2019 6/10 インストール追記
Mugsyはnucmerを内部で動かし、all against allのペアワイズアライメントを行い、ゲノムサイズのマルチプルアライメントを可能にする方法論。論文では31のバクテリアゲノムを２時間以内に解析できたと記載されている。
公式サイト
ダウンロード
macでは動作しなかったのでcent OS6に導入した。
sorceforge
https://sourceforge.net/projects/mugsy/files/
mummerも内部に含まれている。
中のmugsyenv.shを開き、２行目のパスをmugsyがあるパスに変更し、sourceする。
source mugsyenv.sh
またはcondaで導入
#bioconda (link)
conda install -c bioconda -y mugsy
> mugsy -h #動作確認
ラン
アライメント
mugsy --directory ./output -p mygenomes genome1.fa genome2.fa genome3.fa genome4.fa
- --directory directory used to store output and temporary files. Must be a absolute path
- -p prefix for output files
maf形式で出力される。
> mygenomes.maf
##maf version=1 scoring=mugsy
a score=1239890 label=1 mult=5
s 1788.1788 873135 1116720 + 1989855 TCAAG--AAT-ATGACAATACAGGGAGTGGAAATTTATAACCTGAAAAGTGGAATGAATAATAGAAACGAAAAAGGCAAGGAGTTTGCCATGATTGGAAAGAACATAAAATCCTTACGTAAAACACATGACTTAACACAACACGAATTTGCACGGATTGTAGGTATTTCACGAAATAGTCTGAGTCGTTATGAAAATGGAACGAGT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ATTGTGAAAGAAAGAGGTGCTAATCTATTATCTCGACTCTATCGCTATCAAGATAGTCAGGGAATTAGCATTGATGATGAATCTAATCCTTGGATT----------------------------------------T-TAATGAGTGATGATCTTTCTGATTTGATTCATACGA-A-AAT-------------------------------------CTGAAAAGCGGATGGTAGCTTAATGGAAATCCAAGATTATACTGATAGTGAATTCAAACATGCTTTAGCAAGGAATCTTCGTTCACTGACAAGAGGAAAAAAGTCCAGTAAGCAACCTATAGCGATTTTGCTTGGAGGTCAAAGTGGTGCCGGTAAGACTA
mafは例えばmaftoolsなどでパースすることができる（maftools）。
テストデータとして、harvest suitsで提供されているデータなどが使えると思います。
https://www.cbcb.umd.edu/software/harvest
引用
Mugsy: fast multiple alignment of closely related whole genomes
Samuel V. Angiuoli Steven L. Salzberg Author Notes
Bioinformatics, Volume 27, Issue 3, 1 February 2011, Pages 334–342
