macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

plant

様々な種のバリアント情報をまとめたデータベース Genome Variation Map(GVM)

Genome Variation Map (GVM; http://bigd.big.ac.cn/gvm/) は、ゲノム変異の公開データリポジトリである。幅広い種のゲノム変異を収集・統合することを目的としており、世界中から様々な変異タイプの投稿を受け付けており、世界中の研究活動を支援するために…

(主に植物)LTRレトロトランスポゾンを識別可能な割合でゲノムアセンブリを評価するIndex; LAI

2020 11/7 タイトル修正 2020 11/8 感想追加 2020 11/11 誤字修正 構造的特徴に基づくコンピュータプログラムを用いたLTR要素の同定は効率的であるが(10,11)、多数の偽陽性(4)に悩まされている。最近、インタクトなLTRレトロトランスポゾンの正確なde novo同…

ゲノムアセンブリからLTR-RTを同定する LTR_retriever

2020 11/6 追記 Long terminal repeat retrotransposons (LTR-RT)は植物ゲノムに多く存在する。LTR-RTの同定は、高品質な遺伝子アノテーションを実現するために重要である。しかし、これらのプログラムは特異性が低く、偽発見率が高いという問題があった。こ…

(植物)葉緑体ゲノム配列を自動で完全にアノテーションする CPGAVAS2

葉緑体ゲノムの完全長配列は、種の進化の歴史に関する豊富な情報を提供している。次世代シークエンシング技術の進展に伴い、葉緑体ゲノムの完全配列の数は飛躍的に増加すると予想されており、ゲノム配列をアノテーションするための強力な計算機ツールが急務…

(コムギなど)倍数性ゲノムのホモログ特異的なプライマーを自動作成する AutoCloner

2020 7/27 誤字修正 小麦のような倍数性の生物は、分子生物学の最も単純な手順さえも複雑にしている。農作物のゲノム配列に関する知識は急速に増加しているが、研究者の間では、すべての種の完全な全ゲノムを作成するまでにはまだ長い道のりがある。そのため…

Kmasker

多くの植物ゲノムは、高レベルのrepetitive sequencesを持っている。ハイスループットシーケンスリードを使用したこれらの複雑なゲノムのアセンブリは、依然として困難な作業である。これらのデータセットの repeat complexity を過小評価または無視すると、…

植物ゲノムの代謝遺伝子クラスターを検出する PhytoClust

代謝遺伝子クラスター(MGC)は、特定の代謝パスウェイのゲノム上で共局在し、潜在的に共制御される遺伝子である。細菌のオペロンとは対照的に、それらは単一の転写ユニットの制御下にはない。 MGCは真菌ゲノムによく見られ、MGCは植物の例外としてのみ発生…

植物遺伝子のファミリー分類とエンリッチメント解析を行うwebサービス GenFam

ハイスループットシーケンシング(HTS)技術を用いたゲノムスケールの研究では、様々な実験条件で発現が異なる遺伝子のリストが作成されている。これらの遺伝子リストは、下流の機能的遺伝学的解析を導くために、生物学的に関連する遺伝子と関連する機能を絞…

公開されている真核生物アセンブリを分析する BlobToolKit

2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…

トランスポゾンを分類する TEsorter

Transposable elements(TE)は真核生物ゲノムの重要な部分を構成するが、それらの分類、特にクレードレベルでの分類は依然として困難である。 この目的のために、TEの保存されたタンパク質ドメインに基づいたTEsorterを提案する。 TEsorterはTE、特にLTRレ…

植物のRNA seqデータからvirus配列を検出する Kodoja

ウイルス感染は、食物と燃料のために栽培される作物で特に重要な問題である。ウイルスは収量と品質の大きな損失を引き起こし、その結果、ウイルスは重要な経済的悪影響を及ぼす[ref.1]。英国では、ポテトウイルスYは年間3,000〜4,000万ポンドのジャガイモの…

植物の生合成遺伝子クラスターを予測するwebサービス plantiSMASH

バクテリア、菌類、植物は、それぞれが関与する多様な生物間相互作用において、地球全体で独自の特定の生態学的役割を持つ特殊な代謝産物の非常に多様性を生み出している。この多様な特殊な代謝は、医薬品、農業、製造業で広く使用されている天然物の豊富な…

(植物など)ゲノムアセンブリとアノテーションのクオリティを分析するwebサーバー GenomeQC

2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…

マッピングベースでゲノムサイズを推定する MGSE

現在では植物のほぼすべての部分を測定することが可能になってきているがが、植物ゲノムのサイズを評価することは依然として困難である。染色体サイズは顕微鏡下で測定することができるが[ref.1]、単一細胞内の全DNA分子の合計の長さはまだ不明である。シロ…

Long terminal repeats retrotransposonsをゲノム配列からde novoで発見する LtrDetector

以前は「ジャンクDNA」と考えられていたゲノムの遺伝子間領域の配列は、生物学者の間でますます注目を集めている。これらの領域の特に顕著な特徴は、一種のリピート配列である転移因子(TE)の普及率である。 TEには、RNAを使用して複製して自分自身を「コピ…

ホモログ及びオルソログタンパク質を検索するwebデータベース orthoFind

相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される[ref.1−3]。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…

SRAのRNA seqデータを素早く比較・分析する Digital expression explorer 2(手持ちのデータにも対応)

10年前の最初の記述以来、RNAシーケンス(RNA-seq)はトランスクリプトームにおける強力な方法となり、非常に正確な遺伝子発現の定量を可能にした[ref.1]。シークエンシングのコストが下がるにつれて、RNA seqのデータは科学文献でより一般的になりつつある…

種の形質をコレクションするデータベース Traitpedia

種はそれらの遺伝子型および表現型によって一義的に定義することができる。この遺伝子型および表現型は非常に密接に絡み合っており、追加の環境コンポーネントがこの関係の広い理解を複雑にしている。表現型、または形質は、生物の遺伝情報にある程度依存し…

植物ゲノムアノテーションwebサービス MEGANTE

ハイスループットシーケンシング技術の出現により、植物ゲノムシーケンシングは加速し、そしてデータは作物改良のために利用されてきている(Bevan and Uauy 2013)。大量の植物ゲノム配列の蓄積は、比較ゲノミクスデータベースの構築(Mihara et al、2010、…

Nanoporeのシーケンシングリードをマッピングして分析できるwebサーバー nanopipe

近年、技術が絶えず改良され科学者や開業医を含む広範囲の顧客にとって利用しやすいためにDNAシーケンシングブームが起きている。メタゲノミクスから植物生理学、医学まで、多くの分野の研究者が、彼らの研究にシーケンシング実験を実施してきた。 Oxford Na…

ゲノムを比較してstructural rearrangementsを検出する SyRI

2019 12/17 論文引用追加 同じ種の半数体ゲノムは、典型的にはそれらのゲノム構造において高い類似性を示す広範囲のco-linear(シンテニー)領域を含む。しかし、これらのシンテニー領域は異なるハプロタイプにおける異なる方向および/または位置によって特…

ラージゲノムにも対応した高速に動作するリファレンスガイドアセンブリツール RaGOO

2019 2/12スライド追加 2019 10/29 インストール方法修正、論文引用とtwitter追記 2019 10/30 コマンド微修正 2019 11/5 コマンド記載ミス修正 2019 3/24 コマンド記載ミス修正 Oxford Nanopore TechnologiesとPacific Biosciencesによって商品化されたロン…

KrakenUniq

2019 1/17 エラー修正 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk(k-mers)の短いワードの正確な一…

植物RNA seqシーケンシングデータからvirusリードを検出する kodoja

Kodojaはk-merプロファイリングを使用してRNA-seqまたはsRNA-seのfastq/fasta生データからウイルス配列を特定するツール。 k-merを用いた系統分類ツールKrakenとおよびタンパク質レベルでの配列マッチングのKaijuを組み合わせている(Burrows-Wheeler変換し…

ハイスループットDNAライブラリ作成に適したDNA抽出プロトコル

最近、次世代シーケンシング(NGS)を用いた、シーケンスによるジェノタイピング(GBS)などのハイスループット分子マーカー技術が開発された。これらの方法論は、ゲノムリソースに関係なく、ほとんどすべての種において、費用対効果の高い方法で迅速に数千…

低コスト且つ短時間で行える高分子量gDNA抽出プロトコル

2019 1/7 タイトル修正 複雑なゲノムの新規シーケンシングは、高品質のリファレンス配列を求める研究者にとっての主要な課題の1つである。 多くのde novoアセンブリはショートリードに基づいており、断片化されたゲノム配列を生成する。 リード長が10 kbを超…

NCBI FTPサーバからゲノム配列をダウンロードする ncbi-genome-download

2019 11/8 コマンドのミス修正("Escherichia coli" => "Escherichia") 2019 12/19 関連ツールリンク追加 タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 ncbi-genome-downloadに関するツイート インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依…

複数のアセンブラとk-merを使ったTranscriptome 自動アセンブリワークフロー Oyster River Protocol

2018 11/2 コマンド追記 & 誤字修正 2018 11/7 誤字修正 2019 4/6 docker追記 2019 6/17 追記、誤字修正 2019 6/21追記 2019 7/5 Step by step instructions link追記 現代のシーケンシング技術は細胞内の代謝過程から人口変動パターンまで、非常に幅広い自…

レビュージャーナル要約 植物ゲノムのアセンブリガイド

シーケンシング技術の急速な進歩と急激なコストのために、非モデル植物からの全ゲノムのアセンブリは、すぐにplant systematistsとevolutionary biologistsにとって日常的になるだろう。ここでは、ゲノムプロジェクトにアプローチする方法についての実践的な…

既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH

2019 6/17 インストール追記 2020 5/15 help追加 2020 7/9 ローカルでの実行例記載 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物(Natural products)は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分子でもある。さらに、分子…