macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

gene cluster

既知生合成遺伝子クラスターのデータベース MIBiG 2.0

植物、微生物、菌類は、多くの場合、1つまたはいくつかの種にユニークな多種多様な特殊な代謝物を生成する。文明の夜明けから、人間は薬用、経済的、またはレクリエーション目的でこの宝の山を利用している。過去10年以内に、ゲノムに基づいた特殊な代謝産物…

メタゲノムアセンブラの注意点

2019 11/25 誤字修正 メタゲノムのde novoアセンブラについて少し誤解している人がいたので、注意喚起を兼ねて簡単にまとめておく。 メタゲノムのデータセットは特定の環境の生物の混ぜ物のシーケンシングリードに由来しているため、よく似ているがわずかに…

publication品質の近傍遺伝子描画webサービス Gene Graphics

遺伝子近傍の検査は比較ゲノミクスの不可欠な部分だが、遺伝子クラスターのpublication品質のグラフィックスを作成するツールはない。 Gene Graphicsは、このようなビジュアルを作成するための簡単なWebアプリケーションである。サポートされている入力には…

ゲノム上でクラスターを形成する遺伝子群を探すwebサービス Cluster Locator

遺伝子は真核生物のゲノムに沿ってランダムには配置されていないことが十分に確立されている(Feuerborn and Cook、2015; Hurst et al、2004)。これまでに研究されたすべての真核生物で、遺伝子の位置と遺伝子発現、遺伝子機能または量的形質の間の多様な相…

植物の生合成遺伝子クラスターを予測するwebサービス plantiSMASH

バクテリア、菌類、植物は、それぞれが関与する多様な生物間相互作用において、地球全体で独自の特定の生態学的役割を持つ特殊な代謝産物の非常に多様性を生み出している。この多様な特殊な代謝は、医薬品、農業、製造業で広く使用されている天然物の豊富な…

eukaryotesの進化的に保存された遺伝子クラスターを検出する EvolClust

真核生物ゲノムの遺伝子のorderは、進化を通じてあまり保存されない傾向がある(DávilaLópezet al。、2010)。この傾向にもかかわらず、 遺伝子の特定のグループは、長い進化距離にわたってゲノム内に近接したままであり、これは、選択がそれらのゲノムの共…

複数ゲノムのマルチプルアライメントとシンテニーブロック検出を行う SibeliaZ

マルティプルゲノムアラインメントは、集められたゲノム配列の集まり内の全ての高品質のmultiple local alignmentsを同定する問題である。それはバイオインフォマティクスにおける根本的な問題であり、リアレンジメント分析、系統発生再構築、および進化過程…

スモールゲノムのシンテニーブロックを探して可視化する SiberiaとC-Sibelia

2019 6/9 bioconda インストール追記 同じ微生物種内の株を比較することは、病原性の原因となる遺伝子およびゲノム領域の同定、ならびに感染症の診断および治療に有効であることが証明されている。本稿では、Sibeliaという、反復de Bruijnグラフを使用して複…

バクテリア間で保存されたシンテシーブロックを探す CSBFinder

ゲノミクス(ゲノム学、ゲノム科学)における重要な問題は、遺伝子がゲノム内でどのように構成されているか、どのような情報がコードされているかである(Rogozin et al、2004)。遺伝子の順序に対する選択圧がない場合、リアレンジメントの繰り返しにより遺…

既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH

2019 6/17 インストール追記 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物(Natural products)は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分子でもある。さらに、分子生物学および細胞生物学の多くの側面を研究する化学プロ…

遺伝子クラスターを検出する ClusterScan

一般に ゲノムクラスターは同じゲノム位置に存在し、同じ経路に関与したり(Barona-Gómez et al、2004; Yu et al、2000)、同じ機能を持っていたり(Hourcade et al、1992)、共発現したり(Sémonand Duret、2006)、結合または細胞局在化(Jamieson et al、…