macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

metagenome

Metalign

サンプル中の微生物の存在と相対的な存在量を予測するメタゲノムプロファイリングは、マイクロバイオーム解析の重要な第一歩である。アラインメントベースのアプローチは、多くの場合、正確ではあるが計算が困難であると考えられている。ここでは、効率的か…

メタゲノムのビニングされた真核生物由来コンティグの品質を調べる EukCC

微生物のDNAは日常的に抽出され、配列決定され、ゲノムにアセンブリされている。回収されたゲノムの品質を推定することは、不完全なゲノムや汚染されたゲノムが公表されるのを防ぐために非常に重要である。シングルコピーマーカー遺伝子(SCMG)は、新たにア…

Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR

2020 9/6 追記 次世代シーケンシング(NGS)テクノロジーの急速な進歩により、ゲノムデータは近年大幅に成長している[ref.1、2]。一般的なアプリケーションには、de novoゲノムシーケンス;ゲノム変異、転写因子結合部位、クロマチン修飾、クロマチンアクセシ…

注釈付きで検索可能な微生物のインベントリ The Microbe Directory

次世代シークエンシング技術の出現により、ここ10年で、ヒトのマイクロバイオームから環境(水や土壌)、都市の表面に至るまで、メタゲノムやマイクロバイオーム研究が急増している。これらの研究はすべて、発見された配列をサンプルに見られる分類学的プロ…

リファレンスフリーでメタゲノムロングリードのビニングを行う MetaBCC-LR

メタゲノミクスは、微生物の遺伝物質を自然環境から直接研究するものである(Chen and Pachter, 2005)。次世代シーケンシング(NGS)技術により、ヒトマイクロバイオームプロジェクト(The Human Microbiome Project Consortium, 2012)のような大規模な研…

メタゲノム由来コンティグから真核生物のタンパク質配列を予測する MetaEuk

2020 7/26 更新完了 メタゲノミクスは、微生物とその生物学的、生物医学的、地球化学的プロセスへの関与の研究に革命をもたらしており、事前の培養を必要とせずに、膨大な数の生物を直接シーケンスして調査することが可能になっている。単細胞真核生物は、主…

anvi'oのパンゲノム解析でヒートマップを追加する

Prochlorococcus Metapangenome - Anvi'o Server anvi'oは様々な解析方法や表現方法をサポートするマルチオミクス解析パッケージである。その機能の1つに、パンゲノムやメタゲノム(binned.fasta)のgenomic ANIを総当たりで計算し、 anvi'oマップにヒートマ…

TAMA

微生物は様々な環境の中で重要な役割を果たしている。微生物の組成を特定し、その存在量を推定することで、環境試料中の微生物の相互作用を理解することができる。微生物の環境をより深く理解するために、微生物ゲノムのメタゲノムアセンブリを用いて、環境…

メタゲノムのビニング後の解析を行う自動化されたパイプライン MetaSanity

2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系(例:海洋、構築、宿主関連など)を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノムの分析のため、高度に再…

メタゲノムデータからウィルスゲノムをアセンブルする metaviralSPAdes

2020 5/25 タイトル修正 現在知られているウイルスのセットは着実に拡大しているが、これまでのところ、地球上のウイルスのごく一部しかシークエンシングされていない。ショットガンメタゲノムシークエンシングは、新しいウイルスを明らかにする機会を提供す…

アセンブリグラフからメタゲノムのビニングを行う GraphBin

メタゲノミクスの分野では、微生物群集の構造、多様性、生態についての貴重な知見が得られている。メタゲノム解析の重要なステップの1つは、長いコンティグにリードをアセンブリし、メタゲノムサンプル中に存在する異なる種に属するコンティグのグループにビ…

メタゲノムアセンブリのウイルスゲノム品質を評価する CheckV

2020 5/9 誤字修正 ここ数年の間に、メタゲノミクスにより何百万もの新しいウイルス配列のアセンブルが可能になり、地球上のウイルスの多様性に関する知識が大幅に拡大した。しかし、これらの配列は小さな断片から完全なゲノムまで様々であり、その品質を推…

DEICODE

β多様性とは、生物群集間の分類学的または系統的構成の違いを表す生態学的な概念である。β多様性法は、多くのマイクロバイオーム統計解析パイプラインの主要なコンポーネントとなっている。これらの分析により、複雑な微生物群集の概要を把握し、微生物群集…

メタゲノムの機能プロファイリングを行う HUMAnN2

2020 4/19 流れを修正 2020 4/21 biom出力とh5pyインストール追記 2020 ステップ2のコマンド修正 微生物群集の機能プロファイルは、通常、包括的なメタゲノムやメタトランスクリプトーム配列の検索を用いて作成されるが、これらの検索は時間がかかり、偽の…

ビニングツール MetaBMF

メタゲノミクスは、ヒトの消化管などの生態系における微生物ゲノムを研究する。次世代シーケンシング技術を用いてシーケンスされた、異なる微生物種間の新規微生物種の同定およびそれらの分布変動の定量化は、ほとんどのメタゲノム研究の成功への鍵を握って…

anvi'oを使ってメタゲノム解析を行う

2020 4/22 追記 2020 5/20 コード修正 ハイスループットシーケンシングとオミックス技術の進歩は、自然界に存在する微生物群集の研究に革命をもたらしている。微生物のライフスタイルを包括的に調査するためには、遺伝情報を対話的に整理して可視化し、複雑…

SRAなどのシーケンシングデータを一括ダウンロードする grabseqs

2020 4/1 タイトル修正、誤字修正 ハイスループットシーケンシングは、生物学的な疑問を解決するための強力な技術である。Grabseqsは、Sequence Read Archive(SRA)、Metagenomics Rapid Annotation through Subsystems Technology(MG-RAST)サーバー、iMi…

単一のメタゲノムアセンブリゲノム(MAGs)とシーケンシングデータからバクテリアの増殖率を推定する iRep

培養に依存しない微生物群集の研究により、微生物群集の複雑さと代謝の可能性に対する理解が深まった。ただし、コミュニティへの個々のマイクロバイオームメンバーの貢献を理解するには、どの細菌が活発に複製しているかを判断することが重要になる。ドラフ…

(metagenomeのbinned.faから)鉄関連の遺伝子を探す FeGenie

鉄は地球上のほぼすべての生命にとっての微量栄養素である。鉄は、鉄酸化および鉄還元微生物による電子供与体および電子受容体として使用でき、光合成および呼吸を含むさまざまな生物学的プロセスで使用される。鉄は地球の地殻で4番目に豊富な金属だが、鉄は…

(メタゲノムの)アセンブリグラフから環状plasmid配列を出力する SCAPP

メタゲノムシーケンスは、多くの新しい細菌ゲノムシーケンスの識別とアセンブリをもたらした。 これらのバクテリアはしばしばプラスミドを含んでおり、それはあまり研究も理解もされていない。 これらのプラスミドの研究を支援するために、SCAPP(Sequence C…

バクテリア(パン/メタ)ゲノムのグラフを構築する ptolemy

比較ゲノム研究における長年の制限は、リファレンスゲノムへの依存である。これにより、生物集団全体で特定できる遺伝的多様性のスペクトルを妨げる。これは、ゲノムアーキテクチャが大幅に異なる可能性のある微生物の世界で特に当てはまる。したがって、リ…

最新のデータベースを使ってメタゲノムのリードのtaxonomic assignmentを行う ganon

リファレンスおよびtaxonomyに基づくショートリードの分類は、メタゲノムの基本的なタスクである。 シーケンス後に行うことができる環境サンプルからの各リードの起源の定義は、通常は量の推定、プロファイリング、およびアセンブリ前の最初のステップである…

機能アノテーション付けを行うwebサービス eggNOG-Mapper

2020 9/1 説明追記 重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定(Fitch 1970)は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派生したパラログ間より…

HMMを使用してメタゲノムの遺伝子を見つけるwebサービス MetaHMM

大規模な臨床および環境のメタゲノムデータセットの高速で手頃なシーケンスにより、医療およびバイオテクノロジーのアプリケーションにおける新しい視野が開かれている。今日、地球上の微生物の約1%しか記述できていないと考えられており、メタゲノム解析は…

メタゲノムアセンブリから真核生物由来配列を予測する EukRep

真核微生物は生態系機能の重要な貢献者である。微生物群集の中の真核生物を特定するために遺伝子調査またはDNA「バーコード」が頻繁に使用され、真核生物の多様性の幅が示されている(Pawlowski et al、2012)。ただし、これらのアプローチでは種を検出する…

メタゲノムのデータセットからコアオペロンを探索する POEM

オペロンはDNAの機能単位であり、その遺伝子はポリシストロン性mRNAとして共転写される。オペロンは、細菌に機能的複雑さをもたらす強力なメカニズムであり、したがって微生物の遺伝学、生理学、生化学、および進化から関心がある。全ゲノム中のオペロンを同…

包括的なメタゲノム解析パイプライン MAGO

微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra(MAGO)は、複数のマ…

CRISPRsをゲノムから探すMinCED

MinCEDは、完全なゲノムまたはメタゲノムからアセンブルされたコンティグなどの環境データセットで、Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) を見つけるプログラムである。 インストール 依存 Java Github #bioconda (link) c…

CheckMのplotコマンド

checkmのゲノムアセンブリ評価コマンドについて以前紹介した。 ここでは、タイトルの通りCheckMのplotコマンドについて簡単に紹介する。このコマンドはbinningして得た一連のbinned.fastaのディレクトリに対して実行でき、ラフに各binを評価することができる…

メタゲノムアセンブラの注意点

2019 11/25 誤字修正 メタゲノムのde novoアセンブラについて少し誤解している人がいたので、注意喚起を兼ねて簡単にまとめておく。 メタゲノムのデータセットは特定の環境の生物の混ぜ物のシーケンシングリードに由来しているため、よく似ているがわずかに…