macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

metagenome

ディープラーニングを用いた微生物ゲノムのビンニングツール Vamb

メタゲノミクスワイドゲノム配列データからの微生物種の同定と再構築は、重要かつ挑戦的な課題である。現在の既存のアプローチは、複数のサンプルにわたる遺伝子またはコンティグの共分散情報と、配列中のk-mer組成情報に依存している。ここでは、最近のディ…

メタゲノムのキュレーションされたメタデータ公開リポジトリ TerrestrialMetagenomeDB

微生物群集の遺伝的可能性に着目したマイクロバイオーム研究(メタゲノム研究)は、微生物生態学の分野では標準的なものとなった。MG-RASTとSequence Read Archive (SRA)という2つの主要なメタゲノムリポジトリには、202,858以上の公開メタゲノムがあり、そ…

MetaRon

細菌の遺伝子は環境刺激に反応して効率的に制御され、オペロンとして知られるユニークな遺伝子クラスターを形成している。このように、オペロンの参照情報や機能情報が不足しているため、オペロンの予測は困難である。 本研究では、MetaRon(Metagenome and w…

メタゲノムの組成を解析する CAMAMED

メタゲノミクスは、分子ゲノミクス、微生物生態学、データ解析が交差する学際的な研究分野である。この分野の主な研究対象は、ある環境に存在する微生物のゲノム総量を指すメタゲノムである。メタゲノミクスは、ハイスループットゲノムシークエンシング技術…

GraphBin2

メタゲノムシークエンシングは、微生物群集の構造、多様性、生態を純粋な培養物を得ることなく研究することを可能にする。多くのメタゲノム研究では、メタゲノムシークエンシングから得られたリードは、最初に長いコンティグにアセンブリされ、これらのコン…

ハイブリッドアセンブリとビニング及び下流解析を行う自動化されたパイプライン MUFFIN

2021 2/5,2/6 出力例追記 2021 2/11 論文引用 メタゲノミクスは微生物学の多くの分野を再定義した。しかし、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)は、主にショートリードでシーケンスが行われた場合、断片化されていることが多い。最近のロングリードシーケン…

メタゲノムの生合成遺伝子クラスター予測と多様性評価を行う BiG-MEx

微生物は、特殊な代謝経路の酵素をコードする物理的にクラスタ化された遺伝子である生合成遺伝子クラスター(BGC)を発現することにより、膨大な種類の天然物を生産している。これらの天然物は、工業的・医学的利用価値の高い幅広いケミカルクラス(アミノグ…

原核生物のゲノムアセンブリでキメラや汚染を調べる GUNC

2021 1/18 解析例追加 ゲノムは原核生物の系統の遺伝的青写真であり、現在進行中の微生物世界のセンサスの中心にある微生物学の基本単位であり、微生物の生態と進化の研究に不可欠なものである。1995年に細菌の完全なゲノムが初めて公開されてから25年が経ち…

メタゲノムの機能的アノテーションを行う自動化されたパイプライン MetaLAFFA

2021 2/8 mambaインストール追記 微生物群集の機能的能力の解析は、マイクロバイオームに基づく研究の重要な要素となっており、腸内マイクロバイオームとうつ病[ref.22]、自閉症[ref.18]、2型糖尿病[ref.16]などの宿主の状態との間の関連性についての新たな…

大規模な微生物ゲノムの系統推定を行う PhyloPhlAn 3.0(メタゲノムアセンブリにも対応)

2020 12/17 誤字修正 2021 1/25 help追記, linkミス修正 単離物やメタゲノムアセンブリ、シングルセルのゲノム配列解読はますます加速しており、これらはすべて公的資源によって利用可能になってきている。これにより、人体や地球に影響を及ぼす微生物の多様…

plasmidVerify

プラスミドは細菌の生存と適応に重要であるが、ゲノムはもちろん、メタゲノムサンプルからのプラスミド検出とアセンブリは依然として困難である。最近開発されたplasmidSPAdesアセンブラは、単離ゲノムの場合にはこれらの課題のいくつかに対処したが、まだ発…

メタゲノムのシーケンシングリードからアセンブリしてCRISPRsを探す Crass

Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) は、バクテリオファージ(ファージ)から細胞を保護する細菌および古細菌の適応免疫システムを構成する。 CRISPR遺伝子座の分析により、ファージ感染の履歴が明らかになり、ファージと…

トランスポーターのデータベース TCDB

膜輸送体は、細胞の分子組成やエネルギー状態を決定するチャネル、キャリア、ポンプ、group translocators、電子輸送体などの複雑なネットワークを形成する多様なタンパク質のグループを構成している(ref.1)。これらのタンパク質は、細胞内の全タンパク質の…

ドラフトゲノムからplasmidを検出する RFPlasmid

細菌の抗生物質耐性(AMR)遺伝子は、多くの場合プラスミド上に保持されており、これらのプラスミドは細菌間でAMR遺伝子を移行させることができる。分子疫学やリスク評価のためには、遺伝子が転写性の高いプラスミド上にあるのか、より安定した染色体上にあ…

Metalign

サンプル中の微生物の存在と相対的な存在量を予測するメタゲノムプロファイリングは、マイクロバイオーム解析の重要な第一歩である。アラインメントベースのアプローチは、多くの場合、正確ではあるが計算が困難であると考えられている。ここでは、効率的か…

メタゲノムのビニングされた真核生物由来コンティグの品質を調べる EukCC

微生物のDNAは日常的に抽出され、配列決定され、ゲノムにアセンブリされている。回収されたゲノムの品質を推定することは、不完全なゲノムや汚染されたゲノムが公表されるのを防ぐために非常に重要である。シングルコピーマーカー遺伝子(SCMG)は、新たにア…

Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR

2020 9/6 追記 次世代シーケンシング(NGS)テクノロジーの急速な進歩により、ゲノムデータは近年大幅に成長している[ref.1、2]。一般的なアプリケーションには、de novoゲノムシーケンス;ゲノム変異、転写因子結合部位、クロマチン修飾、クロマチンアクセシ…

注釈付きで検索可能な微生物のインベントリ The Microbe Directory

次世代シークエンシング技術の出現により、ここ10年で、ヒトのマイクロバイオームから環境(水や土壌)、都市の表面に至るまで、メタゲノムやマイクロバイオーム研究が急増している。これらの研究はすべて、発見された配列をサンプルに見られる分類学的プロ…

リファレンスフリーでメタゲノムロングリードのビニングを行う MetaBCC-LR

メタゲノミクスは、微生物の遺伝物質を自然環境から直接研究するものである(Chen and Pachter, 2005)。次世代シーケンシング(NGS)技術により、ヒトマイクロバイオームプロジェクト(The Human Microbiome Project Consortium, 2012)のような大規模な研…

メタゲノム由来コンティグから真核生物のタンパク質配列を予測する MetaEuk

2020 7/26 更新完了 メタゲノミクスは、微生物とその生物学的、生物医学的、地球化学的プロセスへの関与の研究に革命をもたらしており、事前の培養を必要とせずに、膨大な数の生物を直接シーケンスして調査することが可能になっている。単細胞真核生物は、主…

anvi'oのパンゲノム解析でヒートマップを追加する

Prochlorococcus Metapangenome - Anvi'o Server anvi'oは様々な解析方法や表現方法をサポートするマルチオミクス解析パッケージである。その機能の1つに、パンゲノムやメタゲノム(binned.fasta)のgenomic ANIを総当たりで計算し、 anvi'oマップにヒートマ…

TAMA

微生物は様々な環境の中で重要な役割を果たしている。微生物の組成を特定し、その存在量を推定することで、環境試料中の微生物の相互作用を理解することができる。微生物の環境をより深く理解するために、微生物ゲノムのメタゲノムアセンブリを用いて、環境…

メタゲノムのビニング後の解析を行う自動化されたパイプライン MetaSanity

2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系(例:海洋、構築、宿主関連など)を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノムの分析のため、高度に再…

メタゲノムデータからウィルスゲノムをアセンブルする metaviralSPAdes

2020 5/25 タイトル修正 2020 11/11 dockerリンク追加 現在知られているウイルスのセットは着実に拡大しているが、これまでのところ、地球上のウイルスのごく一部しかシークエンシングされていない。ショットガンメタゲノムシークエンシングは、新しいウイル…

アセンブリグラフからメタゲノムのビニングを行う GraphBin

メタゲノミクスの分野では、微生物群集の構造、多様性、生態についての貴重な知見が得られている。メタゲノム解析の重要なステップの1つは、長いコンティグにリードをアセンブリし、メタゲノムサンプル中に存在する異なる種に属するコンティグのグループにビ…

メタゲノムアセンブリのウイルスゲノム品質を評価する CheckV

2020 5/9 誤字修正 2020 12/22 論文追加 ここ数年の間に、メタゲノミクスにより何百万もの新しいウイルス配列のアセンブルが可能になり、地球上のウイルスの多様性に関する知識が大幅に拡大した。しかし、これらの配列は小さな断片から完全なゲノムまで様々…

DEICODE

β多様性とは、生物群集間の分類学的または系統的構成の違いを表す生態学的な概念である。β多様性法は、多くのマイクロバイオーム統計解析パイプラインの主要なコンポーネントとなっている。これらの分析により、複雑な微生物群集の概要を把握し、微生物群集…

メタゲノムの機能プロファイリングを行う HUMAnN2

2020 4/19 流れを修正 2020 4/21 biom出力とh5pyインストール追記 2020 ステップ2のコマンド修正 微生物群集の機能プロファイルは、通常、包括的なメタゲノムやメタトランスクリプトーム配列の検索を用いて作成されるが、これらの検索は時間がかかり、偽の…

ビニングツール MetaBMF

メタゲノミクスは、ヒトの消化管などの生態系における微生物ゲノムを研究する。次世代シーケンシング技術を用いてシーケンスされた、異なる微生物種間の新規微生物種の同定およびそれらの分布変動の定量化は、ほとんどのメタゲノム研究の成功への鍵を握って…

anvi'oを使ってメタゲノム解析を行う

2020 4/22 追記 2020 5/20 コード修正 ハイスループットシーケンシングとオミックス技術の進歩は、自然界に存在する微生物群集の研究に革命をもたらしている。微生物のライフスタイルを包括的に調査するためには、遺伝情報を対話的に整理して可視化し、複雑…