macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

rRNA

RNA seqシーケンシングデータの包括的な前処理ツール FastqPuri

2018 12/3 図差し替え RNA-seq実験から正確な結果を得るには、前処理ステップでのクオリティチェック(QC)とシーケンスデータのフィルタリングが重要になる。ワークフローは通常、次のように進行する。最初にシーケンスクオリティチェックを行い、続いてア…

NGSデータまたはアセンブリからバクテリアやアーキアのtaxanomic assignmentを行い、ゲノムのnoveltyなどを評価する MIGA

Small subunit ribosomal RNA gene (16S)は、30年以上にわたり、原核生物種およびそのコミュニティの多様性をカタログ化および研究するために首尾よく使用されてきた。しかしながら、16S(論文より ref.1)によって効率的に評価することができない種および…

rRNAを検出するツール Barrnap

BarrnapはrRNAをゲノムから探すツール。 検索対象 bacteria (5S,23S,16S) archaea (5S,5.8S,23S,16S) mitochondria (12S,16S) eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S) インストール 本体 Github brewで導入できる。 brew install barrnap ラン barrnap genome.fa > ou…