gene cluster
2020 7/23 論文追記 ゲノミクス（ゲノム学、ゲノム科学）における重要な問題は、遺伝子がゲノム内でどのように構成されているか、どのような情報がコードされているかである（Rogozin et al、2004）。遺伝子の順序に対する選択圧がない場合、リアレンジメン…
2019 6/17 インストール追記 2020 5/15 help追加 2020 7/9 ローカルでの実行例記載 2021 5/13 v6について追記 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物（Natural products）は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分…
一般に ゲノムクラスターは同じゲノム位置に存在し、同じ経路に関与したり（Barona-Gómez et al、2004; Yu et al、2000）、同じ機能を持っていたり（Hourcade et al、1992）、共発現したり（Sémonand Duret、2006）、結合または細胞局在化（Jamieson et al、…
ゲノムアイランド（GIs）は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される（wiki）。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ（論文より ref.1,2）内のバクテリアおよびアーキアの適応度…
Gecko3は複数ゲノムを比較して、保存された遺伝子クラスターを検出する方法論。ユーザーが指定した特定の遺伝子群について関連のある遺伝子や遺伝子クラスターを検索することができるSTRINGなどのデータベースと異なり、Gecko3は調べたい生物群の全遺伝子を…
