macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

metagenome

高感度で高速なプロテイン検索を行う MMseqs2

DNAシーケンシングのスループットは、過去10年間で計算速度よりもはるかに速くなってきており、感度の高いシーケンス検索は、ラージメタゲノムデータセットの分析における主要なボトルネックになっている。それゆえ、著者らは、速度と感度のトレードオフの全…

Kostabl labのANIやAAIを計算するwebツール (enveomicsコレクションの一部)

ゲノムおよびメタゲノム解析は、生物学的研究のいくつかの分野でますます一般的になってきているが、頻繁に繰り返される特殊な分析は、論文のpublish後にはほとんど利用できないin-houseスクリプトとして報告されている。著者らは、微生物ゲノミクスおよびメ…

MetaMeta

現在、環境サンプルをcharacterizeすることを目指して、ますます多くのメタゲノム分析ツールが利用可能になっている[論文より ref.1,2,3,4]。Whole metagenome shotgun (WMS)シーケンシングテクニックから生成される大量のデータにより動機づけられたメタ…

メタゲノムから16Sなどのターゲットアセンブリを行う MATAM

Preprintより ショットガンのメタゲノムシーケンシングは、未知の微生物の多様性が未知のまま残っている、ヒトの微生物から土壌や海洋のサンプルまで、さまざまな用途で、未培養の微生物サンプルを研究する未曾有の機会を提供する。 メタゲノム研究の主な目…

phylogenetic marker genesを検出し、marker genes全てを使って系統樹を作成する自動化パイプライン ezTree

メタゲノミクスおよびシングルセルゲノミクスは、様々な環境からの新規生物の発見および調査のための有望な方法として確立されている。 "microbial dark matter"という用語は、培養できない、微生物コミュニティからシーケンシングすることのみで研究される…

MetaBAT

ハイスループットのメタゲノムショットガンシークエンシングは、環境から採取された微生物群集を直接研究するための強力なツールであり、それによって培養から解放され、また培養から生じる可能性のあるバイアスを回避する。ショートメタゲノムショットガン…

メタゲノムのカバレッジやGCを可視化する簡単なwebツール gbtlite

gbtliteは、kbseahさんが作ったメタゲノムのカバレッジやGCのplotを描画してグラフ出力できるwebツール 。 I’ve written up a simple browser-based visualization for rendering coverage-GC% plots, called gbtlite. https://kbseah.wordpress.com/2016/12…

バクテリアのシーケンシングデータ分析ツール GenomePeek

シーケンシングコストが低下するにつれて、バクテリアゲノムの配列が増加している。現在、NCBI(Benson et al、2009; Sayers et al、2009)、SEEDデータベース(Overbeek、Disz&Stevens、2004)には約15,000種類の原核生物ゲノムがあり、約75,000種類のアセ…

メタゲノムを分類する MetaProb

Metagenomicsは、環境から直接得られたゲノム配列の研究である。微生物群集の分類学的多様性を特徴づけることは、メタゲノム研究の第一の目的の一つであり、過去10年間でますます普及している分野となっている(Mande et al、2012)。例えば、ヒトにおける微…

メタゲノムを分類する metacache

メタゲノム研究の例として、ヒト腸のシーケンシング解析(Korpela et al、2016)、ヒトの皮膚(Bzhalava et al、2014)、水生生態系(Bork et al、2015)、食物(Ripp et al、2014 )、土壌(Fierer et al、2012)および空中の微生物(Barberánet al、2015)…

メタゲノムのシミュレーター InSilicoSeq

ますます多くのバイオインフォマティクスツールがリリースされており、特定の実験に最適なツールや最適なツールを知ることは困難になっている。ゲノミクスとメタゲノミクスのデータのシミュレーションは、実験の計画と新しい方法の開発の両方において重要な…

メタゲノムから抗生物質耐性情報を検出する NastyBugs

病原性細菌の薬剤耐性(Antimicrobial resistance: AMR)は、世界中の公衆衛生上の脅威となっている。最も重要なのは、近年数が増えている多剤耐性(MDR)菌である(論文より ref.1)。これらの病原体の周知の例には、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)…

メタゲノムデータの平均ゲノムサイズや総カバレッジを推定する MicrobeCensus

ショットガンメタゲノミクスは、人体や環境の微生物群集の機能的構成を特徴づけるためにますます使用されてきている[論文より ref.1-4]。これらの研究の共通の目標は、遺伝子ファミリー存在量を定量化し、環境、宿主の表現型、または実験条件の間で豊富さが…

既知Eukaryotic Virusesのアセンブリツール drVM

ウイルスは地球上で最も豊富な生物学的実体であり、動物、植物、細菌、真菌類を含むあらゆる細胞型の生活の中で発見されている。 4500種以上のウイルス種が発見されてきている(論文執筆時点)。それらの配列情報は研究者によって収集されている[論文より re…

メタゲノムのリアルタイム分類ツール LiveKraken

ゲノムシーケンシングデータのリアルタイム解析は、シーケンサがまだ稼動している間にデータを分析できるため、過去数年にわたって特に注目を集めている。しかし、Minionシーケンサーをベースにしたライブ解析アプローチの可能性は、これらのデバイスのスル…

メタゲノムのgene-targeted assembler: MegaGTA

次世代シーケンシングは、近年のメタゲノミクスの研究を大きく促進してきた。これらの研究は、しばしば何百万から数十億のリードをde novoでアセンブリし、コンティグにして遺伝子アノテーションすることを含む。これは、メタゲノムのアセンブリ効率を大幅に…

高速なメタゲノムのアセンブリツール MEGAHIT

次世代シーケンシング技術は、メタゲノミクスを研究し、ヒトの腸、動物の第一胃および土壌などの様々な微生物群を理解する新しい機会を提供してきた。リファレンスゲノムの欠如のため、メタゲノミクスデータのde novo assemblyは、メタゲノミクス分析のため…

メタゲノムデータをサブサンプリングして繰り返し アセンブリする Spherical

過去10年間、研究者らは、ハイスループットシーケンシングを利用して、世界中の多様な環境からの微生物群集の構造と機能を調べてきた[論文より ref.1、2、3]。これらの研究は、微生物の働きについてユニークで斬新な洞察を提供してきたが、入手可能なツール…

メタゲノムを分類し、結果を可視化する Taxonomer

微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…

メタゲノム分析ツール Pavian

メタゲノミクスシーケンスは、感染症における病原体の検出に革命を起こす可能性を秘めている。現在、ほとんどの感染症の診断は、時間がかかり労働集約的な伝統的な文化に基づく方法で行われ、オフターゲット病原体を逃す可能性がある。いくつかの最近の研究…

メタゲノムのtaxonomy プロファイリングを行う Centrifuge

アーキアやバクテリアなどの微生物は、土壌や海洋から温泉や深海に至るまで、事実上あらゆる場所で発見されている(Keller and Zengler 2004)。これらの微生物はまた、皮膚や腸管のような人体のさまざまなニッチを含む生きた生き物の上や中にも豊富に存在す…

メタゲノム分析サーバ CoMet

Metagenomicsは、人間の腸[論文より ref.1,2]、土壌[ref.3]および海水表面[ref.4]を含む様々な環境における微生物の動態の培養に依存しない研究を可能にした。メタボノミクスは、直接サンプリングと微生物の遺伝物質のハイスループットショットガンシーケン…

メタゲノムのリファレンスガイドアセンブリを行う MetaCompass

微生物は地球の生態系のほぼすべてにおいて重要な役割を果たしており、人間の健康[preprintより ref.1]、植物や動物全てに影響を及ぼす(一部略)。近年、メタゲノム研究は、 安価なハイスループットシーケンシング技術により急速に発展しており、たとえば、…

タンパク質を使って高感度にメタゲノムのtaxonomy profilingを行う kaiju

ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNAを直接得ることができる。この「メタゲノミック」アプローチは、細菌や古細菌の共同体の生物多様性、遺伝子含量、代謝プロセスの特徴を明らかにす…

k-tuplesに基づきビニング結果を改善する d2SBin

メタゲノミクスシーケンシングは、微生物群集の深い洞察を提供する[論文より ref.1]。メタゲノミクスデータ内の分類学的構造を調べるための重要なステップは、アセンブリされたコンティグをビン(bins)と呼ばれる別個のクラスターに割り当てることである[re…

クラスタを自動で決めてビニングする BinSanity

微生物の生態学に関する研究は、微生物の単離と培養が困難であることによるボトルネックを経験することが普通である(論文より Staley&Konopka、1985)。実験室環境でほとんどの生物を培養することの困難さのために、代替方法を使ってコミュニティ構造およ…

メタゲノムアセンブリ結果を可視化してマニュアルビニングを助ける gbtools

ほとんどの環境微生物が難培養性であることを考えると、microbial ecologyの分野では、metagenomicsは全コミュニティの機能を調べる手段に由来していた(論文より Handelsman、2004; Kunin et al、2008; Teeling and Glockner、2012)。研究者は、微生物群全…

GCによって仕分けメタゲノムアセンブリを改善する GCSplit

メタゲノミクスは、土壌、海、さらには人体のような様々な環境でコミュニティとして共生するバクテリアの集合したDNAを決定することにある[論文より ref.1-3]。ある意味では、メタゲノミクスの分野は、科学者が特定のコミュニティに存在するすべての生物を調…

小メモリで高速にメタゲノムのtaxonomy profilingを行う metaOthello

Metagenomicsとは、興味ある環境から得られたゲノム研究であり、例えばヒトの体内(Huttenhower and Human Microbiome Project Consortium、2012)、海水(Venter et al。、2004)、酸性雨排水(Tyson et al 、2004)などが例として挙げられる。メタゲノミク…

メタゲノムのtaxonomyアノテーションを行い定量する MGmapper

迅速で効率的なDNAシーケンシング技術の進歩により、堆積物[論文より ref.1] [ref.2]、水[ref.3]、氷[ref.4]、ヒトなど様々な環境から微生物群集を研究することが可能になった[ ref.6]。既知のDNA配列決定プラットフォームの中で、イルミナHiSeqおよびMiSeq…