macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Pacbio

RNAseqのロングリードのアライメントの評価ツール RNAseqEval

ロングリードを使ったRNA seqはまだ情報が少ない。Evaluation of tools for long read RNA-seq splice-aware alignment.というタイトルのこの論文では、PacBioとONT Minionを使い、エラーの多いロングリードがアライナーの種類によってどう扱われれるのか、…

ロングリードのハイブリッドエラーコレクションツール CoLoRMap

CoLoRMapはショートリードを使ったロングリードのエラー補正ツール。エラー補正によってPacbioのノイジーなロングリードのマッチ率が5~10%上昇する(blasrでアライメントして、マッチした領域内でリファレンスと一致した塩基の割合)。精度は他のツールと同…

Pacbioのエラーコレクションツール LoRMA

LoRMAはPacbioなどのロングリードのエラーコレクションツール。ロングリードのエラーコレクションは、ショートリードを使ったハイブリッドなエラーコレクション法とロングリード自身を使ったエラーコレクション法が報告されている。LoRMAは後者に属する方法…

Pacbioのハイブリッドエラーコレクションツール LoRDEC

LoRDECはショートリードを使ってロングリードのエラー補正を行う方法論。ロングリード自信によるエラー補正は深いカバレッジを必要とするためコストが高くなるデメリットを持つ。 LoRDECは低コストで高い信頼性をもつショートリードを使い、Pacbioのロングリ…

Pacbioロングリードのシミュレーター

PBSIMはPacbioリードのシミュレーションを行うツールである。ユーザーの持っているPacbioデータをもとにリードの長さやクオリティをシミュレートすることもできるため、実際の解析に適用しやすい。 インストール GitHub - pfaucon/PBSIM-PacBio-Simulator: T…