macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

gene cluster

バクテリア間で保存されたシンテシーブロックを探す CSBFinder

ゲノミクス(ゲノム学、ゲノム科学)における重要な問題は、遺伝子がゲノム内でどのように構成されているか、どのような情報がコードされているかである(Rogozin et al、2004)。遺伝子の順序に対する選択圧がない場合、リアレンジメントの繰り返しにより遺…

既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH

二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物(Natural products)は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分子でもある。さらに、分子生物学および細胞生物学の多くの側面を研究する化学プローブとして科学研究に重要な…

遺伝子クラスターを検出する ClusterScan

一般に ゲノムクラスターは同じゲノム位置に存在し、同じ経路に関与したり(Barona-Gómez et al、2004; Yu et al、2000)、同じ機能を持っていたり(Hourcade et al、1992)、共発現したり(Sémonand Duret、2006)、結合または細胞局在化(Jamieson et al、…