macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

PLoS ONE

メタゲノムのコンタミ除去やメタゲノムのサンプル間比較を行って結果を視覚化する Recentrifuge

2019 4/21 タイトル追加 2019 4/21 オーサーのJose Manuel Martíさんのコメント追加 2019 4/23 タイトル修正 メタゲノミクスによる微生物群集の研究は、環境、臨床、食品、法医学の研究など、さまざまな生物学的分野でより一般的になってきている[ref.1-3]。…

シーケンシングデータからヒトの病原性細菌かどうかを判定するwebツール PathogenFinder

2019 2/21タイトル修正 2019 2/24 コメント追記 毎年1500万人を超える人が感染症の直接の原因で死亡している。その多くは細菌感染によるものである。毎年推定130万人が結核で死亡し、200万人が百日咳を発症しているが、下痢は250万人以上の死亡の原…

In vitro合成用にゲノムを分割する Genome Partitioner

40年以上前に制限エンドヌクレアーゼが発見されて初めて使用されて以来、DNAを単一および複数のコンストラクトに組み立てる能力が分子生物学を推進してきた[論文より ref.1]。過去10年間で、合成生物学の分野を形作り、ゲノム規模の生物学的オペレーティング…

seqkitに新しく追加されたコマンドを確認する

seqkitを以前ブログで紹介した時は0..6.0でしたが、1年半近く経ち、2018年12月20日現在ではバージョンが0.9.4まで上がっています。ありがたいことに、bug fixだけでなく、新しいコマンドが複数追加されています。v0.6.1以降に追加されたコマンドについてま…

インタラクティブなヒートマップを簡単に作成できるwebツール shinyheatmap

ヒートマップソフトウェアは、一般に、静的ヒートマップソフトウェア (static heatmap software) [論文より ref.1-9]とインタラクティブヒートマップソフトウェア (interactive heatmap software) [ref.10-20]の2つのカテゴリに分類することができる。静的ヒ…

Pan-genome解析をwebで実行できる PanWeb

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームは、DNAシーケンシングの大きな進歩をもたらした。これは主に、イールドの向上と精度の向上、およびコストの大幅な削減によるものである[論文より ref.1,2]。 NGS技術のために、オンラインゲノムデータベース(h…

イルミナのエラーコレクションツール QuorUM

QuorUMはMaSuRCAなどにも組み込まれているエラーコレクションパイプライン。 インストール Github https://github.com/gmarcais/Quorum brewで導入できる( macではエラーになったのでubuntu14.4にlinuxbrewで入れた)。 > quorum --help user$ quorum --help …

GCbiasを考慮したイルミナのシミュレーター ArtificialFastqGenerator

ArtificialFastqGeneratorはカバレッジGCバイアスを考慮可能なNGSリードのシミュレーター。イルミナのペアードエンドfastqに対応している。 比較表 Biostars https://www.biostars.org/p/124126/ ダウンロード javaの実行ファイルがダウンロードできる。 htt…

アセンブリのエラーやギャップ(NNN)を検出し、ポリッシュしたFASTAを出力するPilon

2018 8/31 タイトルと紹介文修正 2018 11/5 タイトル修正 2019 1/11 追記 2019 3/3ラストにnanopore long read追記 2019 4/12 ラストにpacbio long read追記 何百というバクテリアゲノムをシーケンスできる時代になったが、それに伴い大量のデータを効率よく…

マイクロサテライトをraw readsから直接探すpalfinder

palfinderはマイクロサテライトやsimple sequence repeats (SSRs)を探すツール。454やilluminaのNGSデータから直接マイクロサテライトを検出し、さらに内部でprimer3を動かし、その増幅プライマーを設計する機能を備える。 インストール 依存 primer3 primer…

コード領域のアミノ酸配列を考えてマルチプルアライメントを行うMUCSE

塩基配列からコード領域のアミノ酸配列を予測してマルチプルアライメントを行う場合、従来はギャップやミスを補正せず全ての配列をアミノ酸に変換してアライメントを行なっていた。しかしこのような一義的に変換する方法だと、シーケンスエラーや擬遺伝子のs…

多機能なNGSの管理ツール BBtools 其の1

2018 9/5 bbmerge-auto.sh修正 BBtoolsはアメリカのJGIが提供している多機能なNGS向けの解析ツール。2014年にオープンソース化されたらしい。論文は現在準備中とある。アライメントのBBmapや、オーバーラップがないペアリードをマージするBBMerge、エラーコ…

fastqの操作ツール illumina-utils

illumina-utilsはpythonで記述されたilluminaのシーケンスデータのユーティリティツール。オーバーラップしたペアリードのmergeやクオリティフィルタリングを行うことができる。 インストール Github sudo pip install illumina-utils 実行方法 raw fastqのd…

ユーザー定義の変異を再現可能なfastqのシミュレーター NEAT-genReads

2017 8/29追記 2019 4/16 誤字修正 ゲノム解析の検証方法やベンチマーク方法の障害は、サンプルゲノムの突然変異の状況についての「根拠のある真実」がわかっていて完全に検証されている参照データセットがほとんどないことである。さらに、本物のヒトゲノム…

fastq / fastaの操作ツール seqkit

2019 4/15 Githubリンク追加 2016年に発表されたfastqの操作ツール。競合ツールより多機能とされる。seqtkと同様、動作は非常に早い。メモリ使用量はseqtkより少ないとされる。 マニュアル Usage - SeqKit - Ultrafast FASTA/Q kit チュートリアル Tutorial …

de novo transcriptome向けのアノテーションツール; Trinotate

2018 10/30 コード修正 de novo transcriptomeのアノテーションツールとしてblast2GOがよく知られているが、Trinotateというツールが発表された(論文はまだ)。Trinotateは非モデル生物のデータにも対応したde novo transcriptome向けアノテーションツール…

ゲノム比較のmurasakiと結果を表示するGMV

murasakiは複数ゲノムの相同性ある領域の探索を高速に行うツールで、GMVはその比較結果を見るためのビューアソフトである。領域によってカラフルな色がつくので、ゲノムリアレンジメントなどの構造変化をわかりやすく示すことができる。 公式サイト murasaki…