macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

分子系統樹

ノンスペシャリストのための堅牢なphylogenetic analysis webサービス Phylogeny.fr

系統解析は、生物学の多くの研究分野の中心であり、通常、相同な配列の同定、それらのマルチプルアライメント、系統樹再構築、および推定されたツリーのグラフィカルな表現を伴う。 Phylogeny.frプラットフォームは、これらのタスクを自動的に実行するプログ…

gene featureを視覚化するwebサービス GSDS 2.0

遺伝子のエクソンやイントロンの組成や位置などの遺伝子の特徴を視覚化することにより、生物学者がアノテーションを統合し視覚的なプレゼンテーションを提供できるようになり、publication用の高品質な図の作成も支援される。したがって、FancyGene(Rambald…

microbialの遺伝子コンテキストを視覚化するwebサービス MGcV

保存された遺伝子コンテキストは、多くのタイプの比較ゲノム解析で使用される。遺伝子機能のリードを提供し、調節配列の発見を導くだけでなく、代謝ネットワークの再構築を支援するために使用さされる。 Microbial Genomic context Viewer(MGcV)は、バクテ…

マルチプルシーケンスアラインメント結果をviewしたりフィルタリングする MView

MViewは、シーケンスデータベース検索またはマルチアライメントの結果を抽出および再フォーマットし、オプションでWebページレイアウト用のHTMLマークアップを追加するコマンドラインユーティリティである。 一般的な形式に変換するためのフィルターとしても…

ノンスペシャリストのための系統解析webサービス NGPhylogeny.fr

系統樹の推論と解釈は、広範囲の生物学的領域(比較ゲノミクス、機能予測、メタゲノミクス、種同定、分類学、分子疫学、集団遺伝学など)を対象とする多数の研究で必要となる。Phylogeny.fr(ref.1)はもともと、次の手順に基づいてワークフローを実装するこ…

GTDBのオンライン系統樹 AnnoTree

2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定(ref.1)、遺伝子の進化的起源の…

普遍的な single-copy proteinsに基づいてバクテリアとアーキアを分類するGenome Taxonomy Database (GTDB) とその分類ツール GTDB-Tk

2019 10/28 誤字修正、コメント追加 2019 11/5 誤字修正、捕捉追加 2019 11/6 追記 Preprintより 過去数年のシーケンスされた微生物ゲノムの急速な拡大により、ゲノム配列に基づいた詳細な分類の構築が可能になった(Segata et al、2013; Hugenholtz et al、…

アラインメントフリーの配列比較GUIツール CAFE

配列比較は、分子配列間の関係を研究するために広く使用されている。配列比較のための主なツールは、global(ref.1)およびlocal(ref.2)シーケンスアラインメントを含むアラインメントベースの方法である。 BLAST(ref.3)のようなアラインメントベースの…

ホモログ及びオルソログタンパク質を検索するwebデータベース orthoFind

相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される[ref.1−3]。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…

webで動作する高速で軽量な分子系統樹可視化ツール IcyTree

系統樹の可視化は、計算系統学(computational phylogenetics)の極めて重要な側面である。確かに、よく知られているテキスト「Inferring Phylogenies」(Felsenstein、2003)(amazon) は、このトピックに全章を割いている。従って、系統樹可視化ソフトウェ…

web上でマルチプルアライメントを実行し分子系統樹を出力する MAFFT online service

2019 10/30 引用追加 Multiple sequence alignment (MSA)は、biological sequencesの比較分析において重要なステップである。著者らは、MAFFT [論文より ref.1、2]を使用してウェブ上のMSAを計算するためのオンラインサービスを提供する。 MAFFTには、何千…

数百から数千のバクテリアゲノムの同時比較を行うHarvest

2019 12/9 インストール更新 Harvestは数百、数千のバクテリアのゲノム比較を高速に実行する方法論。同じ種のほぼ同一なゲノムの比較を対象としている。labo-strainのような非常に似ているがわずかに変異が出現したような株同士のマルチプルアライメントを行…