macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

テスト失敗

rRNAのアンプリコンシーケンスのトリミングを行う FIGARO

マイクロバイオーム研究は、巨視的世界にとっての微生物コミュニティの重要性についての途方もない洞察を提供し続けている。ハイスループットDNAシーケンシング技術(すなわち、次世代シーケンス)は、微生物分類群を同定し、生物学的および環境試料の多様性…

fungiのゲノムアセンブリ完全性評価ツール FGMP

ハイスループットシークエンシングおよび分析ツールの最近の爆発により、培養不可能な生物を含む生命のツリーを横切るほぼ全ての種のシークエンシングがより容易かつ安価になった。しかしながら、これらのゲノムの質と完全性は、リピート領域をアセンブリす…

de novo transcriptomeのアセンブリツール TransLiG

オルタナティブスプライシングは真核生物遺伝子における遺伝子調節の重要な形態であり、遺伝子機能の多様性ならびに疾患のリスクを増大させる[ref.1、2、3]。報告されているように[ref.4]、[ref.5]、ヒト遺伝子を含む真核生物遺伝子のほとんどはオルタ…

Pacbioシーケンシングリードのオーバーラップ検出感度を改善する GroupK

リード長の増加により、第3世代のシークエンシングでゲノムアセンブリのギャップを埋め[ref.1, 2]、構造の変化を明らかにし[ef.13]、トランスクリプトームシークエンシングで遺伝子アイソフォームをより正確に定量できるようになった[ef.14]。さらに、ロング…

(メタゲノム向け) blastアノテーション結果をインタラクティブなグラフで視覚化する Keanu

メタゲノミクスは、環境サンプルから回収された遺伝物質の研究である。これらのサンプルは、特定の環境の多様性や生態学に関する情報を提供する。メタゲノミクス研究は通常、ショットガンシーケンスデータセットから得られた微生物シーケンスに焦点を当てて…

contigやシーケンシングリードのリファレンスへのアラインメントを複数の方法で視覚化する Alvis

2019 6/10 誤字修正 2019 6/21 リンク追加 2セットの配列間のアラインメントを見つけることは、バイオインフォマティクスにおける基本的な作業である。ロングリードの解析、アセンブリ結果の評価、またはターゲットキャプチャープロトコルの評価では、リファ…

(病原性の)大量のバクテリアゲノムの自動解析パイプライン TORMES

連休中は不定期更新になります。よろしくお願いいたします。 ハイスループットシーケンシング(HTS)技術の進歩およびシーケンシングコストの削減は、全ゲノムシーケンシング(WGS)が多くの伝統的な実験室アッセイおよび手順に取って代わることができる…

オルソログとパラログを小メモリ使用量で高速探索する SwiftOrtho

Gene homology type classification は、種を越えてパラログおよびオルソログを同定することからなる。オルソログは共通の先祖遺伝子から分化後に進化した遺伝子であり、パラログはduplicationのために相同な遺伝子である。遺伝子の進化の歴史は遺伝子機能と…

pacbioロングリードセルフエラーコレクションを改善する FLAS

2019 7/26 タイトル修正 第3世代シーケンシーング技術は、そのはるかにリード長において第2世代よりも有利である(Eid et al、2009)。第3世代のシーケンシング技術の代表として、PacBioの一分子リアルタイム(SMRT)技術は現在、平均5〜15K bpのロングリ…

ナノポアのロングリードのQCツール ToulligQC

ToulligQCはPythonで書かれたEcole Normale Superieure の生物学研究所(IBENS)のゲノム施設によって開発されたプログラムである。このプログラムは、オックスフォードナノポアのQC分析を専門としている。 さらに、DNA-SeqとともにRNA-Seqにも適応しており…

サンガーシーケンシングリードを自動でアセンブリしてアノテーションを行うwebサーバ deFUME

機能選択は、遺伝子の発見および機能的に検証されたアノテーションのための強力な技術を表す[ref.1、2]。この手法は、ランダムにクローニングされたゲノムDNAまたはメタゲノムDNAを、通常は短い(1〜3 kb)DNA断片として発現ベクターに組み込むことに依存し…

groopM

微生物群集の機能と進化を理解する能力は、特定の生態系のほとんどの構成種を培養できないことで妨げられてきた(論文より Hugenholtz、Goebel&Pace、1998)。ショットガンシーケンシングの環境DNAへの応用であるMetagenomicsは、この培養のボトルネックを…

mixed sampleの多様性を見積もる ShoRAH

ディープシークエンシングや次世代シークエンシング(NGS)と呼ばれる新しい世代のハイスループットDNAシークエンシング技術の出現により、基礎的、応用的、臨床的研究における新しい実験的アプローチの扉が開かれた。 NGSによって生成される膨大な量のデー…

Var2GO

Var2GOはハイスループットシーケンシングデータのさまざまな変異コールから、遺伝子アノテーションとフィルタリングをサポートする新しいWebベースのツールである。その主な目的は、非生物情報学者が直感的なWebインターフェイスを介してVariant Calling For…

MetaMeta

現在、環境サンプルをcharacterizeすることを目指して、ますます多くのメタゲノム分析ツールが利用可能になっている[論文より ref.1,2,3,4]。Whole metagenome shotgun (WMS)シーケンシングテクニックから生成される大量のデータにより動機づけられたメタ…

RNA seq用のターゲットアセンブリツール Kollector

非モデル生物のための高品質のリファレンスゲノム配列の作製は、特に大きなゲノム(> 1Gbp)では依然として挑戦的な取り組みである。このようなプロジェクトでは、デノボでの全ゲノムアセンブリは、通常、数種の異なるタイプのDNAライブラリーの数十億のシー…

SVシミュレーションや、SVのマージ、レポート生成ができる SURVIVOR

一塩基多型(SNP)、小さな挿入 - 欠失事象(indels)、トランスポゾン挿入および大きな構造変化(SV)を含む、様々な遺伝的変化が生物種に影響し得る。欠失、重複、挿入、逆位および転座を含むSVは、タイピングするのが最も困難であり、結果として最もよく…

CGDV

次世代シークエンシング(NGS)技術の進歩により、前例のない量の異なる形式のデータが生成されている。大規模なNGSデータの解釈は複雑で困難である。可視化はNGSデータを解釈する手段の1つであり、データ分析において重要な役割を果たしている。円グラフは…

graftM

gtaftMは指定した遺伝子ファミリーをメタゲノムデータから探し出し、あらかじめ作成した系統樹に配置するためのツール。 インストール 依存ツール orfM (straightforwardなORF検出) https://github.com/wwood/OrfM/releases ダウンロードしてビルドする。 …