macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

phylogenetic tree viewer

インタラクティブなオンラインの系統樹ツール Interactive Tree Of Life (iTOL) v4

2020 7/2 誤字修正 系統樹は、生物学やその他の科学分野において重要なツールであり、様々なデータタイプのコンテキスト化としても機能している。このことは、このような系統樹を作成するためのツールが頻繁に使われていることからもわかる(MEGA, (ref.2))。…

ノンスペシャリストのための堅牢なphylogenetic analysis webサービス Phylogeny.fr

系統解析は、生物学の多くの研究分野の中心であり、通常、相同な配列の同定、それらのマルチプルアライメント、系統樹再構築、および推定されたツリーのグラフィカルな表現を伴う。 Phylogeny.frプラットフォームは、これらのタスクを自動的に実行するプログ…

ノンスペシャリストのための系統解析webサービス NGPhylogeny.fr

系統樹の推論と解釈は、広範囲の生物学的領域(比較ゲノミクス、機能予測、メタゲノミクス、種同定、分類学、分子疫学、集団遺伝学など)を対象とする多数の研究で必要となる。Phylogeny.fr(ref.1)はもともと、次の手順に基づいてワークフローを実装するこ…

webで動作する高速で軽量な分子系統樹可視化ツール IcyTree

系統樹の可視化は、計算系統学(computational phylogenetics)の極めて重要な側面である。確かに、よく知られているテキスト「Inferring Phylogenies」(Felsenstein、2003)(amazon) は、このトピックに全章を割いている。従って、系統樹可視化ソフトウェ…

web上でマルチプルアライメントを実行し分子系統樹を出力する MAFFT online service

2019 10/30 引用追加 Multiple sequence alignment (MSA)は、biological sequencesの比較分析において重要なステップである。著者らは、MAFFT [論文より ref.1、2]を使用してウェブ上のMSAを計算するためのオンラインサービスを提供する。 MAFFTには、何千…