、このツールはデータの信頼性を向上させ、その後のコミュニティアッセイで…

EMIRGE

微生物群集構成の特徴付けは、系統発生マーカー遺伝子、最も一般的にはリボソームスモールサブユニットRNA(SSU rRNA)遺伝子[ref.1]を用いて行われることが最も多い。伝統的に、rRNA配列は増幅、クローニング、およびサンガーシーケンシングによって決定さ…

review article要約 16Sアンプリコンシーケンシングによる微生物コミュニティの定量

いくつかの例を挙げると、微生物群集は、地球規模の元素循環、排水処理プラントでの廃棄物除去、およびバイオガスプラントでのメタン生産を促進する、多くの自然および人工生態系における隠れたチャンピオンである。これらのシステムを理解しモデル化するた…

RNA seqシーケンシングデータの包括的な前処理ツール FastqPuri

2018 12/3 図差し替え 2019 6/18 condaインストール追記 RNA-seq実験から正確な結果を得るには、前処理ステップでのクオリティチェック(QC)とシーケンスデータのフィルタリングが重要になる。ワークフローは通常、次のように進行する。最初にシーケンスク…

NGSデータまたはアセンブリからバクテリアやアーキアのtaxanomic assignmentを行い、ゲノムのnoveltyなどを評価する MIGA

Small subunit ribosomal RNA gene (16S)は、30年以上にわたり、原核生物種およびそのコミュニティの多様性をカタログ化および研究するために首尾よく使用されてきた。しかしながら、16S(論文より ref.1)によって効率的に評価することができない種および…

rRNAのコンタミを除く SortMeRNA

SortMeRNAはメタトランスクリプトームやメタゲノムのシーケンスデータからrRNAを高感度に検出し、フィルタリングするツール。出力はfasta、fastq、アライメントのsam、またblastライクな出力も可能である。Illumina, 454, Ion Torrent and PacBioのシーケン…

rRNAを素早く検出する Barrnap

2019 3/10 タイトル修正 2019 5/30 インストール方法追記 BarrnapはrRNAをゲノムから探すツール。 検索対象 bacteria (5S,23S,16S) archaea (5S,5.8S,23S,16S) mitochondria (12S,16S) eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S) インストール 本体 Github #bioconda(li…