macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

分子系統樹

種名を指定するだけで自動で系統推定を実行する PhySpeTree

2020 7/6 追記 系統樹は進化関係の推論に広く用いられている。既存のソフトウェアやアルゴリズムでは、主に系統樹の推論が中心となっている。しかし、非常に大規模な配列の処理や、複数のソフトウェアを接続するためのconfigureファイルの作成など、中間的な…

インタラクティブなオンラインの系統樹ツール Interactive Tree Of Life (iTOL) v4

2020 7/2 誤字修正 系統樹は、生物学やその他の科学分野において重要なツールであり、様々なデータタイプのコンテキスト化としても機能している。このことは、このような系統樹を作成するためのツールが頻繁に使われていることからもわかる(MEGA, (ref.2))。…

rRNA配列を探索し、分類、ツリー表示するSILVAのACTサービス

2020 6/19 説明追加 相同配列の解析では、マルチプルシーケンスアラインメント(MSA)の計算がボトルネックになっている。特にリボソームRNA(rRNA)のようなマーカー遺伝子の場合、数百万の配列がすでに公開されており、個々の研究で数十万の新しい配列を簡…

IQ-TREE をwebで使える W-IQ-TREE

IQ-TREEはTREE-PUZZLEの後継プログラムであり、大規模な系統樹データの最尤解析を行うための効率的で汎用性の高い系統樹ソフトウェアである。IQ-TREEは効率的にツリー空間を探索し、RAxMLやPhyMLよりも高い尤度を達成することが多い。IQ-TREEの他の重要な特…

最小スパニングツリーの計算と視覚化を行う GrapeTree

2020 6/5 誤字修正 2020 6/8 追記 7つのハウスキーピング遺伝子に基づくレガシーMLST(multilocus sequence typing)は20年前に導入され(Maiden et al. 1998)、現在では多数の細菌病原体の特徴付けに日常的に使用されている(Jolley and Maiden 2014)。MLSTは、…

アセンブリ結果を評価するwebサービス gVolante

全ゲノムやトランスクリプトームなどの包括的な配列情報へのアクセスが増加するとともに、それらの品質を評価する必要性が高まっている。N50などのシーケンス長に基づくメトリックが標準になったが、これはアセンブリ品質の1つの側面のみを評価する。逆に、…

トランスポゾンを分類する TEsorter

Transposable elements(TE)は真核生物ゲノムの重要な部分を構成するが、それらの分類、特にクレードレベルでの分類は依然として困難である。 この目的のために、TEの保存されたタンパク質ドメインに基づいたTEsorterを提案する。 TEsorterはTE、特にLTRレ…

DNA解析ソフト4 次世代シークエンシングデータも扱える Unipro UGENE その1

2020 1/6 タイトル修正 2020 3/2 わかりにくい説明を修正 明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願い致します。 2020年初回はDNA解析ソフトUGENEを紹介します。発表はかなり前ですが、今でもアップデートが続いており、塩基配列の編集のみならず…

ノンスペシャリストのための堅牢なphylogenetic analysis webサービス Phylogeny.fr

系統解析は、生物学の多くの研究分野の中心であり、通常、相同な配列の同定、それらのマルチプルアライメント、系統樹再構築、および推定されたツリーのグラフィカルな表現を伴う。 Phylogeny.frプラットフォームは、これらのタスクを自動的に実行するプログ…

gene featureを視覚化するwebサービス GSDS 2.0

遺伝子のエクソンやイントロンの組成や位置などの遺伝子の特徴を視覚化することにより、生物学者がアノテーションを統合し視覚的なプレゼンテーションを提供できるようになり、publication用の高品質な図の作成も支援される。したがって、FancyGene(Rambald…

microbialの遺伝子コンテキストを視覚化するwebサービス MGcV

保存された遺伝子コンテキストは、多くのタイプの比較ゲノム解析で使用される。遺伝子機能のリードを提供し、調節配列の発見を導くだけでなく、代謝ネットワークの再構築を支援するために使用さされる。 Microbial Genomic context Viewer(MGcV)は、バクテ…

マルチプルシーケンスアラインメント結果をviewしたりフィルタリングする MView

MViewは、シーケンスデータベース検索またはマルチアライメントの結果を抽出および再フォーマットし、オプションでWebページレイアウト用のHTMLマークアップを追加するコマンドラインユーティリティである。 一般的な形式に変換するためのフィルターとしても…

ノンスペシャリストのための系統解析webサービス NGPhylogeny.fr

系統樹の推論と解釈は、広範囲の生物学的領域(比較ゲノミクス、機能予測、メタゲノミクス、種同定、分類学、分子疫学、集団遺伝学など)を対象とする多数の研究で必要となる。Phylogeny.fr(ref.1)はもともと、次の手順に基づいてワークフローを実装するこ…

GTDBのオンライン系統樹 AnnoTree

2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定(ref.1)、遺伝子の進化的起源の…

普遍的な single-copy proteinsに基づいてバクテリアとアーキアを分類するGenome Taxonomy Database (GTDB) とその分類ツール GTDB-Tk

2019 10/28 誤字修正、コメント追加 2019 11/5 誤字修正、捕捉追加 2019 11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正 2020 3/4 ツイート追加 2020 4/21 インストールの説明を修正 2020 8/23 補足 2020 9/9 KBase補足 Preprintより 過去数年のシーケンスさ…

アラインメントフリーの配列比較GUIツール CAFE

配列比較は、分子配列間の関係を研究するために広く使用されている。配列比較のための主なツールは、global(ref.1)およびlocal(ref.2)シーケンスアラインメントを含むアラインメントベースの方法である。 BLAST(ref.3)のようなアラインメントベースの…

ホモログ及びオルソログタンパク質を検索するwebデータベース orthoFind

相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される[ref.1−3]。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…

webで動作する高速で軽量な分子系統樹可視化ツール IcyTree

系統樹の可視化は、計算系統学(computational phylogenetics)の極めて重要な側面である。確かに、よく知られているテキスト「Inferring Phylogenies」(Felsenstein、2003)(amazon) は、このトピックに全章を割いている。従って、系統樹可視化ソフトウェ…

web上でマルチプルアライメントを実行し分子系統樹を出力する MAFFT online service

2019 10/30 引用追加 Multiple sequence alignment (MSA)は、biological sequencesの比較分析において重要なステップである。著者らは、MAFFT [論文より ref.1、2]を使用してウェブ上のMSAを計算するためのオンラインサービスを提供する。 MAFFTには、何千…

数百から数千のバクテリアゲノムを比較する Harvestスイート

2019 12/9 インストール更新 2020 5/31 インストール方法修正 2020 6/8 挿入文章変更、タイトル変更 現在、多くの微生物種について全ゲノム配列が利用可能になっているが、既存の全ゲノムアラインメント手法では、複数の配列を同時に比較することができない…