macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

plant

既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH

二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物(Natural products)は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分子でもある。さらに、分子生物学および細胞生物学の多くの側面を研究する化学プローブとして科学研究に重要な…

クロロプラストゲノムの自動アセンブリパイプライン Fast-Plast

Fast-Plastは、既存および新規のプログラムを活用して、葉緑体ゲノム全体を迅速にアセンブリし、検証するパイプライン。 十分なデータを持つほとんどのデータセットについて、Fast-Plastは自動で完全長の葉緑体ゲノムアセンブリを生成できる。 Fast-Plastは…

倍数体のfractionation biasを視覚化する FractBias

全ゲノム重複(WGD)などの倍数性事象は、単一の生物体内に2つ以上のゲノムコピーを作成する。重複(サブゲノム)に由来するホモロガスな染色体の全セットは、遺伝子が相同染色体の1つからlossするfractionationと呼ばれる過程で遺伝子欠損を受ける(Langham…

オルガネラゲノムのアノテーションを行う GeSeq

次世代シークエンシング(NGS)技術は、オルガネラゲノム配列のavailabilityを爆発的に増加させた(論文より ref.1)。しかし、シーケンスアノテーションは依然として大きなボトルネックになっている。オルガネラゲノムの(半)自動注釈のための4つのツール…

オルガネラゲノムを描画する OrganellarGenomeDRAW

ミトコンドリアおよび色素体(葉緑体)は、それぞれαプロテオバクテリアおよびシアノバクテリアに由来する真核細胞の細胞内小器官である。ミトコンドリアおよびプラスチドは、二本鎖DNAのゲノムを保持しており、それらはオルガネラ内で複製および発現し、通…

高速な重複の検出ツール DuplicationDetector

重複は、植物ゲノム構造の重要な特徴であり、単一の遺伝子、染色体の一部や全体、さらには全ゲノムを含む可能性がある [論文より ref.1]。被子植物は、それらの進化に沿って大規模な重複および複数の全ゲノム重複を受けたことが示されている[ref.2]。重複遺…

オオムギ(大麦)のRNA seq解析

勉強会用資料 時系列データ publishされた論文 http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1631069115000888?via=ihub 利用するシーケンスデータ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP032854 fastaとgtf http://plants.ensembl.org/…

シロイヌナズナのRNA seq解析

植物のRNA seqを初めてされる方向けに作成した資料です。 真似すれば流れを再現できるように記載しています。流れに興味があれば同じように実行してみてください。 論文 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3566969/ シーケンスデータ https://ww…