rRNA
2018 12/3 図差し替え 2019 6/18 condaインストール追記 2019 6/21 コマンド追記 2019 10/23引用追記 2020 1/7 インストール追記 2020 12/9 my docker imageのラン手順修正 RNA-seq実験から正確な結果を得るには、前処理ステップでのクオリティチェック（QC…
Small subunit ribosomal RNA gene （16S）は、30年以上にわたり、原核生物種およびそのコミュニティの多様性をカタログ化および研究するために首尾よく使用されてきた。しかしながら、16S（論文より ref.1）によって効率的に評価することができない種および…
2019 6/13 追記 2019 7/18 インストール追記 2020 7/7 コマンド追記、help 更新 2020 7/9 文章追記 以前このブログで紹介したBBtoolsに、Minhashアルゴリズム（リンク）を使ってわずか数秒でゲノムなどの大きな配列を比較し、トップヒットを返してくれる機能…
2020 2/5 condaインストール追記 2020 6/16 コマンドが大きく変更したため更新（v２.１） 2020 12/9 unmapを出力するようにコマンドを修正, 再びhelp更新（v４.２） 次世代シーケンシング（NGS）技術を生物群集から直接抽出したRNAに適用すると、コーディン…
2019 3/10 タイトル修正 2019 5/30 インストール方法追記 2020 6/15 コマンド修正, help追記 2020 6/29 例追記 BarrnapはrRNAをゲノムから探すツール。 検索対象 bacteria (5S,23S,16S) archaea (5S,5.8S,23S,16S) mitochondria (12S,16S) eukaryotes (5S,5.…
2020 8/22 関連ツールリンク追記 2023/02/28 追記 fastaからrRNA配列を探すツール。アノテーションに使えるのはもちろんだが、それだけでなく、de novo transcriptome解析などで、rRNAにマッピングされるリードを排除するため、rRNAをもれなく検索したい時な…
